南宋时，为了避高宗赵构名讳而改称干办或干当皇城司。其实，作为一种实职差遣，在北宋初，就已经有“掌皇城司”、“领皇城司”等类的称呼，然后世史家，尤其是南宋史家在追述这一机构相关情况时，则几乎通称为干办或勾当皇城司。
徽宗政和年间，又于勾当皇城司上设提举皇城司一职。至迟在宣和元年（1119）又于提举皇城司之下、干当皇城司之上，设提点皇城司，直至南宋末年，皇城司长官的称谓与构成就保持在提举皇城司、提点皇城司与勾当皇城司的基本框架上。
而两宋皇城司的长官的编制，《宋会要》职官34之15转引《两朝国史志》的记载说：“勾当官三人”。《中兴会要》则为“提举官一，提点二，干办五”。自《两朝国史志》记载勾当皇城司员数为三员始，至《中兴会要》载干办皇城司为五员，并增置提举官一员，提点官二员止，其前后实际上经历了许多变化。
宋初，皇城司长官以四员为额。到仁宗时，如上《两朝国史志》所述，又改为“勾当官三员”。其实，仁宗朝是勾当皇城司数目急剧变化的时期。
首先是三员，至景祐二年（1035）八月时勾当皇城司长官就上升至五员，到了仁宗庆历八年（1048）闰正月前，勾当皇城司员额则发展到六员，后又由于“员数倍多，并不选擢”定为四员，直至仁宗嘉祐三年（1058）九月时，皇城司官却又迅速发展到九员。
神宗朝时也发生过两次大的变化。熙宁元年（1068）十二月一日，“诏皇城司今后以七员为额，差两人前班诸司使以上，永为定式。”元丰六年（1083），实际人数很快超过十员，为此宋神宗不得不再次下诏裁减。
四月十七日，“上批干当皇城司官数多，可除两省都知押班外，取年深者减罢，止留十员，自今勿员外置。”可见，在此之前，皇城司长官员数曾达十数员之多，并存在“员外置”的情况。
到了徽宗朝，为了加强皇权统治，以亲王提举皇城司。下设勾当官二员。而宣和元年（1119）八月，从福建莆田《神霄玉清万寿宫碑碑文》观之，又有了提点皇城司的设置，并且至少二员。可见，北宋末，皇城司长官实际上是由“提举官”一员、提点官至少两员、“勾当官二员”构成。
南宋初年，增为八员，“提举官一，提点二，干办五”；而绍兴十三年（1143），值“钱愐除太尉、提举皇城司、引见司”时，其员额设置为“提点一员、干办三员，以閤门官充”。
《宋会要》与《宋史》俱载皇城司长官一般由武臣和宦官充任。其中宦官充任者，要求以入内押班、都知充任，但真宗大中祥符二年（1009）四月，下诏“内中职官不欲更在他局”，此后一段时期，勾当皇城司长官不再以入内押班、都知充任。
仁宗景祐二年（1035）十二月三日有了更为明确的规定，“入内都知、押班，今后经落职，只得前殿都知、押班，今后前后殿都知押班，不勾当皇城司，见勾当者，年满差替”。而神宗熙宁元年（1068）十二月一日，诏皇城司，“差两人前班诸司使以上，永为定式”。
另外，南宋人吴自牧在追述北宋皇城司的有关情况时提及皇城司长官“系知閤、御带、环卫官兼领干办之职”。南宋时则又作出了具体限定，高宗绍兴十三年（1143）八月，诏“以閤门官充”，而到了宁宗嘉定二年（1209）十一月二十六日，臣僚又请专以“知閤、御带兼领”。
这其中，武臣一般为诸司使副或武功大夫以上充，而宦官则由入内押班、都知充。前者为从七品或正七品，后者为正六品。这就限定了皇城司长官的品阶不得低于从七品。宋朝立国之初，逐步剥夺了藩镇的权力，全国内外官员都由中央统一任命。
宋代大体上继承了唐朝由皇帝册授高级官员，即特旨除授制度；宰相府除授朝廷次要官员，即堂除制度；吏部差注全国基层官员的制度。此外，又在有限的范围内沿用了长官奏辟属员之法，在广南等地实行了地区性的定差法。
