如果万历像他的祖父嘉靖一样，为“大礼仪”之争廷杖反对他的一百多人，或者像他的伯祖父正德，把一百多名谏阻他南巡的官员都以棍

如果万历像他的祖父嘉靖一样，为“大礼仪”之争廷杖反对他的一百多人，或者像他的伯祖父正德，把一百多名谏阻他南巡的官员都以棍论处。那么，事情也许会省去许多麻烦。然而，万历既无先辈之权威，更无祖宗之气魄，即使偶而发怨对臣僚予以制裁，也无济于事。

在“国本之争”这进退两难的情况下万历再次显示出性格上的弱点，从而采取“拖”的办法，既然双方意见不一，那就把册立太子的事推迟。其理由是皇后还年轻，说不定她会生个男孩，那时再立太子也不为晚。但事实上万历自从和郑贵妃相爱，就与皇后不再有男女之欢，这个儿子从何而来？显然皇帝在用这并不高明的办法搪塞群臣。

万历一方面绞尽脑汁应付群臣的不断反驳和追询，一方面对王恭妃母子进行残酷的虐待。万历自己五岁开始读书练字，但皇长子朱常洛长到十四岁，还没有给他指派老师，几乎让这位未来的皇帝成了文盲。而王恭妃本人也被打入冷宫，无人问津。

转眼常洛已到十九岁，万历既不为之成婚，又不立为太子。大臣们终于发现了一个秘密，原来那位王皇后常常生病，显然万历打算一旦王皇后病逝，则由郑贵妃继之；常洵也就顺理成章地成为太子了。讲官黄辉猜到了这一秘密后，立即秉报给事中王德完，并说：这是国家大事，不测的事情随时都会发生。若万历和郑贵妃遂愿，写在史册上，后人就会笑朝中无忠臣。王德完听完后，遂叫黄辉写了奏章草稿，再由自己修改誊写后送给皇帝。结果是王德完被廷杖一百后除名。尚书李戴等连疏力救，忤旨被责。

万历在打了王德完后对群臣愤然说：“诸臣为皇长子耶？为德完耶？如为皇长子，慎无续扰；必欲为德完，则再迟册一岁。”这些自相矛盾又令人哭笑不得的话，使群臣大为惊讶。他们觉得万历似乎真的在期待什么。

就在万历和大臣们在立皇储问题上争吵不休、僵持不下之际，一个已经在人们心目中消失了的“幽灵”，在这关键时刻突然出现了。这就是万历的生母慈圣太后。

处于风烛残年的慈圣，虽在深宫中颐养天年，不问朝政，但对立储一事她却时时关注着这一情势的发展变化。在这个问题上，她再度站到王恭妃和群臣一边，觉得已经到了她应亲自出面干涉的时候了。当万历来到她的深宫请安时，这位老太后面色严肃地问道：“为何迟迟不立常洛为太子？”

可能是慈圣太后威风犹在的缘故，也可能是万历事先没有准备而过于慌张，竟脱口说了一句关键性的错话：“彼都人子也。”

明时宫内称宫女为“都人”，万历居然忘记了母亲也是“都人”出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说：“尔亦都人子”时，万历才幡然醒悟，惊恐得“伏地不敢起”了。

万历的失误，加剧了慈圣太后的决心。无奈之下，万历皇帝只得在1601年10月立常洛为“皇太子”。

郑贵妃听到万历要立常洛为太子的消息，虽然感到大势已去，但她还是要作最后一搏。早在几年前，万历皇帝为讨郑贵妃的欢心，曾许愿将来封朱常洵为太子。郑贵妃施展聪明，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，以为日后凭据。既然现在时机已到，她就不能不出示这张王牌以制其敌了。可是，当郑贵妃满怀希望地打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让衣鱼（蠹虫）咬得残破不堪，“常洵”二字也进了衣鱼腹中！迷信的皇帝长叹一声：“此乃天意也。”终于不顾郑贵妃的泪眼，而把朱常洛封为“太子”，常洵封为“福王”，封地洛阳。

至此，前后争吵达十五年，无数大臣被斥被贬被杖打，而且使得万历皇帝身心憔悴、郑贵妃悒郁不乐，整个帝国不得安宁的“国本之争”，才算告一段落。

围绕着“国本之争”这件大事，朝廷的臣僚渐渐地形成了两大对立的派别：以首辅申时行、大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等人为首的一派态度暖昧且“依违其间”；而以顾宪成、高攀龙、钱一本等为首的一派以“东林书院”为据点，主张坚决按照“有嫡立嫡、无嫡立长”的成规，拥立常洛为太子，从而形成明末名震一时的“东林党”。

因沈一贯是浙江宁波人，他在继申时行之后出任首辅期间，纠集浙江籍京官与东林党作对，因而被称为“浙党”。此外还有“齐党”、“楚党”等多种派别，他们共同联合起来反对东林党。

而各党在相互争斗中，又都利用京察的机会排除异己。但是，无论哪方获胜，都对解决明末社会腐败的积弊无丝毫益处。而这些势同水火的党派之争，只能使帝国大厦倾倒得更加迅速。