医学与哲学关系的重要问题之一，是对待鬼神巫祝的态度。
《内经》的产生，从思想条件说，可说就是摆脱鬼神巫祝束缚的成果。
摆脱鬼神巫祝，不是一般地说治病求医不求神，而且还要能 对人的生理现象和病理现象作出科学的解释。
这些现象，一是做梦，二是精神病。
《素问•脉要精微论》指出，做梦是阴阳五行之气的作用和人体某些不适的反应，是人的生理、病理状况的反映。
对于精神病，《内经》也认为是物质性的原因，治疗也必须用物质性的手段。
魏晋之际的医学继承了这种科学传统。
张仲景说，许多人平素 ”不留神医药”，只知“竞逐荣势，企踵权豪，孜孜汲汲，唯名利是务”，一旦“遭邪风之气，婴非常之疾”，就“降志屈节，钦望巫祝”。
他认为这必然要“告穷归天，束手受败”，这表现了对巫祝的极端轻蔑。
魏晋南北朝时代，社会动乱给宗教的传播造成了良好的条件，道教、佛教都迅速传播开来。
宗教活动、鬼神观念对医学进行了入侵。对于这股势头，不少人曾进行了抵制和斗争。
周朗认为，必须广泛传播医药知识；
南齐时，顾宪之教育百姓移风易俗；
梁代，简文帝曾写了《劝医论》，规劝行医者应努力钻研，不能“日处百方，月为千治”，“轻其药 性,任其死生”，建议对医生实行考核；
郭祖深曾舆榇上书，反对佛教，并兼论及医药；
北朝，元怪曾上书谏灵太后支持僧人咒水治病事，虽是从政治考虑，但也有反对巫祝治病的意思。
有人对鬼神巫祝治病保持着清醒的认识，如北朝政权曾组织力量，编写方书，并对医生实行考核。
但整个说来，东晋以后，随着宗教的传播，鬼 神巫祝医病的风气日益增长，医学则处于守势。
在这种形势下， 一些医学著作终于承认了鬼神的地位。
对梦的解释终于不再求助于物质原因。
《内经》认为神是气，虽为魂魄 外游准备了借口，但毕竟还都是气，因而只能是虚实交替，你出我入，而不能发生什么“执录”，“魇屈”之事，也无所谓“欲还未得”。
整个说来，这些著作中鬼神迷信的成分并不多，但毕竟表明, 医学科学已被鬼神迷信冲破了缺口，开始承认了鬼神迷信的地位。
一般说来,先进的哲学思想和科学成果，从来都是少数先进 的知识分子所创造，也只为上层阶级中少数有教育的人们所相 信、所享用。
至于人民群众，统治阶级不仅造成了他们的贫困， 也造成了他们的愚昧。他们的精神食粮几乎只是宗教和迷信。
加之封建知识分子愿意为医的极少，而真正能治病的就更少。 普通群众有了病，求神拜巫几乎是普遍的办法。
但医学科学只 要发展，总会使他们多少沾一点恩泽。统治阶级为了自身健康， 必须认真发展医学。
为了保护劳动力，也不能让群众完全置于 鬼神巫祝统治之下，这是医学发展的主要动力。
但是，人的行为毕竟主要是有意识进行的，这样，他们所持有的观念总是使他们的行为带着各种色调。
汉代,虽然武帝以后，统治阶级的上层有病也开始求神，但当时讲天人感应，有病认为是天神谴告。
随着天人感应的破产,这样一种鬼神观念也站不住脚了。
魏晋南北朝时期，佛教讲神不灭，却对医学造成了真正的威胁。
因为《内 经》对梦的解释，范围很小，就在这极小的范围内，也只有少部分可靠，许多似是而非。
而且，把梦归结为物质原因，也不正确。
用药物去治疗精神病，至今也必以严重损害病人健康为代价，而且未必奏效。当时以咒禁去对付精神病，却可以收到某些效果。
隋唐时代，国家设了“咒禁科”，鬼神迷信又在医学的殿堂里 正式占了一席之地。
造成这个情况，其原因之一，就是传统医学对人的精神现象理解不正确。
当时的哲学也不能帮助医学，因 为它对精神现象的理解同样不正确。