各种制度综合运用，在高度集权中存在着一定范围的灵活性。南宋时皇城司干办官的任用仍有特旨除授的痕迹。比如高宗绍兴二十二年（1152）六月诏閤门宣赞舍人刘伉与换右武郎、干办皇城司；宁宗嘉定二年（1209）十一月八日，给事中邹应龙乞将“贾浚明差兼干办皇城司，候有阙日差填，供职指挥追寝”等等。
提举皇城司自设立始便具浓厚特旨除授的色彩。政和六年（1116），徽宗赵佶在勾当皇城司的基础上特设提举皇城司一职，并打破“宗室不领职事”的惯例，让皇三子赵楷担任此职，欲以之代东宫而继任新君。
特旨除授在这里更加显示了强大威力，成为皇帝们将自己的感情因素转化为现实的有效途径。此后提举皇城司便一直采取特旨除授的方式。另外，皇城司长官任满再任，一般也需要特旨除授。只不过是对在任的对象作出一定的限制。
元祐六年（1091）规定只有充任入内都知、押班的宦官才能够取旨再任。以后更是屡有增损。从历史的纵向发展来看，堂除这一制度的产生，是在吏部差注全国内外官员出现弊端后产生的。但到了南宋，堂除制度则又严重侵害了吏部铨选。
可见南宋时，宰相的权限极度扩张，堂除势力得以急剧膨胀。那么何谓堂除？所谓堂除，“都堂奏差者也。武臣即经密院专差员阙，则曰枢密院札子，或枢密院奏云云。”北宋前期，堂除文官由中书门下主持，武官由枢密院主持，但事关两方面者则须两府互相关报。
元丰改制后，堂除之阙，“有中书进拟者，有枢密院者，有三省者，有三省枢密院同进者”。其中，三省、枢密院共同注拟的主要是“帅臣、边镇大吏、内臣近上差遣”等。那么皇城司长官的遴选就无疑属于三省枢密院差除范畴了。
根据史料，约在仁宗庆历八年（1048）闰正月前，勾当皇城司长官的任用方式一般为特旨除授。皇城使或勾当皇城司最初是作为皇城司的最高长官而存在的。作为统治者的私密机构，其长官的任用当然是慎之又慎。
为了使这一机构能够严格按照自己的意图行事，统治者便采取特旨除授的方式来任免其长官。但到了北宋末，随着提点皇城司与提举皇城司的相继建立，勾当皇城司不得不让位于提举皇城司与提点皇城司，实权掌握在了提举皇城司手中。
对统治者而言，只要将最高长官提举皇城司的任免权牢牢掌握在手中，这一机构便永远都是天子的私密机构。就这样，提举皇城司的选任就理所当然的取代原先的勾当皇城司而为特旨除授，这之后的提点皇城司与勾当皇城司则几乎同沦为堂除了。
大陆自古就有“三载考绩，三考黜陟幽明”的考核理论。唐宋时期，一般官员的任期都有了明确界定。皇城司长官的任用期限一般为三年，特殊情况下允许再任或连任。如赵楷自政和六年（1116）十一月提举皇城司至宣和七年（1125）十二月，一任就是十年。
同样，如遇特殊情况，任期将会缩短甚至终止。若皇城司长官违法犯罪，则可提前终止其任期。庆历八年（1048）闰正月的宿卫变乱，导致六位勾当皇城司长官中的五位被提前终止了职务，处以在外差遣，而杨怀敏随后亦被黜职。
同样可以想像，赵楷若不是由于靖康内讧、金兵入侵，任期也许会更长。皇城司长官的任用不许“指射陈乞”原则，即是指凡皇城司长官有阙，不允许官员自陈担任此种职务。宋仁宗朝以前，文武官员该磨勘时，都须“自投文状”。即自我申请，或称“自陈”。
此后，常调京朝官、武臣，合磨勘时，由审官院或三班院、枢密院根据官员的除授月日、历任家状等，依法磨勘。这条原则虽只涉及官阶的升迁，但和官员的差遣任职也并不是毫无关联。尽管两宋官多阙少，但官阶的升迁乃是差遣任职的必要积蓄，无疑也是为了获得更好的美差而已。
皇城司长官的任用也不许“指射陈乞”。真宗时，内侍雷允恭因干请丞相丁谓，欲为勾当皇城司一职，遭臣僚抨击，成为雷允恭“亦下狱”的一个重要原因。仁宗庆历八年（1048）闰正月，臣僚上言建请“乞今后（皇城使）只差四员，选经历有心力、况应为沈。
