为了能够坐稳皇位，胡亥大开杀戒，威慑他人，除掉威胁他的人，让朝野臣服在他的脚下。
早在胡亥即位之前，胡亥、赵高、李斯就已经伪造圣旨，派遣使者前往远守大秦疆域的蒙恬、扶苏北上，命蒙恬、扶苏自尽。扶苏只有“君欲臣死，臣不得死”的忠君念头，不知真假自刎。蒙恬不甘心，不甘心不知所以而死，便下狱。
秦二世元年（公元前209年）初，胡亥仿其父秦始皇巡游天下，立石碑无论他走到哪里。然而，秦始皇立碑记功，胡亥却无功无德，只好将自己与臣子的言词片段刻在石碑上，引得后人哈哈大笑。赵高回国后，曾被胡亥提拔为郎叔令的赵高诽谤胡亥，建议胡亥在全国范围内大肆杀戮异己，以树立威信。于是，胡亥和赵高举起屠刀对着朝中的大臣，咸阳城内外的杀气顿时更加浓郁了。中央和地方官员不可避免地遭受了空前的浩劫。比如，赵高考虑到蒙恬可能会帮助素素平反，利用谣言欺骗胡亥。弟弟孟毅。
不仅如此，胡亥还怕兄弟姐妹知道自己的恶行，不顾手足之情，残忍杀害了他们。有一次，他在咸阳城处死了十二个兄弟；还有一次，他在都佑（今陕西咸阳东）将六兄弟十姐妹压死。
在胡亥的众多兄弟中，蒋路等三人性格比较沉稳，处处谨慎行事。胡亥一时找不到陷害他们的理由，便将他们暂时囚禁起来。许多兄弟被处死后，胡亥命令赵高逼迫他们自杀。卢将军对赵高派来的人说：“我们素来谨记朝廷礼仪，遵守朝廷制度，为何要被处死？”徒然。三人拔剑出鞘，在各自的脖子上擦了擦。
同年4月，胡亥表示要完成父亲秦始皇的遗愿，征召全国农民继续修建未完工的阿房宫和历山陵，并派出5万大军开赴咸阳城守之。为了解决吃饭问题问题是，胡亥下了一道诏书，要求各地要按时向咸阳运送粮草，运送的干粮也必须自带，咸阳周边三百里以内的粮食不能用。
在当皇帝之前，胡亥是一个只会吃喝玩乐的纨绔子弟。当了皇帝之后，他依旧游手好闲，无所事事。有一次，他对赵高说：“人生如白马擦肩而过，极其短暂，我既是皇帝，就应该及时享乐，你说呢？”
然而，胡亥并不安心，因为暂时的舒适触手可及，永久的享受却难以触及。于是找到李斯，对李斯说：“我以前听韩非说，尧统治天下的时候，住茅草屋，喝野菜汤，夏天穿麻布，冬天裹鹿皮；东奔西走。这么辛苦当皇帝恐怕不是他们的本意，应该是那些吃惯了清贫生活的文人提出来的吧。皇帝怎么可能那样子做？
李斯担心自己会失宠，写了一篇题为《执行监督与责任的艺术》一文，详细阐述了授权权力、治权的具体措施胡亥如获至宝，在全国加强了对不法分子的监督和打击，政府逼迫人民造反，秦二世的残酷统治让沉默的人民不再沉默。同年七月，陈胜、吴广起义，饱受暴虐刑法折磨的人民终于爆发出来，积极响应和支持起义。不仅如此，被秦国灭掉的诸侯国的子孙，纷纷打着各国的旗号，割地称王，变得四分五裂。
然而，胡亥一直对外面发生的一切一无所知。因为他想听到的是天下太平，而不是天下大乱，这样造反的人就没人敢报了。当陈胜的起义军逐渐逼近咸阳城时，胡亥仍然不相信有人在谋划。于是，那些懂得察言观色、善于拍马屁的奸臣就说陈胜不过是个小偷，地方政府完全有本事抓他，不惊动皇上。胡亥不死心，单独请教其他大臣儿子，凡是说陈升要造反的，都以“不讲理”的罪论处。
秦二世二年（公元前208年）初，叛军数十万人抵御水，形势十分危急。少府张邯建议赦免历山俘虏，再赐兵器，吩咐平乱。胡亥只好答应了。张邯率领贼兵击溃周章的军队，在曹阳（今河南零定县东）杀了周章。其后，胡海都督师司马鑫、董义率兵增援章邯。他们立下了很多战功，在成府（今河南省宝丰县）杀陈胜，在定陶（今安徽省宿县北部）攻向梁，在临济灭魏，为胡海赢得了短暂的和平。 .
