1871年，琉球王国的一艘船只遭遇飓风，漂到了台湾海岸，船上50多人遭到了当地“生番”的杀害。按照常理，此事应该由清朝和琉球国来谈判处理才对，然而日本却派遣3000人入侵台湾，此事被称为“牡丹社事件”。牡丹社事件是日本对中国侵略的一次试探，目的逼迫清朝承认日本对琉球的吞并。这件事对整个东亚的军事部署都产生了重要的影响。
清代之前，中国将台湾岛和琉球群岛均视为“琉球”，如明初将琉球国称为“大琉球”，台湾岛称为“小琉球”。南宋时期，琉球国建立，到1372年和明朝建立了朝贡关系，接受了明朝册封。然而在1609年，丰臣秀吉派萨摩藩征服了琉球，琉球必须同时对两国称臣。
日本明治维新之后，国力蒸蒸日上，对外扩张的野心逐渐暴露。1868年，日本将琉球国置于鹿儿岛县的管辖之下，并试图直辖其地。此举没有获得琉球国王的同意。当时，琉球国也是清朝的藩属国，日本想要真正占据琉球还必须要得到清朝的认可。
1871年10月，一艘琉球宫古岛岛民的进贡船在回那霸时遭遇台风，漂流到了台湾南部的“生番”牡丹社，船上一共69人，溺死3人，有66人登岸。但是他们意外闯进了台湾原住民地区，被杀害了54人，逃出的12人在台湾汉人的营救下到达台南，被清朝传送回国。
当时台湾许多地区都已经被移民开发，但是依然有不少山区是原住民地区，清朝将这些原住民称为“生番”，也就是现在说的高山族。台湾岛是东亚地区贸易中转枢纽，每年都有大量的中外商船在此遭遇台风遇难，而当地“生番”往往野蛮地将之杀害。1867年，西方商船和“十八番社”首领卓杞笃达成了协定，史称“南岬之盟”。不过，卓杞笃并不能约束所有的“生番”，所以杀难民的事件时有发生。
牡丹社事件发生后，琉球国并没有能力来处理了。由于日本不断侵蚀琉球主权，“琉球王府却无力处理此事，因为二个多世纪以来，在日本萨摩领主控制下，琉球中山王已无独力行使主权的力量。”于是，琉球向日本求救。1872年，琉球伊江王子尚健带领使团到东京祝贺明治天皇亲政，被册封为了华族。此后，琉球就正式沦为了日本的属地。
第二年，日本派外务卿副岛种臣来华，试图和清朝交涉牡丹社事件总理衙门认为琉球是中国属国，与日本毫无关系，因而拒绝了日本的要求。清朝官员还提到“尝闻有琉球岛民在台湾被杀，但从未闻有日本人在台湾被杀。”当时列强也不承认日本对琉球的主权要求，如英国驻日公使帕克斯反复强调：琉球属于中国。
70年代初也是中日关系正式确立的时候。早在1871年，日本派遣使团访问中国，经过一番讨价还价，终于签订了《中日修好条规》，这是一个平等条约。在谈判中，日本不允许清朝使用“中国”这个国号，认为“中国系对本国边疆荒服而言”，清朝代表认为“我中华之称中国，自上古迄今由来已久，从无改写国号之例。”双方一度谈崩。最终，李鸿章表示妥协，在汉文文本中用“中国”，而日文文本中用“大清国”。此事证明了日本表面上和中国修好，实际上却暗中制造、宣传“元清非中国论”，阴谋分裂中国。
《中日修好条规》
1873年3月，日本九州岛的一艘船只在台湾东南海岸马武窟一带触礁，其船员被当地原住民劫掠，不过未伤及性命。这次受害的终于是日本人了，于是日本抓住机会向清朝交涉。清朝派遣毛昶熙、董恂和日本谈判，二人在谈判中提到“杀人者皆属生番，系化外之民”。
结果日本代表就借此大加发挥，说“清政府不对南部先住民负责”，并大肆在国际上宣传“清国既不行使、也未声称对生番地区有控制权，是广为国际周知之事，故日方不认为有必要取得任何形诸文字的承诺。况且清国的地图界定其控制的疆域仅为被后山环围之地，已将原住民居住区排除在外。”日本借此大造舆论，目的就是为侵略做好准备。
1874年2月，日本通过《台湾番地处分要略》，将旧事重提，以牡丹社事件为借口，出兵台湾。随后，日本的3600军队在台湾射寮登陆，开始大肆进攻台湾生番村庄。台湾生番英勇反抗，日军死伤达500人。日军虽然凭借先进的武器击溃了生番，但是却无法适应当地的气候，出现了大规模的疾病。于是，日本军队只能撤到龟山，在此建立“台湾事务都督府”“台湾事务局”，准备屯田据守。
清朝方面也立即让福建船政大臣沈葆桢担任钦差大臣，负责台湾和东南海防事务。邓廷桢在台湾调集了1万多军队，准备对日作战。日本担心和中国交战可能威胁到日本的主权安全，于是转而求助于英美斡旋。李鸿章等人不敢违背英美的“调停”，力主和日本议和。经过一个月的谈判，中日双方在1874年九月签订了《台事专条》。条约承认了日本的“保民义举”，给予日本军队赔偿50万两作为撤兵条件。
这个条约的签订，充分反映了李鸿章骨头的柔软，但是，到底有没有骨头还是一个未知数。通过此条约，就让清朝从事实上承认了日本对琉球的占领，日本的目的也就达到了。第二年，日本就派兵进驻琉球，终止了琉球和清朝的宗藩关系。琉球国派遣尚德宏到中国求助，但是清廷也不管不问了，说明放弃了。1879年，日本正式在琉球“废藩置县”，琉球国变成了冲绳县。
李鸿章被日本的军事威胁吓破了胆，他在朝廷上公然要求放弃新疆，要将西北的边防军费全部用于海防，打造近代化的舰队。还好左宗棠据理力争，最终清朝同意塞防和海防并重，并让左宗棠出兵收复了新疆。
牡丹社事件发生后，清朝意识到了台湾的重要性，开始大力经营、开发台湾岛。首先是台湾的官民开始大规模修建堡垒，加强防御力量。随后罗大春在台北实行“开山抚番”，修通了苏澳至花莲的道路，在大规模进行了垦荒、兴办义学，加速了台北地区的开发。最后，清朝于1885年设立台湾省，刘铭传为第一任巡抚。
刘铭传在台湾大搞洋务运动，编练新军、修建铁路、开发矿产、创办电讯、改革邮政、发展航运，使得台湾成为了清朝最先进的一个省之一，因而刘铭传被称为“台湾洋务运动之父”和“台湾近代化之父之誉。”
但是，一个小小的琉球怎么可能喂饱日本呢？1878年，日本设立参谋本部，将中国作为了第一侵略目标。1884年，日本开始了长达10年的对华作战准备，1887年，日本出台了“征讨清国策”，其中提到“分割清国，使之成为数个小邦国。”日本的政策已经决定了，中日之间必有生死决战。