列线图作为常用的预测图形显示被常用在SCI论文中,在前面的章节,我们已经讲过怎么使用R语言制作COX回归的列线图制作,并进行了内部验证,今天我们来说说怎么使用R语言进行Logistic回归列线图并校准度曲线绘制。
我们使用SPSS自带的一个Breast cancer survival肿瘤数据来演示,
首先我们我们要把R包导入,
library(foreign)
library(survival)
library(rms)
然后导入数据,删除缺失值
bc
use.value.labels=F,to.data.frame=T)
bc

对数据进行打包
dd
options(datadist="dd")
建立Logistic回归模型
formula1
fit1
解析模型summary(fit1)
绘制列线图
nom1
fun=function(x)1/(1+exp(-x)),
lp=F,
fun.at = c(0.1,0.3,0.5,0.7,0.9),
funlabel = "Risk")
plot(nom1)
建立校准曲线并绘制曲线图
cal1
plot(cal1,xlim=c(0,1.0),ylim=c(0,1.0),
xlab = "Nomogram PredictedSurvival", ylab = "Actual Survival")
还可以对图片进行进一步美化
是不是非常简单呀,动动小手关注一下吧。