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明朝建立之初，各项制度基本承袭元朝，在统治基本稳定后，朱元璋主持制定了明朝政治、军事、经济和法律来自思想文化等方面的各项制度，以期加强君主专制中央集权，使大明王朝长治久安。
明太祖加强中央集权的措施是从改革官制开始的。洪武九年（1376）明太祖下令改行省为承宣布政使司，其长官为左、右布政使，与之前设立的都指挥使司、提刑按察使司，分掌地方的行政、财政和刑狱，互不统属，直接对朝廷负责。布政使司下设府、州、县，基本是以府统县，比元朝行省下面的路、府、州、县更为简明。而中央官制的改革者更为剧烈，最大的变化是宰相制的废除。
朱元璋认为皇帝怠政，相权过大，是元朝迅速衰亡的重要原因，洪武十三年（1380年）以谋反为由诛杀中书左丞相胡惟庸，裁撤中书省，废除丞相制，以六部分理天下庶务，又将御史台改为都察院，并按照六部设六科，与都察院的十三道御史合称科道官，负责监察工作。后来由于政务繁剧，朱元璋又仿宋制，设殿阁大学士以务顾问咨询，殿阁学士得以参预机务。
其次，以卫所制为核心的军事制度也是朱元璋加强集权的重要表现。从京师到地方各地皆置卫所，大致5600人为1卫，长官为指挥使，下辖5个千户所，每千户所下辖10个百户所，百户所下面又有总旗、小旗等。洪武十三年（1380年）改大都督府为左中右前后五军都督府以统领各卫所（亲军除外）与兵部共掌兵权，五军都督府并不直接统兵，战时由兵部调兵，选任武将，战后将领交还印信，兵归卫所。
另外，明太祖十分重视治国人才的培养，牢牢的将选拔官员的权力操在自己手中。他在建国前即在应天设立国子学（后更名为国子监）。建国后又在地方广设府学、州学、县学，民间乡村亦有设学，此外还有宗室子弟开设的室学，为武官子弟开设的武学等等，几乎做到了“无地不设学，无人不纳教” 在新办学校的同时朱元璋大开科举，通过一系列规定真正将官办学校与科举密切结合起来，且规定八股文是科举考试唯一的规范文体，并开分地录取之先河。
然后，重建户籍和复议制度使朱元璋加强中央集权的另一重要举措 元末明初户籍散乱，赋役征发多有不便，洪武三年（1370）下令清查全国户口，创设户贴，洪武十四年（1381年）又建立理解制度作为统一的基层管理组织，并任命里长、甲首进行管理，并负责编造黄册登记户籍人口。后来又绘制鱼鳞图册登记田土。通过对户口、耕地两大要素的统计明朝形成了一套比前代更加详备的户籍和赋役管理制度在巩固专制国家的经济基础方面发挥了巨大作用。
此外，实行重典治国、强化专制权威下的法律统治，也对明初加强中央集权有重大作用。明太祖为政崇尚刚猛严厉，他说：吾治乱世，用刑不得不重。胡惟庸案、蓝玉案、空印案和郭桓案是其重点治国的集中体现，这几起大案诛人甚多，在一定程度上实现了整肃吏治的目标，但另一方面，也许不少人含冤被杀，且刑罚过于苛酷，对社会造成了严重影响。迭兴大案的同时，洪武时期制定了多种充分体现重点政治特征的法典、法令，如《大明律》《大诰》等。
当然，除严刑峻法之外，明太祖也采取了一些道德教化措施加强对社会尤其是基层民众的控制，如恢复古代尊老的礼仪，选乡间德高望重者宣讲法律、敕令，使人民知法畏法。
最后，明太祖厉行文化专制政策，对文人言论思想的钳制，空前强化。特别是在他年事渐高以后，每每吹毛求疵，挑选只言片语，使得文字之狱大兴一时，明太祖不仅以君主自威，更以师长自命，力图将自己的专制权威渗透到文化教育领域，因为他读到《孟子》中不尊重君权的思想，几乎将孟子从孔庙中撤出，后来下令将《孟子》重具有民本色彩的言论全部删除，定为《孟子节文》。
朱元璋起自寒微，而能于元末群雄中脱颖而出，重建统一。在他统御天下的三十一年间，又投入了大量精力，为子孙后代留下了丰富的成文典制，这些制度都被以后的明朝统治者视为祖制，产生了深远的影响。明朝中后期的皇帝大多荒于政事，甚至数十年不视朝，却能维持长达280年的统治，很大程度上就是得益于明朝初年朱元璋的制度建设。