保持和阿拔斯朝哈裡發之間的良好關系，繼續争取哈裡發對塞爾柱人的支援，是塞爾柱蘇丹的一項基本國策。
塞爾柱人是在阿拔斯朝哈裡發最為困難的時期登上政治舞台的。
通過把哈裡發從布威希人的控制中解救出來，塞爾柱人向哈裡發表明，他們可以成為哈裡發對抗法蒂瑪王朝和帝國内部什葉派威脅、保持遜尼派優勢的強大支柱。
阿拔斯朝哈裡發雖然在這時已喪失了管理世俗事務的權力，但作為精神領袖，仍有很大的影響力和号召力。
是以，塞爾柱人能否保持正統派衛士的地位，他們的統治是否合法，在很大程度上取決于哈裡發權威的庇護。
1058年，哈裡發授予托格裡爾“東西方之王”和“國家之柱”的尊号，雙方結成了互相支援，互為依存的關系。
然而，要使這種以哈裡發為精神領袖、以塞爾柱蘇丹為最高世俗統治者的兩強并立且互相支援的結構固定下來并長期保持下去，還必須采取一些其他加強雙方聯系的政策和措施。
為此，蘇丹一方面利用哈裡發的宗教權威保留了這個名義上的宗主；另一方面是與阿拔斯王室聯姻。
塞爾柱人采取政治聯姻的手段，在阿拔斯家族與塞爾柱家族之間建立了姻親關系。
哈裡發嘎義木于1056年3月與托格裡爾的侄女、阿爾普·阿爾斯蘭的妹妹成婚；
1062年12月，托格裡爾娶了哈裡發嘎義木的女兒；
1071年，阿爾斯蘭把女兒嫁給嘎義木之子、後來繼位的哈裡發穆克塔迪。
為了得到哈裡發的好感，阿爾斯蘭讓哈裡發嘎義木的女兒、孀居的托格裡爾妻子回到父親身
邊。
政治聯姻的做法既加強了塞爾柱蘇丹和哈裡發之間的聯系，又使塞爾柱蘇丹在一定程度上控制了哈裡發。
除此之外，塞爾柱蘇丹還采取了其他措施，以博取哈裡發的好感。
塞爾柱蘇丹的首都設在伊斯法罕，他和哈裡發之間的聯系主要通過蘇丹駐巴格達的代表來維系，為此塞爾柱蘇丹有意選擇哈裡發喜歡的人充任代表。
在經濟方面，塞爾柱蘇丹取消了在伊拉克的各種非法稅收；
通過對守護聖地的埃米爾提供财政補貼，換取他取消對朝聖者征收的朝聖稅，并增加了配置設定給哈裡發伊克塔（即領地）。
這些措施使哈裡發的财政狀況得到一定改善，因而赢得哈裡發的好感，塞爾柱蘇丹的統治地位也是以得到加強。
塞爾柱蘇丹還派自己的代理人去巴格達擔任“沙黑納”(軍事監管官員)，負責維持巴格達的治安，必要時鎮壓城民的叛亂。
在馬立克沙統治時期，塞爾柱帝國對哈裡發的政策有所改變，特别是在馬立克沙統治後期。
馬立克沙是想讓他的外孫（他女兒與哈裡發所生）兼任哈裡發和蘇丹，但是這個計劃沒有實作。
1091年冬，馬立克沙将塞爾柱王朝政府遷移到哈裡發的首都巴格達，哈裡發直接處于蘇丹的控制之下，成為了傀儡，在祈禱中，蘇丹的名字與哈裡發的名字并列在一起。
塞爾柱人原是一支遊牧民，他們利用自己的軍事優勢，從馬背上奪取了天下。
他們的征服地區，即中亞、伊朗和兩河流域，都是具有悠久文化和多種宗教信仰的地區。
塞爾柱人在這些地區内的統治，兼有伽色尼王朝和喀喇汗王朝的統治方式。
與伽色尼王朝一樣，塞爾柱人在它的統治地區内，也沒有共同的民族基礎。
20伽色尼王朝征服一地，就把以薩曼王朝模式為基礎的波斯官僚機構強加于該地。
它能維持統治是由于不停地征服和源源不斷的戰利品。
塞爾柱帝國象喀喇汗王朝一樣具有廣泛的民族基礎，即突厥各族；同時也實行分封，把領土分成小塊，讓王室成員統治。
是以，塞爾柱人的統治既繼承了伽色尼王朝的波斯統治模式，又像喀喇汗王朝一樣保留着突厥國家的分封制。
與兩者一樣，塞爾柱帝國還利用伊斯蘭教統治國家，尋求哈裡發對該政權的認可，使自己的政權獲得合法性。
塞爾柱帝國最初與喀喇汗王朝一樣采取二進制的統治方式。
帝國的領土在兩兄弟之間被分割，西部為帝國中心所在地，由兄托格裡爾統治；東部為托格裡爾之弟查基爾統治。
不過，這種統治形式隻存在于塞爾柱人由原始部落向封建制度的過渡階段。
在查基爾去世（1059年）以後，這種二進制性在塞爾柱帝國中似乎不存在了，起碼是不明确了。
