中國戰略專家彭光謙發表了《關于斯台普斯轉基因化的八個問題》，涵蓋了公衆對轉基因的所有疑慮。列出了缺乏長期論證，糧食安全問題，對利益集團的認可等。
清華大學科學技術與社會研究院副教授蔣勁松認為，最大的問題是，當對轉基因的質疑聲音沒有充分表達出來時，吃轉基因食品還要多久？有多少人在吃東西？像老鼠這樣的喂養試驗不能從根本上消除任何疑慮，這一代人沒有風險，還有下一代嗎？
"老鼠的三個月相當于一個人生命周期的一秒鐘，兩年相當于一個人的整個生命周期。在每種轉基因食品上市之前，科學家們都在大鼠身上進行了高劑量、多代數的長期喂養實驗，中國農業大學食品科學與營養工程學院教授羅雲波說。科學發展至今，已開發出一系列世界公認的實驗模型、模拟實驗、動物實驗，可完全取代人體實驗，食品安全和轉基因食品安全評價在各國對人體實驗沒有要求。
受人尊敬的已故"雜交水稻之父"袁隆平曾聲稱自己是中間派，"因為反對派和建制派政黨都有道理"但他仍然認為，使用轉基因生産主糧是謹慎的，沒有結果作為依據，"人不是老鼠，不能拿那麼多人的健康和生命安全冒險。"
轉基因食品的反對者從綠色和平組織到農民協會再到環保組織，他們的反對集中在三個領域：
首先，轉基因是有害的，因為它違反了自然。Proponency反駁說，今天的作物不再是原始品種，否則人們應該像動物吃草一樣吃蔬菜。
其次，在植物中引入具有除草劑或殺蟲功能的基因後，它們提供的食物對人類安全嗎？Proponencies強調，目前還沒有足夠的合格研究機構找到轉基因食品對人體健康有害的證據，但長期影響隻能是推斷，很難在一段時間内獲得全面的證據。
第三，能否大規模推廣影響農業和生态環境的轉基因植物？推廣抗除草劑轉基因作物可能會鼓勵農民過度使用除草劑，造成一些非主要作物的危害甚至滅絕。許多開發中國家的農民一直在使用這種非主要作物作為補充糧食或飼料。美國魚類和野生動物管理局發現，有74種植物物種受到除草劑的威脅。
此外，轉基因技術還可能造成生物污染。Proponerists指出，農業生産本身就是一種破壞環境的活動，轉基因作物對環境的危害并不比傳統農業大。
這種論點不容易在短時間内得出結論。關于轉基因作物的争議應該說是正常的。首先，新開發的品種本身并不完美，它們對人體和環境的中長期影響還有待觀察，關注是有道理的。其次，總會有一些保守的人不習慣新技術産品，拒絕接受它們。然後是貿易利益沖突，再加上一些政府和利益集團正在為轉基因食品的缺陷而進行貿易戰。
人們關心的是通用汽車，媒體自然也擔心。除了個别媒體本身支援或反對轉基因的立場外，不持具體意見的媒體在報道轉基因問題時往往遵循中立原則，采訪一些正面專家意見，然後采訪一些反黨專家意見，很少有媒體會區分和區分專家意見的有效性， 依賴程度。是以，媒體報道在堅持科學客觀性的同時，也要以人們了解的方式考慮科普宣傳。
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為了保護公衆的知情權，國家對轉基因标簽提出了明确的要求。根據中國食品标簽條例，"屬于轉基因食品或含有合法轉基因原料"，應在标志中文說明中标明。《國務院農業遺傳生物安全管理條例》也明确規定，遺傳食品應當在産品标簽上标明"明顯"和"顯著"。
甘肅省早在2014年3月1日就明确規定，轉基因改性食品要實行專區或專櫃銷售，以保護消費者的知情權和選擇權。甘肅省食品藥品監督管理局表示，甘肅省是中國第一個要求轉基因食品特殊櫃台的省份。
2014年8月釋出的《深圳經濟特區生态文明建設條例（征求意見稿）》規定，生産銷售轉基因食品或者含有植物轉基因農産品成分的食品，應當向食品安全行政部門備案，并在食品包裝上貼有轉基因食品的标簽。否則，可能會被處以5萬元以上不超過10萬元的罰款。
2017年5月1日生效的《黑龍江食品安全條例》規定，轉基因食用農産品和食品的經營要有顯著的辨別。銷售轉基因食用農産品和食品，應當設定在專櫃或者專區，明确放在突出位置。
根據《食品安全法》第69條"轉基因食品的生産經營按照規定顯著标明"，河南省信陽市食品藥品監督管理局自8月1日起在全區大型商場的超市設立轉基因産品， 2017年食品專區（櫥櫃），轄區記憶體在銷售轉基因食品的大型商場超市，必須嚴格申領門票和購貨檢驗記錄，并按照"綠色背景和白色字母"的風格設立轉基因食品專區（櫃），保護消費者的知情權。