1871年，琉球王國的一艘船隻遭遇飓風，漂到了台灣海岸，船上50多人遭到了當地“生番”的殺害。按照常理，此事應該由清朝和琉球國來談判處理才對，然而日本卻派遣3000人入侵台灣，此事被稱為“牡丹社事件”。牡丹社事件是日本對中國侵略的一次試探，目的逼迫清朝承認日本對琉球的吞并。這件事對整個東亞的軍事部署都産生了重要的影響。
清代之前，中國将台灣島和琉球群島均視為“琉球”，如明初将琉球國稱為“大琉球”，台灣島稱為“小琉球”。南宋時期，琉球國建立，到1372年和明朝建立了朝貢關系，接受了明朝冊封。然而在1609年，豐臣秀吉派薩摩藩征服了琉球，琉球必須同時對兩國稱臣。
日本明治維新之後，國力蒸蒸日上，對外擴張的野心逐漸暴露。1868年，日本将琉球國置于鹿兒島縣的管轄之下，并試圖直轄其地。此舉沒有獲得琉球國王的同意。當時，琉球國也是清朝的藩屬國，日本想要真正占據琉球還必須要得到清朝的認可。
1871年10月，一艘琉球宮古島島民的進貢船在回那霸時遭遇台風，漂流到了台灣南部的“生番”牡丹社，船上一共69人，溺死3人，有66人登岸。但是他們意外闖進了台灣原住民地區，被殺害了54人，逃出的12人在台灣漢人的營救下到達台南，被清朝傳送回國。
當時台灣許多地區都已經被移民開發，但是依然有不少山區是原住民地區，清朝将這些原住民稱為“生番”，也就是現在說的山胞。台灣島是東亞地區貿易中轉樞紐，每年都有大量的中外商船在此遭遇台風遇難，而當地“生番”往往野蠻地将之殺害。1867年，西方商船和“十八番社”首領卓杞笃達成了協定，史稱“南岬之盟”。不過，卓杞笃并不能限制所有的“生番”，是以殺難民的事件時有發生。
牡丹社事件發生後，琉球國并沒有能力來處理了。由于日本不斷侵蝕琉球主權，“琉球王府卻無力處理此事，因為二個多世紀以來，在日本薩摩領主要制下，琉球中山王已無獨力行使主權的力量。”于是，琉球向日本求救。1872年，琉球伊江王子尚健帶領使團到東京祝賀明治天皇親政，被冊封為了華族。此後，琉球就正式淪為了日本的屬地。
第二年，日本派外務卿副島種臣來華，試圖和清朝交涉牡丹社事件總理衙門認為琉球是中國屬國，與日本毫無關系，因而拒絕了日本的要求。清朝官員還提到“嘗聞有琉球島民在台灣被殺，但從未聞有日本人在台灣被殺。”當時列強也不承認日本對琉球的主權要求，如英國駐日公使帕克斯反複強調：琉球屬于中國。
70年代初也是中日關系正式确立的時候。早在1871年，日本派遣使團通路中國，經過一番讨價還價，終于簽訂了《中日修好條規》，這是一個平等條約。在談判中，日本不允許清朝使用“中國”這個國号，認為“中國系對本國邊疆荒服而言”，清朝代表認為“我中華之稱中國，自上古迄今由來已久，從無改寫國号之例。”雙方一度談崩。最終，李鴻章表示妥協，在漢文文本中用“中國”，而日文文本中用“大清國”。此事證明了日本表面上和中國修好，實際上卻暗中制造、宣傳“元清非中國論”，陰謀分裂中國。
《中日修好條規》
1873年3月，日本九州島的一艘船隻在台灣東南海岸馬武窟一帶觸礁，其船員被當地原住民劫掠，不過未傷及性命。這次受害的終于是日本人了，于是日本抓住機會向清朝交涉。清朝派遣毛昶熙、董恂和日本談判，二人在談判中提到“殺人者皆屬生番，系化外之民”。
結果日本代表就借此大加發揮，說“清政府不對南部先住民負責”，并大肆在國際上宣傳“清國既不行使、也未聲稱對生番地區有控制權，是廣為國際周知之事，故日方不認為有必要取得任何形諸文字的承諾。況且清國的地圖界定其控制的疆域僅為被後山環圍之地，已将原住民居住區排除在外。”日本借此大造輿論，目的就是為侵略做好準備。
1874年2月，日本通過《台灣番地處分要略》，将舊事重提，以牡丹社事件為借口，出兵台灣。随後，日本的3600軍隊在台灣射寮登陸，開始大肆進攻台灣生番村莊。台灣生番英勇反抗，日軍死傷達500人。日軍雖然憑借先進的武器擊潰了生番，但是卻無法适應當地的氣候，出現了大規模的疾病。于是，日本軍隊隻能撤到龜山，在此建立“台灣事務都督府”“台灣事務局”，準備屯田據守。
清朝方面也立即讓福建船政大臣沈葆桢擔任欽差大臣，負責台灣和東南海防事務。鄧廷桢在台灣調集了1萬多軍隊，準備對日作戰。日本擔心和中國交戰可能威脅到日本的主權安全，于是轉而求助于英美斡旋。李鴻章等人不敢違背英美的“調停”，力主和日本議和。經過一個月的談判，中日雙方在1874年九月簽訂了《台事專條》。條約承認了日本的“保民義舉”，給予日本軍隊賠償50萬兩作為撤兵條件。
這個條約的簽訂，充分反映了李鴻章骨頭的柔軟，但是，到底有沒有骨頭還是一個未知數。通過此條約，就讓清朝從事實上承認了日本對琉球的占領，日本的目的也就達到了。第二年，日本就派兵進駐琉球，終止了琉球和清朝的宗藩關系。琉球國派遣尚德宏到中國求助，但是清廷也不管不問了，說明放棄了。1879年，日本正式在琉球“廢藩置縣”，琉球國變成了沖繩縣。
李鴻章被日本的軍事威脅吓破了膽，他在朝廷上公然要求放棄新疆，要将西北的邊防軍費全部用于海防，打造近代化的艦隊。還好左宗棠據理力争，最終清朝同意塞防和海防并重，并讓左宗棠出兵收複了新疆。
牡丹社事件發生後，清朝意識到了台灣的重要性，開始大力經營、開發台灣島。首先是台灣的官民開始大規模修建堡壘，加強防禦力量。随後羅大春在台北實行“開山撫番”，修通了蘇澳至花蓮的道路，在大規模進行了墾荒、興辦義學，加速了台北地區的開發。最後，清朝于1885年設立台灣省，劉銘傳為第一任巡撫。
劉銘傳在台灣大搞洋務運動，編練新軍、修建鐵路、開發礦産、創辦電訊、改革郵政、發展航運，使得台灣成為了清朝最先進的一個省之一，因而劉銘傳被稱為“台灣洋務運動之父”和“台灣近代化之父之譽。”
但是，一個小小的琉球怎麼可能喂飽日本呢？1878年，日本設立參謀本部，将中國作為了第一侵略目标。1884年，日本開始了長達10年的對華作戰準備，1887年，日本出台了“征讨清國策”，其中提到“分割清國，使之成為數個小邦國。”日本的政策已經決定了，中日之間必有生死決戰。