由于大流士被扔到了草丛中，等到亚历山大的士兵发现他时，波斯最后一任国王已经断了气。看着眼前大流士三世的遗体，亚历山大沉默良久，脱下自己的披风盖在了他的遗体上。然后命人把大流士送到了苏萨，并在那里为他举行了符合波斯国王规格的葬礼。
大流士三世
贝索斯等人原本以为亚历山大要的是大流士，但是没想到亚历山大的目标根本不是大流士。追击大流士只是一个借口，他真正的意图是要东征。东征其实也是一个借口，他其实就是想去探索未知的世界。这个真实的意图，估计即使是亚历山大最亲密的战友也无法理解。所以，之后才出现了大批部下反对他的情况。
一年后，亚历山大开始继续追击之前逃跑的贝索斯和另外两个总督。
之所以停止了一年，才再次开始追击，主要原因就是因为之前提到过的，部队内部有人叛乱，企图暗杀亚历山大。
叛乱在还没开始前就被侦破，他们的首脑中居然有亚历山大的左膀右臂，帕米尼欧的长子菲洛塔斯，这让亚历山大头疼不已。
亚历山大画像
关于叛乱的原因，后世有不少相关的说法。比较重要的有以下几条：1、亚历山大要求部下跟波斯人一样，在见到他时需要磕头请安；2、任命波斯人担任地方总督；3、出席正式场合时穿着波斯风格的豪华服装；4、无休无止的东征。
实际上，我们看到以上几条叛乱的原因，得出的第一印象，就是这些部下根本不理解亚历山大，或者普遍缺少统治一个大型帝国的政治智慧。
先说第一条，如果亚历山大不按东方的传统来统御波斯的官员，而是让他们按希腊方式见面时只是行礼，他们必将对国王的权威发生动摇。这是东方人根深蒂固的奴性使然，给他们平等的待遇，他们不但不会心生感激，反而会由此产生对权威的蔑视。而作为国王，不可能让手下的臣子出现两套礼仪，那必然会造成不同阵营间敌视和对抗，给政权的稳固埋下隐患。实际上，后来迫于来自希腊人的压力，为了能让他们以希腊礼节觐见，亚历山大不得不分开接见希腊和波斯两拨臣子。
包括第二条和三条的行为，亚历山大其实都是在采取怀柔政策来稳定统治。波斯帝国的统治刚刚被推翻，新朝上台人心未稳，亚历山大是希望通过这些举措传达出他一视同仁、维持现状的态度，给那些地方势力的代言人吃个定心丸。
还有之后被无数人诟病的娶波斯人为妻，这都是亚历山大政治组合拳的有机组成部分。可怜亚历山大身边的战友，一个个有勇无谋，完全理解不了他的苦心。都以为亚历山大已经被东方的那一套所腐蚀，已经迷失了自我。
第四条之前已经解释过了，亚历山大的真正目标是去探索未知的世界。这个理由对于那些饮食男女来说，是无论如何不能理解的。大家都觉得，既然已经打下了江山，就应该好好享受。没有人还想再次披上战袍，去过刀头舔血的日子。
马其顿战士
以亚历山大的智慧，当然可以轻松理解人们的情绪为什么会产生这么大的反转。所以，在得知阴谋刺杀他的主谋竟然是骑兵部队总指挥菲洛塔斯后，他非常痛苦。既无法跟这些人解释清楚，同时，又不能不处理他们。
他把审判菲洛塔斯等高官的任务交给了其他马其顿军团的将军们，自己一直独自留在屋里没有参与。
最终，菲洛塔斯和另外几名将军被判处死刑处决了。