在面对制药企业废水的时候，应该如何确定其处理流程呢？这就要从它的基本特性来分析。制药废水主要特点是：有机物含量高、氨氮高、成分复杂、毒性大、色度重、毒性高、可生化性差、间歇排放等。
预处理阶段：去除废水中存在的大量颗粒悬浮物或油脂，降低有机物浓度，提高废水可生化性。预处理阶段经常会使用到物理、化学、物化等方法进行初步处理，常用到混凝沉淀、气浮、吸附、电解、化学氧化等。
水解酸化：不溶性有机物水解为可溶性有机物，将难生物降解的大分子物质转化为易生物降解的小分子有机物质的过程。水解酸化是厌氧反应的前期阶段，提高废水的可生化性，利于后续的好氧生物处理。水解酸化分四个阶段：水解、发酵、产乙酸、产甲烷。水解酸化对制药废水、化工废水中的悬浮物去除率高，可以在水解反应器中部分消化。
厌氧阶段：常用的厌氧反应器是升流式厌氧污泥床（UASB），这个工艺具有厌氧过滤和厌氧活性污泥的双重特点，能够将废水中的污染物转化为甲烷和二氧化碳，可以作为一种清洁能源。此外，还有一种更高效的IC厌氧反应器。这种反应器克服了UASB处理废水有机物浓度低（CODcr在1500-2000mg/L以下）的限制，并解决了产生大量气体而造成污泥流失的问题。
升流式污泥反应器（UASB）的工作原理是：废水被均匀的引入到反应器的底部，随着废水量增加，向上通过装满絮状的具有生物活性污泥的污泥床。厌氧消化就发生在废水和絮状污泥接触的过程，反应会产生大量的气体，主要包括甲烷和二氧化碳。气体在反应器内废水中上升的时候，活性污泥颗粒会吸附在气泡上，随着一起上升，起到了搅拌的作用，引发反应器内部水力循环。携带污泥的气体上升到顶部的时候，会遇到反应器内的三相分离器。污泥絮状体碰到气体反射板的底部的时候，引起附着气泡的污泥絮体脱气。气泡释放后的污泥絮体将沉积到污泥床的表面，重新开始新一轮的厌氧反应。摆脱活性污泥的气体会被收集到反应器顶部的集气室，然后汇集到排气总管，排气总管接水封罐，防止回火。
好氧阶段：传统的好氧生物工艺有活性污泥法、接触氧化法、SBR和氧化沟等工艺，就是在有氧条件下，微生物新陈代谢过程中分解废水中的有机污染物。经过厌氧反应阶段后，剩下废水中的有机物，在氧气充足的条件下，好氧微生物能够快速增长，好氧降解能力也会提高。