由于大流士被扔到了草叢中，等到亞曆山大的士兵發現他時，波斯最後一任國王已經斷了氣。看着眼前大流士三世的遺體，亞曆山大沉默良久，脫下自己的披風蓋在了他的遺體上。然後命人把大流士送到了蘇薩，并在那裡為他舉行了符合波斯國王規格的葬禮。
大流士三世
貝索斯等人原本以為亞曆山大要的是大流士，但是沒想到亞曆山大的目标根本不是大流士。追擊大流士隻是一個借口，他真正的意圖是要東征。東征其實也是一個借口，他其實就是想去探索未知的世界。這個真實的意圖，估計即使是亞曆山大最親密的戰友也無法了解。是以，之後才出現了大批部下反對他的情況。
一年後，亞曆山大開始繼續追擊之前逃跑的貝索斯和另外兩個總督。
之是以停止了一年，才再次開始追擊，主要原因就是因為之前提到過的，部隊内部有人叛亂，企圖暗殺亞曆山大。
叛亂在還沒開始前就被偵破，他們的首腦中居然有亞曆山大的左膀右臂，帕米尼歐的長子菲洛塔斯，這讓亞曆山大頭疼不已。
亞曆山大畫像
關于叛亂的原因，後世有不少相關的說法。比較重要的有以下幾條：1、亞曆山大要求部下跟波斯人一樣，在見到他時需要磕頭請安；2、任命波斯人擔任地方總督；3、出席正式場合時穿着波斯風格的豪華服裝；4、無休無止的東征。
實際上，我們看到以上幾條叛亂的原因，得出的第一印象，就是這些部下根本不了解亞曆山大，或者普遍缺少統治一個大型帝國的政治智慧。
先說第一條，如果亞曆山大不按東方的傳統來統禦波斯的官員，而是讓他們按希臘方式見面時隻是行禮，他們必将對國王的權威發生動搖。這是東方人根深蒂固的奴性使然，給他們平等的待遇，他們不但不會心生感激，反而會由此産生對權威的蔑視。而作為國王，不可能讓手下的臣子出現兩套禮儀，那必然會造成不同陣營間敵視和對抗，給政權的穩固埋下隐患。實際上，後來迫于來自希臘人的壓力，為了能讓他們以希臘禮節觐見，亞曆山大不得不分開接見希臘和波斯兩撥臣子。
包括第二條和三條的行為，亞曆山大其實都是在采取懷柔政策來穩定統治。波斯帝國的統治剛剛被推翻，新朝上台人心未穩，亞曆山大是希望通過這些舉措傳達出他一視同仁、維持現狀的态度，給那些地方勢力的代言人吃個定心丸。
還有之後被無數人诟病的娶波斯人為妻，這都是亞曆山大政治組合拳的有機組成部分。可憐亞曆山大身邊的戰友，一個個有勇無謀，完全了解不了他的苦心。都以為亞曆山大已經被東方的那一套所腐蝕，已經迷失了自我。
第四條之前已經解釋過了，亞曆山大的真正目标是去探索未知的世界。這個理由對于那些飲食男女來說，是無論如何不能了解的。大家都覺得，既然已經打下了江山，就應該好好享受。沒有人還想再次披上戰袍，去過刀頭舔血的日子。
馬其頓戰士
以亞曆山大的智慧，當然可以輕松了解人們的情緒為什麼會産生這麼大的反轉。是以，在得知陰謀刺殺他的主謀竟然是騎兵部隊總指揮菲洛塔斯後，他非常痛苦。既無法跟這些人解釋清楚，同時，又不能不處理他們。
他把審判菲洛塔斯等高官的任務交給了其他馬其頓軍團的将軍們，自己一直獨自留在屋裡沒有參與。
最終，菲洛塔斯和另外幾名将軍被判處死刑處決了。