中国战略专家彭光谦发表了《关于斯台普斯转基因化的八个问题》，涵盖了公众对转基因的所有疑虑。列出了缺乏长期论证，粮食安全问题，对利益集团的认可等。
清华大学科学技术与社会研究院副教授蒋劲松认为，最大的问题是，当对转基因的质疑声音没有充分表达出来时，吃转基因食品还要多久？有多少人在吃东西？像老鼠这样的喂养试验不能从根本上消除任何疑虑，这一代人没有风险，还有下一代吗？
"老鼠的三个月相当于一个人生命周期的一秒钟，两年相当于一个人的整个生命周期。在每种转基因食品上市之前，科学家们都在大鼠身上进行了高剂量、多代数的长期喂养实验，中国农业大学食品科学与营养工程学院教授罗云波说。科学发展至今，已开发出一系列世界公认的实验模型、模拟实验、动物实验，可完全取代人体实验，食品安全和转基因食品安全评价在各国对人体实验没有要求。
受人尊敬的已故"杂交水稻之父"袁隆平曾声称自己是中间派，"因为反对派和建制派政党都有道理"但他仍然认为，使用转基因生产主粮是谨慎的，没有结果作为依据，"人不是老鼠，不能拿那么多人的健康和生命安全冒险。"
转基因食品的反对者从绿色和平组织到农民协会再到环保组织，他们的反对集中在三个领域：
首先，转基因是有害的，因为它违反了自然。Proponency反驳说，今天的作物不再是原始品种，否则人们应该像动物吃草一样吃蔬菜。
其次，在植物中引入具有除草剂或杀虫功能的基因后，它们提供的食物对人类安全吗？Proponencies强调，目前还没有足够的合格研究机构找到转基因食品对人体健康有害的证据，但长期影响只能是推断，很难在一段时间内获得全面的证据。
第三，能否大规模推广影响农业和生态环境的转基因植物？推广抗除草剂转基因作物可能会鼓励农民过度使用除草剂，造成一些非主要作物的危害甚至灭绝。许多发展中国家的农民一直在使用这种非主要作物作为补充粮食或饲料。美国鱼类和野生动物管理局发现，有74种植物物种受到除草剂的威胁。
此外，转基因技术还可能造成生物污染。Proponerists指出，农业生产本身就是一种破坏环境的活动，转基因作物对环境的危害并不比传统农业大。
这种论点不容易在短时间内得出结论。关于转基因作物的争议应该说是正常的。首先，新开发的品种本身并不完美，它们对人体和环境的中长期影响还有待观察，关注是有道理的。其次，总会有一些保守的人不习惯新技术产品，拒绝接受它们。然后是贸易利益冲突，再加上一些政府和利益集团正在为转基因食品的缺陷而进行贸易战。
人们关心的是通用汽车，媒体自然也担心。除了个别媒体本身支持或反对转基因的立场外，不持具体意见的媒体在报道转基因问题时往往遵循中立原则，采访一些正面专家意见，然后采访一些反党专家意见，很少有媒体会区分和区分专家意见的有效性， 依赖程度。因此，媒体报道在坚持科学客观性的同时，也要以人们理解的方式考虑科普宣传。
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为了保护公众的知情权，国家对转基因标签提出了明确的要求。根据中国食品标签条例，"属于转基因食品或含有合法转基因原料"，应在标志中文说明中标明。《国务院农业遗传生物安全管理条例》也明确规定，遗传食品应当在产品标签上标明"明显"和"显著"。
甘肃省早在2014年3月1日就明确规定，转基因改性食品要实行专区或专柜销售，以保护消费者的知情权和选择权。甘肃省食品药品监督管理局表示，甘肃省是中国第一个要求转基因食品特殊柜台的省份。
2014年8月发布的《深圳经济特区生态文明建设条例（征求意见稿）》规定，生产销售转基因食品或者含有植物转基因农产品成分的食品，应当向食品安全行政部门备案，并在食品包装上贴有转基因食品的标签。否则，可能会被处以5万元以上不超过10万元的罚款。
2017年5月1日生效的《黑龙江食品安全条例》规定，转基因食用农产品和食品的经营要有显著的标识。销售转基因食用农产品和食品，应当设置在专柜或者专区，明确放在突出位置。
根据《食品安全法》第69条"转基因食品的生产经营按照规定显著标明"，河南省信阳市食品药品监督管理局自8月1日起在全区大型商场的超市设立转基因产品， 2017年食品专区（橱柜），辖区内存在销售转基因食品的大型商场超市，必须严格申领门票和购货检验记录，并按照"绿色背景和白色字母"的风格设立转基因食品专区（柜），保护消费者的知情权。