為了能夠坐穩皇位，胡亥大開殺戒，威懾他人，除掉威脅他的人，讓朝野臣服在他的腳下。
早在胡亥即位之前，胡亥、趙高、李斯就已經僞造聖旨，派遣使者前往遠守大秦疆域的蒙恬、扶蘇北上，命蒙恬、扶蘇自盡。扶蘇隻有“君欲臣死，臣不得死”的忠君念頭，不知真假自刎。蒙恬不甘心，不甘心不知是以而死，便下獄。
秦二世元年（公元前209年）初，胡亥仿其父秦始皇巡遊天下，立石碑無論他走到哪裡。然而，秦始皇立碑記功，胡亥卻無功無德，隻好将自己與臣子的言詞片段刻在石碑上，引得後人哈哈大笑。趙高回國後，曾被胡亥提拔為郎叔令的趙高诽謗胡亥，建議胡亥在全國範圍内大肆殺戮異己，以樹立威信。于是，胡亥和趙高舉起屠刀對着朝中的大臣，鹹陽城内外的殺氣頓時更加濃郁了。中央和地方官員不可避免地遭受了空前的浩劫。比如，趙聯考慮到蒙恬可能會幫助素素平反，利用謠言欺騙胡亥。弟弟孟毅。
不僅如此，胡亥還怕兄弟姐妹知道自己的惡行，不顧手足之情，殘忍殺害了他們。有一次，他在鹹陽城處死了十二個兄弟；還有一次，他在都佑（今陝西鹹陽東）将六兄弟十姐妹壓死。
在胡亥的衆多兄弟中，蔣路等三人性格比較沉穩，處處謹慎行事。胡亥一時找不到陷害他們的理由，便将他們暫時囚禁起來。許多兄弟被處死後，胡亥指令趙高逼迫他們自殺。盧将軍對趙高派來的人說：“我們素來謹記朝廷禮儀，遵守朝廷制度，為何要被處死？”徒然。三人拔劍出鞘，在各自的脖子上擦了擦。
同年4月，胡亥表示要完成父親秦始皇的遺願，征召全國農民繼續修建未完工的阿房宮和曆山陵，并派出5萬大軍開赴鹹陽城守之。為了解決吃飯問題問題是，胡亥下了一道诏書，要求各地要按時向鹹陽運送糧草，運送的幹糧也必須自帶，鹹陽周邊三百裡以内的糧食不能用。
在當皇帝之前，胡亥是一個隻會吃喝玩樂的纨绔子弟。當了皇帝之後，他依舊遊手好閑，無所事事。有一次，他對趙高說：“人生如白馬擦肩而過，極其短暫，我既是皇帝，就應該及時享樂，你說呢？”
然而，胡亥并不安心，因為暫時的舒适觸手可及，永久的享受卻難以觸及。于是找到李斯，對李斯說：“我以前聽韓非說，堯統治天下的時候，住茅草屋，喝野菜湯，夏天穿麻布，冬天裹鹿皮；東奔西走。這麼辛苦當皇帝恐怕不是他們的本意，應該是那些吃慣了清貧生活的文人提出來的吧。皇帝怎麼可能那樣子做？
李斯擔心自己會失寵，寫了一篇題為《執行監督與責任的藝術》一文，詳細闡述了授權權力、治權的具體措施胡亥如獲至寶，在全國加強了對不法分子的監督和打擊，政府逼迫人民造反，秦二世的殘酷統治讓沉默的人民不再沉默。同年七月，陳勝、吳廣起義，飽受暴虐刑法折磨的人民終于爆發出來，積極響應和支援起義。不僅如此，被秦國滅掉的諸侯國的子孫，紛紛打着各國的旗号，割地稱王，變得四分五裂。
然而，胡亥一直對外面發生的一切一無所知。因為他想聽到的是天下太平，而不是天下大亂，這樣造反的人就沒人敢報了。當陳勝的起義軍逐漸逼近鹹陽城時，胡亥仍然不相信有人在謀劃。于是，那些懂得察言觀色、善于拍馬屁的奸臣就說陳勝不過是個小偷，地方政府完全有本事抓他，不驚動皇上。胡亥不死心，單獨請教其他大臣兒子，凡是說陳升要造反的，都以“不講理”的罪論處。
秦二世二年（公元前208年）初，叛軍數十萬人抵禦水，形勢十分危急。少府張邯建議赦免曆山俘虜，再賜兵器，吩咐平亂。胡亥隻好答應了。張邯率領賊兵擊潰周章的軍隊，在曹陽（今河南零定縣東）殺了周章。其後，胡海都督師司馬鑫、董義率兵增援章邯。他們立下了很多戰功，在成府（今河南省寶豐縣）殺陳勝，在定陶（今安徽省宿縣北部）攻向梁，在臨濟滅魏，為胡海赢得了短暫的和平。 .
