保持和阿拔斯朝哈里发之间的良好关系，继续争取哈里发对塞尔柱人的支持，是塞尔柱苏丹的一项基本国策。
塞尔柱人是在阿拔斯朝哈里发最为困难的时期登上政治舞台的。
通过把哈里发从布威希人的控制中解救出来，塞尔柱人向哈里发表明，他们可以成为哈里发对抗法蒂玛王朝和帝国内部什叶派威胁、保持逊尼派优势的强大支柱。
阿拔斯朝哈里发虽然在这时已丧失了管理世俗事务的权力，但作为精神领袖，仍有很大的影响力和号召力。
因此，塞尔柱人能否保持正统派卫士的地位，他们的统治是否合法，在很大程度上取决于哈里发权威的庇护。
1058年，哈里发授予托格里尔“东西方之王”和“国家之柱”的尊号，双方结成了相互支持，互为依存的关系。
然而，要使这种以哈里发为精神领袖、以塞尔柱苏丹为最高世俗统治者的两强并立且相互支持的结构固定下来并长期保持下去，还必须采取一些其他加强双方联系的政策和措施。
为此，苏丹一方面利用哈里发的宗教权威保留了这个名义上的宗主；另一方面是与阿拔斯王室联姻。
塞尔柱人采取政治联姻的手段，在阿拔斯家族与塞尔柱家族之间建立了姻亲关系。
哈里发嘎义木于1056年3月与托格里尔的侄女、阿尔普·阿尔斯兰的妹妹成婚；
1062年12月，托格里尔娶了哈里发嘎义木的女儿；
1071年，阿尔斯兰把女儿嫁给嘎义木之子、后来继位的哈里发穆克塔迪。
为了得到哈里发的好感，阿尔斯兰让哈里发嘎义木的女儿、孀居的托格里尔妻子回到父亲身
边。
政治联姻的做法既加强了塞尔柱苏丹和哈里发之间的联系，又使塞尔柱苏丹在一定程度上控制了哈里发。
除此之外，塞尔柱苏丹还采取了其他措施，以博取哈里发的好感。
塞尔柱苏丹的首都设在伊斯法罕，他和哈里发之间的联系主要通过苏丹驻巴格达的代表来维系，为此塞尔柱苏丹有意选择哈里发喜欢的人充任代表。
在经济方面，塞尔柱苏丹取消了在伊拉克的各种非法税收；
通过对守护圣地的埃米尔提供财政补贴，换取他取消对朝圣者征收的朝圣税，并增加了分配给哈里发伊克塔（即领地）。
这些措施使哈里发的财政状况得到一定改善，因而赢得哈里发的好感，塞尔柱苏丹的统治地位也因此得到加强。
塞尔柱苏丹还派自己的代理人去巴格达担任“沙黑纳”(军事监管官员)，负责维持巴格达的治安，必要时镇压城民的叛乱。
在马立克沙统治时期，塞尔柱帝国对哈里发的政策有所改变，特别是在马立克沙统治后期。
马立克沙是想让他的外孙（他女儿与哈里发所生）兼任哈里发和苏丹，但是这个计划没有实现。
1091年冬，马立克沙将塞尔柱王朝政府迁移到哈里发的首都巴格达，哈里发直接处于苏丹的控制之下，成为了傀儡，在祈祷中，苏丹的名字与哈里发的名字并列在一起。
塞尔柱人原是一支游牧民，他们利用自己的军事优势，从马背上夺取了天下。
他们的征服地区，即中亚、伊朗和两河流域，都是具有悠久文化和多种宗教信仰的地区。
塞尔柱人在这些地区内的统治，兼有伽色尼王朝和喀喇汗王朝的统治方式。
与伽色尼王朝一样，塞尔柱人在它的统治地区内，也没有共同的民族基础。
20伽色尼王朝征服一地，就把以萨曼王朝模式为基础的波斯官僚机构强加于该地。
它能维持统治是由于不停地征服和源源不断的战利品。
塞尔柱帝国象喀喇汗王朝一样具有广泛的民族基础，即突厥各族；同时也实行分封，把领土分成小块，让王室成员统治。
因此，塞尔柱人的统治既继承了伽色尼王朝的波斯统治模式，又像喀喇汗王朝一样保留着突厥国家的分封制。
与两者一样，塞尔柱帝国还利用伊斯兰教统治国家，寻求哈里发对该政权的认可，使自己的政权获得合法性。
塞尔柱帝国最初与喀喇汗王朝一样采取二元的统治方式。
帝国的领土在两兄弟之间被分割，西部为帝国中心所在地，由兄托格里尔统治；东部为托格里尔之弟查基尔统治。
不过，这种统治形式只存在于塞尔柱人由原始部落向封建制度的过渡阶段。
在查基尔去世（1059年）以后，这种二元性在塞尔柱帝国中似乎不存在了，起码是不明确了。
