新中国成立后的1979年，国家文物局决定组织考古人员开启慈禧陵地宫，其实这不是慈禧陵地宫第一次被开启了，早在1928年，孙殿英就曾盗掘过这一陵墓。待考古人员从慈禧陵后院穿过墓道再进入古洞门，又开挖了两米后，露出了通往慈禧陵地宫的洞口。这个洞口并不是原有的设计，而是孙殿英盗墓时为了方便搬运财宝凿出来的，不免令人心痛。
专家和考古人员成功到达慈禧陵地宫，但却没有立即执行开馆计划，一直等到1983年，成立了清理慈禧内棺的小组，才正式开始发掘慈禧内棺。外椁被开启后，存放慈禧遗体的棺材显露出来，木匠为了在最大程度上保护棺材，打开的时候格外谨慎，旁边的人精神高度紧张，当棺材被打开的一瞬间，所有人的目光都投向了棺材内部，惊讶不已。
在开棺之前，考古专家根据埋葬的年份，初步判断慈禧的尸骨已经腐烂了，开棺后能够看见的也只是白骨。然而真实的情况不仅与预测的相差甚远，还让人出乎意料。棺材内的尸体上铺着黄缎被子，被子上面又盖着2件完整的衣服，颜色和质地都不像埋葬70多年的样子，这肯定不会是最初下葬时装进去的，是1928年被盗后重殓留下的东西。
在挖掘重要人物的陵墓时，如果遇到保存完好的情况，是极为难得的，此次参与挖掘的考古专家也不愿破坏陵墓，于是决定暂缓发掘计划，盖好棺材后，连夜向上级汇报了陵墓内的情况。第二年，慈禧内棺清理小组重新成立，考古人员将被子上的2件衣服取出，还发现了一个采用黄绸缎制作的小包，包内装着慈禧的牙齿和2片生前的指甲。
将遗体上的物品全部取出后，经过测量可知，慈禧的遗体总长为153cm，生前的身高会比这个尺寸还要高一些。而且慈禧的遗体保存得非常完整，没有腐烂的情况，头部略微向左倾斜，银丝般的头发散落在周围，右手像睡觉那样搭在小腹，十分安详，左手则自然摆放在一边。没穿衣服的上半身和脚都被黄绸布盖着，下半身穿的是裤子，裤边上秀有“寿”字，腰间系有丝带。
取下盖在脚上的黄绸布，可以看见精美的绣花鞋，长21cm，慈禧本身的双脚又被象征尊贵地位的紫红色的绸缎紧紧捆住，左脚什么也没穿，右脚则穿着白色的袜子，慈禧应该没有裹过小脚。除了遗体上的织物外，遗体下还有黄缎被子，被子下才是木板，并且也采用黄绸布包裹，这种木板就叫“如意板”。
借用木板将遗体抬出后，考古人员对棺材内部进行了全方位的消毒，增添了防腐处理，最后才把遗体原封不动的放回棺内。总的来说，慈禧保存了全尸是幸运的，但自从1908年下葬后，经历了三次入棺，这一定是她去世前没有料到的。