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語言nomogram校準曲線圖_手把手教你R語言實作Logistic回歸列線圖并校準度曲線繪制...

列線圖作為常用的預測圖形顯示被常用在SCI論文中,在前面的章節,我們已經講過怎麼使用R語言制作COX回歸的列線圖制作,并進行了内部驗證,今天我們來說說怎麼使用R語言進行Logistic回歸列線圖并校準度曲線繪制。

我們使用SPSS自帶的一個Breast cancer survival惡性良性腫瘤資料來示範,

首先我們我們要把R包導入,

library(foreign)

library(survival)

library(rms)

然後導入資料,删除缺失值

bc

                use.value.labels=F,to.data.frame=T)

bc

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對資料進行打包

dd

options(datadist="dd")

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建立Logistic回歸模型

formula1

fit1

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解析模型summary(fit1)

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繪制列線圖

nom1

               fun=function(x)1/(1+exp(-x)),

               lp=F,

               fun.at = c(0.1,0.3,0.5,0.7,0.9),

               funlabel = "Risk")

plot(nom1)

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建立校準曲線并繪制曲線圖

cal1

plot(cal1,xlim=c(0,1.0),ylim=c(0,1.0),

     xlab = "Nomogram PredictedSurvival", ylab = "Actual Survival")

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還可以對圖檔進行進一步美化

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是不是非常簡單呀,動動小手關注一下吧。

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