最後，三人一起把洛基帶回了天空母艦。在那裡，索爾說出了洛基搶奪宇宙立方的目的，原來他想利用它打開傳送門，召喚奇塔瑞大軍來統治地球。托尼随後利用熱核天體實體學知識解釋了洛基的計劃，并告訴衆人，神盾局正在利用宇宙立方制造武器，而這也是導緻九頭蛇入侵的原因之一。
托尼向班納詢問他何時成為熱核天體實體學專家，班納表示他一直都是這方面的專家，隻是之前一直在研究伽馬射線，而綠巨人正是伽馬射線的産物。随後，托尼和班納在實驗室中開始研究洛基的權杖。此時，美隊也來到了實驗室，托尼告訴他，尼克·弗瑞隐瞞了一些事情。美隊嘲諷斯塔克大樓難看，托尼則諷刺了美隊的制服。
很快，托尼通過破解神盾局系統，發現神盾局正在利用宇宙立方制造武器，而這也是前段時間雷神等人的到來并破壞了一個小鎮的原因。托尼和美隊開始懷疑尼克·弗瑞的動機。
在實驗室中，班納因情緒失控而變成了綠巨人，并造成了大規模的破壞。然而，他并沒有意識到，自己已經跌落到了母艦下方。索爾也被洛基關進了一個玻璃監獄，并被控制的鷹眼帶走了。最不幸的是，科爾森被逃走的洛基殺害了。
托尼得知這個消息後十分悲傷，同時也意識到洛基下一步的計劃是在自己的斯塔克大樓打開傳送門，召喚奇塔瑞大軍。于是，他立即修複好戰甲，并趕到了那裡。
來到斯塔克大樓後，被控制的埃裡克教授正在打開傳送門。托尼試圖破壞裝置，但無法擊破能量罩，因為馬克六号已經損壞的比較嚴重。于是他來到平台上，脫下馬克六号的，打算穿上還未經過測試的馬克七号。
然而，洛基也在這裡，托尼隻好冒險與他交談。托尼的裝甲手環掉在了酒吧裡，于是他假裝問洛基喝不喝酒，成功拿到了手環。
接着，洛基試圖用權杖控制托尼，但沒有成功。原來，托尼的電弧反應堆阻擋了權杖的能量，這讓洛基非常憤怒，他把托尼扔出了窗外，托尼立刻啟動馬克七号。
馬克七号擁有之前所有戰甲的功能，比如馬克五号的便攜性、馬克六号的雷射，而且托尼還在馬克七号的背部增加了一個推進器。他通過手環與戰甲比對，成功地穿上了馬克七号，并成功地阻止了洛基的計劃。