列線圖作為常用的預測圖形顯示被常用在SCI論文中,在前面的章節,我們已經講過怎麼使用R語言制作COX回歸的列線圖制作,并進行了内部驗證,今天我們來說說怎麼使用R語言進行Logistic回歸列線圖并校準度曲線繪制。
我們使用SPSS自帶的一個Breast cancer survival惡性良性腫瘤資料來示範,
首先我們我們要把R包導入,
library(foreign)
library(survival)
library(rms)
然後導入資料,删除缺失值
bc
use.value.labels=F,to.data.frame=T)
bc

對資料進行打包
dd
options(datadist="dd")
建立Logistic回歸模型
formula1
fit1
解析模型summary(fit1)
繪制列線圖
nom1
fun=function(x)1/(1+exp(-x)),
lp=F,
fun.at = c(0.1,0.3,0.5,0.7,0.9),
funlabel = "Risk")
plot(nom1)
建立校準曲線并繪制曲線圖
cal1
plot(cal1,xlim=c(0,1.0),ylim=c(0,1.0),
xlab = "Nomogram PredictedSurvival", ylab = "Actual Survival")
還可以對圖檔進行進一步美化
是不是非常簡單呀,動動小手關注一下吧。