为了更好的控制胡亥，赵高也在不断的想办法。他对胡亥说：“先皇统治天下多年，在群臣中威望甚高，谁也不敢做错事。你刚当上皇帝，最好不要与大臣议事，否则威慑力不足而为难。将自己压低，议事中暴露自己的弱点，行使皇权时，才能克制自己。胡亥认为赵高的话很有道理，此后便与赵高单独议事，很少会见群臣。
此时的李斯开始反省自己，后悔自己一念之差犯了大错，想要改变他的想法。眼见起义军遍地，民生每况愈下，朝政不振，会同右丞相冯弃疾、将军冯杰进谏，要求减轻农民赋税，停建王宫，取消各项差事等，胡亥拒绝了。不仅如此，胡亥还将盗贼的责任推给了他们，认为他们身居其位而不谋其势，于是将他们三人囚禁起来，追究他们的罪行。丞相冯去骥、将军冯劫为免受辱自尽。李斯不甘心就这样被囚禁起来。
赵高见李斯另有意向，立即告诉胡亥，李斯有谋反之意，应立即除掉。胡亥听从赵高的话，赶紧派人监视李斯，搜查李斯的罪证。李斯闻讯大怒，将赵高的罪行一一列举，并奏了胡亥。胡亥已经不分黑白，将李斯的奏章拿给赵高看。赵高看到后大怒，编造罪名对李斯进行肉体折磨，只好认罪。
秦二世三年（公元前207年）初，赵高出任丞相。不久，李斯被处以族刑，三族被灭。那时，赵高发挥了自己熟悉刑法的特殊性，所以用“五刑”让李斯惨死。 “五刑”包括黥（刺脸，秦朝的耻辱刑）、割鼻、斩左右趾（斩双足）、劈半（从腰斩成两半）用断头台）和醢（切成碎片）。肉糊）这五种刑罚，触目惊心，令人难以忘怀。
赵高一边杀大臣一边经营自己的权力。在他的操纵下，其弟赵诚任中车郡县，女婿任咸阳县郡县。很快，赵高的爪牙便遍布朝野。虽然权势无敌，但他并没有轻举妄动，而是提前试探了大臣们对他的态度。
秦二世三年（公元前207年）八月，赵高在朝会上向胡亥赠送了一只鹿，但他告诉胡亥这是一匹好马。胡亥以为赵高说错话了，笑说是鹿不是马。不过，赵高并不认为自己错了，只是称鹿为马而已。胡亥见赵高直不改正错误，就询问身边的大臣。这些大臣要么装聋作哑，要么附和赵高。
不久，赵高与弟弟赵承和女婿颜乐商议，决定杀掉胡亥，立他的儿子应帝。后来，郎中龄受赵高指使，谎称宫中有贼。为防止颜乐战前撤退，赵高命她去追贼，同时带着母亲去了赵高的卧室。颜乐率领千余人赶往胡亥的秦王府，所见皆杀。颜乐见到胡亥后，大骂胡亥无能，要他自杀。胡亥说要见丞相，被拒绝了。所以，贪生怕死的胡亥说他不当皇帝，但愿意当郡王、万户之主，甚至百姓，但他都被拒绝了。随后，颜乐命令士兵将胡亥杀死，胡亥不等士兵靠近就自杀了。
胡亥死后，赵高、赵丞等人为胡亥的哥哥胡亥的儿子公子婴下葬在敦南（今西安西南）宜春园内。