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鳃是南美白对虾重要的器官，主要起呼吸作用，同时鳃部又是虾发病时的一个指示性器官，许多病原都会导致对虾发生鳃病，这是因为鳃部是虾体与外界直接接触的器官，其防御能力又较弱，所以当病原感染时，鳃部往往首先受到危害而出现症状。
由于鳃参与了虾体的呼吸、排泄等生理活功，在机体代谢中起着十分重要的作用，鳃功能的损害，必然使病症加重，甚至死亡，这也是对虾鳃病危害性较大的原因。通过观察虾鳃的病变，尤其是鳃部的颜色，可以及时的判断对虾的发病情况及病因。常见鳃病变的颜色表现为黄色和黑色。
具体原因可以分为以下几种：
1、细菌性侵染：
对虾患病后，摄食减少或停止，常无规则的在池边缓慢游动，时而头朝上在水面打转，易受惊而跳出水面。换水时，常因体乏被水流冲至排污口拦底。重症者失去平衡，侧卧池底死亡。引发该病的病原为弧菌，其中以溶藻弧菌、副溶血弧菌、鳗弧菌最为常见。
在发病的初期，虾鳃呈淡黄色。随着病情的发展，鳃丝更加肿大，呈松散状，并由黄色变为黄褐色，形成斑块；鳃组织变脆，甚至糜烂；体色转暗，鳃区甲壳内侧变黄。第二触鞭变红易断，甲壳上有黑色溃疡或黑斑，肌肉白浊，有些对虾的游泳足变红，血凝时间延迟。镜检可见鳃丝末端无规则肿大，鳃组织出现空泡状变性；鳃丝内部和血淋巴中有杆状细菌活动。建议拌料内服五黄粉+弧菌净，用于虾蟹及蛙类红腿病、荧光病、瞎眼病、烂鳃病、黑鳃病、甲壳溃疡病等细菌性疾病的防治。
2、纤毛虫类附着：
病虾活动呆滞，食欲减弱。鳃盖略外翻，鳃部膨大，鳃丝上附有许多绒毛状的浅黄色物体，若粘有其它杂物则常呈黄褐色或黑色。在显微镜下可见附着物为大量密集、能活动的纤毛虫。纤毛虫一般不侵入虾体组织内，鳃部等组织，包括血液都无明显的病理变化，也未发现细菌或其它生物。病虾鳃部发现的纤毛虫主要有聚缩虫、单缩虫和累枝虫、钟形虫。建议拌料内服寄生净，驱杀和抑制体内外寄生虫及水中游离寄生虫，如斜管虫、车轮虫、纤毛虫等；产品在 水产养殖技术宝典。寄生净是以安全无毒的中药原料，具有内外双驱虫的效果，让寄生虫逐步脱离鱼体，同时处理寄生虫导致的鳃部粘液过多、鳃小片肿胀的问题——这是寄生虫危害最大的地方。通过这两个方面的作用，达到鱼体逐步恢复健康的目的。
3、藻类附生：
在藻类繁殖过盛，虾池水呈近酱色时，对虾也会因大量藻类（特别是硅藻）堆积于鳃叶中而使鳃区呈黄色。但虾的活动摄食并未出现明显异常。在一些新建的黄泥底质虾池放养潜底性种类，或进行越冬，由于鳃部沾了底泥，对虾也会出现黄鳃。
4、环境不良：
由环境因素造成的黑鳃是生理性的，外观鳃区呈一条条黑色花纹，镜检时鳃丝局部或弥漫性坏死，坏死的鳃丝呈褐色或黑色。养殖用水被镉、铜、原油等污染后水质变差，池底残存饲料腐烂分解后产生氨、亚硝酸盐、硫化氢等物质，使虾慢性中毒而引起黑鳃病；也有因为在防治虾病时使用硫酸铜或高锰酸钾剂量过大或次数过多，铜离子直接损伤鳃丝，或高锰酸钾形成的二氧化锰粘附在鳃丝表面，引起黑鳃；此外，由于对虾缺乏维生素C，也易引发虾患黑鳃病。
黄、黑鳃对对虾的危害：
1、对虾患病后，摄食减少或停止摄食，生长缓慢；
2、无法适量的吸收水体营养物质、微量元素会造成瘦身、棉花虾，直接影响对虾的上市销售；
3、病虾因鳃部呼吸功能受损，引起对虾呼吸困难体内中毒缺氧，体质差而出现脱壳不遂陆续死亡。
对虾鳃病防治方法：
1、增加开启增氧机的时间：以提高池水溶解氧的含量，因为对虾鳃部有病变，易引起虾体缺氧，当遇到不良天气时，导致大量死亡。
2、有条件时先换水15-20cm：然后用水体消毒剂聚维酮碘等全池泼洒，隔天重复一次。最好消毒后的第二天再适当换水。
3、生石灰一次用量，每亩15～20公斤，定期全池泼洒，预防由水中悬浮物有机质过多引起的黑鳃病。但是池塘氨氮NH4过高时，特别是高于标准时，要慎重使用生石灰，或少量多次的方法泼洒生石灰。
4、定期驱虫抑菌：纤毛虫引起的对虾鳃部问题，可用寄生净，1袋拌120斤料，并配合泼洒，1袋泼洒一米深的水5亩，有效防治纤毛虫；同时，配合弧菌净可以抑制弧菌，抑制有害菌的繁殖。临床应用证实能有效抑制和有害病菌病原微生物的生长繁殖，维护动物呼吸系统、肠道健康，可长期安全添加，无害无残留。