為了更好的控制胡亥，趙高也在不斷的想辦法。他對胡亥說：“先皇統治天下多年，在群臣中威望甚高，誰也不敢做錯事。你剛當上皇帝，最好不要與大臣議事，否則威懾力不足而為難。将自己壓低，議事中暴露自己的弱點，行使皇權時，才能克制自己。胡亥認為趙高的話很有道理，此後便與趙高單獨議事，很少會見群臣。
此時的李斯開始檢討自己，後悔自己一念之差犯了大錯，想要改變他的想法。眼見起義軍遍地，民生每況愈下，朝政不振，會同右丞相馮棄疾、将軍馮傑進谏，要求減輕農民賦稅，停建王宮，取消各項差事等，胡亥拒絕了。不僅如此，胡亥還将盜賊的責任推給了他們，認為他們身居其位而不謀其勢，于是将他們三人囚禁起來，追究他們的罪行。丞相馮去骥、将軍馮劫為免受辱自盡。李斯不甘心就這樣被囚禁起來。
趙高見李斯另有意向，立即告訴胡亥，李斯有謀反之意，應立即除掉。胡亥聽從趙高的話，趕緊派人監視李斯，搜查李斯的罪證。李斯聞訊大怒，将趙高的罪行一一列舉，并奏了胡亥。胡亥已經不分黑白，将李斯的奏章拿給趙高看。趙高看到後大怒，編造罪名對李斯進行肉體折磨，隻好認罪。
秦二世三年（公元前207年）初，趙高出任丞相。不久，李斯被處以族刑，三族被滅。那時，趙高發揮了自己熟悉刑法的特殊性，是以用“五刑”讓李斯慘死。 “五刑”包括黥（刺臉，秦朝的恥辱刑）、割鼻、斬左右趾（斬雙足）、劈半（從腰斬成兩半）用斷頭台）和醢（切成碎片）。肉糊）這五種刑罰，觸目驚心，令人難以忘懷。
趙高一邊殺大臣一邊經營自己的權力。在他的操縱下，其弟趙誠任中車郡縣，女婿任鹹陽縣郡縣。很快，趙高的爪牙便遍布朝野。雖然權勢無敵，但他并沒有輕舉妄動，而是提前試探了大臣們對他的态度。
秦二世三年（公元前207年）八月，趙高在朝會上向胡亥贈送了一隻鹿，但他告訴胡亥這是一匹好馬。胡亥以為趙高說錯話了，笑說是鹿不是馬。不過，趙高并不認為自己錯了，隻是稱鹿為馬而已。胡亥見趙高直不改正錯誤，就詢問身邊的大臣。這些大臣要麼裝聾作啞，要麼附和趙高。
不久，趙高與弟弟趙承和女婿顔樂商議，決定殺掉胡亥，立他的兒子應帝。後來，郎中齡受趙高指使，謊稱宮中有賊。為防止顔樂戰前撤退，趙高命她去追賊，同時帶着母親去了趙高的卧室。顔樂率領千餘人趕往胡亥的秦王府，所見皆殺。顔樂見到胡亥後，大罵胡亥無能，要他自殺。胡亥說要見丞相，被拒絕了。是以，貪生怕死的胡亥說他不當皇帝，但願意當郡王、萬戶之主，甚至百姓，但他都被拒絕了。随後，顔樂指令士兵将胡亥殺死，胡亥不等士兵靠近就自殺了。
胡亥死後，趙高、趙丞等人為胡亥的哥哥胡亥的兒子公子嬰下葬在敦南（今西安西南）宜春園内。