据《长编》改厚之人勾当，各更不许人指射陈乞，如违，并以违制论”，这表明远在庆历八年（1048）之前皇城司长官的选拔已不允许指射陈乞了。其后更是三令五申，皇祐二年（1050）正月，仁宗再次下诏令“枢密院自今勾当皇城司并选差人，仍不许陈乞”。
自此，这种惯例几乎延续到南宋灭亡。嘉定二年（1209）十一月臣僚上言“今隶籍于中者类多市井乌合，训斋不素，全籍统摄得人，岂可轻授？自今乞专以知閤御带兼领，不以畀资望轻浅者，傥更有躁进之徒侥踰干请，虽已颁成命，亦可收回”，规则甚是严备。
宋代官员有一套任满无过即可升转官阶、有功劳绩效者则予以奖赏的升迁制度，称作“磨勘”。磨勘对象主要是没有退休的中下级文武官，尤以选人改官、使臣迁转为重点。高级官员即文臣诸卿监以上、武臣横行以上不在磨勘之列，年满七十而未退休者也不再磨勘。
徽宗政和间，改革武阶官制，“武功大夫率径迁横行”，导致人员大增。南宋初年，诏令即规定：不因军功，不许转横行。高级官员不行磨勘法，他们的升迁主要取决于皇帝特旨，这是最高统治者集中人事权的需要。
皇城司官员的磨勘，主要是指以诸司使副的寄禄官阶充任皇城司差遣的勾当皇城司与提点皇城司。他们正常任满后，一般上转一资。由于皇城使升转有止法，不能按资磨勘转行遥郡刺史，所以当勾当皇城司长官中的武臣、内侍或外戚官在皇城使、遥郡刺史之上并需迁转时，便回授与其子或有服亲之有官者。
对皇城司长官失职和渎职的处罚，轻则罚铜戒励，重则贬官出外。据前引真宗天禧元年（1017）十二月，皇城亲从官魏美、何斌夜盗天书法物珠金事，“其本部将校并降黜，皇城司官罚铜释之”。
神宗熙宁九年（1076），因开封府百姓孙真制造妖言并越皇城宫城殿垣，皇城司官兵没有觉察，勾当皇城司内侍押班王中正亦受到罚铜三十斤的处置。对皇城司长官与士大夫交游甚至贪污受贿的行为则以贬官处置。
真宗景德年间，南作坊使勾当皇城司张耆坐与赵谏交游，受其金，为人求荐于吏部，责授供备库使。而对于严重影响皇室安全的失职或渎职行为更是严惩不贷。庆历八年（1048）闰正月，宿卫“谋为变”，皇城司官未觉察，事后立即毁灭证据，六位勾当皇城司长官皆遭贬官出外的惩罚。
作为皇城司人员的构成部分，皇城司胥吏也有自己的一套选任与管理体制。宋代吏职的充补最初是由官府从熟谙吏道的“等第户”中拣选出来的，以后又允许自己报名，并有产业上的保证，而出职为官。
然而，部分胥吏主要是中央官府与诸州、监司吏胥，虽有机会出职注官，却有一定限制，“吏职补官至从政郎止”。吏人出职有《年劳补官法》，凡在京百司吏人，经考试律法三道及格者，得补正名，补正名后方理年劳；补正名吏人有限制，“岁以二十人为额”。
补正名后，依不同机构之吏，三、四年授勒留官，遇恩泽可缩短为一年便授勒留官；授勒留官后或七年、八年、或五年、六年，则许出官。又有年劳满“积勤累日”，“大率须及二十余年”出官，则不经授勒留直接出职补外任官。
而凡吏人出职，免铨试，径注差遣。其寄禄阶，初授将仕郎，循至修职郎，官升至从政郎止。皇城司吏的磨勘亦符合这种大原则，程序大致与此一致。但推赏时，则可减年，徽宗政和七年正月皇城司推恩时，“内人吏减年候出职日收使，愿支赐者，特许将一年比换”，“勾押官等共二十七人，各减三年磨勘。
由于高官日益为科举出身的人把持，官与吏在身份地位上的差距便进一步拉大了。但胥吏毕竟还有借以维生的刀笔，如果再不顾廉耻地舞弊弄权，或与贪官狼狈为奸，勒索欺压百姓，照样有发财机会。
随着封建中央集权的加强，宋代出现了严重的冗官冗吏问题，各级衙门的官员在皇权淫威的笼罩下多满足于尸位素餐，他们不求有功，但求无过，也为胥吏夤缘为奸提供了可乘之机。皇城司兵的的职能还在于实际履行各种日常事务。亲从官职掌宫殿门管钥契勘，皇宫内巡察、宿卫及洒扫诸殿等事。