1690年底，清朝康熙皇帝为了不让准噶尔国继续膨胀。康熙亲自率部把噶尔丹堵在张家口和库伦之间的乌兰布通，并且用火炮痛击他，噶尔丹仓皇逃窜，喀尔喀全境得以重回喀尔喀汗们手中。随后，喀尔喀汗承认了清朝的宗主地位。
1695年，噶尔丹卷土重来，穿过喀尔喀全境直入克鲁伦河流域，企图策反科尔沁人，但科尔沁人很快告之北京朝廷。1696年春，康熙皇帝再次御驾亲征。同年6月，清朝将领费扬古在昭莫多用火炮和洋枪再次打败噶尔丹。1697年，正当康熙皇帝准备乘胜追击时，噶尔丹却病倒了，并于不久后去世。
噶尔丹的去世让准噶尔国在塔尔巴哈台得以继续存在，因为康熙已经满足于对喀尔喀人享有保护权；更因为北京的宫廷把噶尔丹的侄子、僧格之子策妄阿拉布坦当作盟友。
可是，策妄阿拉布坦在击败吉尔吉斯--哈萨克人的挑衅后，并未等到其西部领土完全巩固，就实施了叔叔噶尔丹的反清政策。1717年6月，策妄阿拉布坦利用当时西藏政治、宗教的动乱，派大弟策凌敦多布率兵入侵西藏，在先后打败拉藏汗和中原守军后，于当年12月2日攻陷拉萨。
信奉喇嘛教的准噶尔人洗劫了自己的宗教圣地布达拉宫。这种野蛮的入侵行为让康熙大为恼怒，他绝不容许准噶尔国把势力延伸到西藏。1718年，他命令四川长官进军西藏，但这位长官在那曲兵败被杀。
1720年，康熙又命两路兵马入藏，从新疆和四川夹击准噶尔军。早已引起藏民们仇恨的准噶尔人被击溃，于当年秋天仓皇逃离西藏，仅剩下小部分兵马。
策妄阿拉布坦在戈壁的战况也很吃紧。1715年，准噶尔军攻夺哈密未遂，却于次年被清军攻占了与哈密相邻的巴里坤。随后，清军兵分两路，在吐鲁番和乌鲁木齐先后击溃准噶尔军，并在吐鲁番建立了军屯区。期间，吐鲁番的穆斯林反对准噶尔人统治的战争，为清朝的行动提供了便利。
远征的胜利，使康熙皇帝很有可能发动起对准噶尔本地的征服，然而，随着1722年12月康熙皇帝的去世，清朝对准噶尔人的政策发生了变化。1724年，继位的雍正皇帝和策妄阿拉布坦议和。1727年，不守协议的准噶尔人又趁势占领吐鲁番，恢复了对清朝的攻击。
1727年，策妄阿拉布坦去世，他的儿子噶尔丹策凌继位。噶尔丹策凌非常敌视清朝，双方于1731年重新兵戎相见。一队清军从巴里坤前往乌鲁木齐，击溃了集结在那里的准噶尔军，但他们并没有留在那里。另一队清军深入准噶尔腹地，但由于缺少支援，这支清军几乎全军覆没，最后，他们只好撤离科布多和吐鲁番。获胜的准噶尔人又举兵入侵喀尔喀地区，却遭到喀尔喀人的顽强抵抗，并没什么收获。1731~1734年，清军夺回了乌里雅苏台和科布多，直取黑额尔齐斯河。
1735年，雍正皇帝提出与噶尔丹策凌议和，在中原保留杭爱山以东地区，准噶尔人得到该山脉以西和西南地区的基础上，双方达成了休战协议。雍正皇帝去世后，其子乾隆皇帝也认可了这一协议。这次和平一直维持到1745年底噶尔丹策凌去世时。
1754年，在准噶尔内乱中失利的辉特部王、噶尔丹策凌的女婿阿睦尔撒纳和许多杜尔伯特部、和硕特部首领都投靠了清朝，乾隆皇帝盛情的接待了他们，并且派兵帮其夺回固尔扎，赶跑策凌敦多布的孙子达瓦齐。达瓦齐后来被清将领班第擒获，在北京受到几年优待后，于1759年去世。
班第在固尔扎镇守，他宣布解散准噶尔人的政治体系，准备分一杯羹的阿睦尔撒纳极度失望。他在被押送回北京的途中逃脱，回到固尔扎，煽动准噶尔人造反。1755年，陷入准噶尔人重围的班第因毫无被营救的希望而绝望自杀。1757年春，满族将军兆惠率兵深入叶密立河畔，而另一些清军被派去收复固尔扎。四面受敌的阿睦尔撒纳逃往俄国避难。
至此，准噶尔人的统治宣告结束，其领域全部被清朝占领，当地居民几乎全部被杀，另一些地区的移民填充了这些地区。
在1757年之前，喀什噶尔是一个伊斯兰教国家，处于准噶尔国的保护之下。准噶尔被灭后，喀什噶尔的形势便危如累卵。1758年，清朝将军兆惠从伊犁河进军塔里木，在叶尔羌与小和卓霍集占进行了反复的围攻战。1759年初，他与清朝将领富德联手，占领了叶尔羌，喀什随后投降，大小和卓逃往巴达克山避难。
在清军的威逼下，这两个避难者被当地穆斯林酋长处死，他们的首级被送到富德将军面前。兆惠将喀什噶尔并入大清版图，该地成了满清帝国的“新的边疆地”，即新疆。
清朝对伊犁河流域和喀什噶尔的吞并表明，在定居民族先进武器的攻击下，草原游牧民族已经丧失了弓强马壮的优势。同时，它标志着定居民族对游牧民族、农耕地对草原的胜利。