明朝与日本的贸易只能靠海路运输，可是，这个运输的过程，容易受到海上倭寇的侵扰而损失惨重。为了确保贸易的顺利进行，明朝需要借助日本的力量（或者说结交好日本），所以，特地准许日本有到明朝进贡的资格。
日本人对明朝所要求的进贡，其理解是不一样的，他们觉得：能够到中国大陆进贡，是他们盈利的一个大好机会，所以，各种势力为了能够入朝进贡，都大打出手了起来。其中，最有名的应属1523年（明朝嘉靖二年、日本室町时代的大永三年）宁波的“争贡之役”。
事件是起源于日本大名细川氏和大内氏势力各派遣对明朝贸易使团来华贸易，两团在抵达浙江宁波后因为勘合真伪之辩而引发冲突，在浙江宁波爆发了武力杀戮事件。大内氏代表宗设沿路烧杀抢掳，对当地居民造成很大损害，追击的备倭都指挥刘锦、千户张镗等明朝官兵战死。
最终，明朝选择中断了与日本的贸易往来。
此次明朝单方面的终止合作，也惹怒了日本人，明朝在东南沿海遭受到倭寇的袭击次数更是越来越多，最终，竟酿成了明朝的“嘉靖倭患”。动乱平定后，明朝虽然还有海上贸易，但是，再也不跟日本人做生意了，这个情况一直维持到明朝灭亡。
那么，为什么会出现这样奇葩的事情呢？
话说，在洪武二年，朱元璋派人前往日本，要求两国之间能够各安其土，互不侵犯。当时，正处于南北战争的日本，并不重视明朝的诏书。南朝的怀良亲王不接受明朝的要求，还杀害了来访的使臣。朱元璋错将怀良亲王当做日本皇帝，其实，当时在日本北边还有一个王朝。
之后，倭寇的侵扰越来越严重，已经从山东扩散到东南沿海。
不得已，朱元璋于洪武三年，再次派遣使者前往日本，面见怀良亲王。这次，怀良亲王的态度有所缓和，同意派遣使者前往明朝，并送还当时在山东掠夺的多名中国人。朱元璋对此很是高兴，赏赐了很多珍宝给来访的僧人。友好访问结束后，朱元璋还派人护送这些僧人回到日本。
就这样，明朝与日本开始友好交往了。
日本僧人到明朝拜访，也让朱元璋知道了日本的真实情况，原来，怀良亲王并不是日本的皇帝，仅仅是一方诸侯。于是，朱元璋再次派遣僧人前往日本真正的京都进行拜访，互通往来，而对于非朝廷势力，则不再来往，他们派遣的使臣也不再接待。
并且，对于这些远离国土的国家，朱元璋警示后人不宜征讨，否则，只会劳民伤财。朱元璋的这个旨意也写入到了《皇明祖训》之中，传于后世。
虽然，事情已经过去了，但是，朱元璋还是耿耿于怀：
一来、是自己错将怀良亲王当做日本皇帝，还跟怀良亲王结交；
二来、是当初怀良亲王杀死了朱元璋的使臣，气焰非常嚣张。
为此，朱元璋要求中书省传信给怀良亲王，要求他好自为之，不要再做出出格的事情了。后来，朱元璋以莫须有的罪名，断绝了和怀良亲王的来往。以至于，原本希望借助日本的力量抑制倭寇的想法无法实施了，朱元璋只能做好自己的海防，以抵抗倭寇。
洪武十七年，朱元璋令汤和巡视沿海城市的海防情况。洪武二十年，朱元璋又令周德兴到福建，每三户人家抽出一名男丁，用于海防之需。等明成祖朱棣接过了朱元璋的皇位之后，他更是遵守朱元璋的教诲，对于海外国家，均鼓励他们来明朝进贡。
当时的日本，南北已经统一，新的统治者叫：足利义满。室町幕府第三任征夷大将军，幼名春王。父亲是第二代将军足利义诠、母亲是纪良子的侧室。明德三年，也就是1392年，他结束了日本的南北朝分裂局面，完成了国家的统一，也成为室町幕府最鼎盛时期的缔造者。
常年的战乱让日本国内经济萧条，足利义满渴望与明朝建立贸易关系，以缓解国内的现状。为此，足利义满听从了商人的劝说，于建文三年派出亲信僧人祖阿到明朝北京朝贡。永乐元年，足利义满又派僧人坚中圭密到明朝进贡。
对此，明成祖朱棣十分感动，于是，他派赵居任同坚中圭密一起回到日本，并赏赐日本“勘合百道”，以此，表明两国可以继续贸易往来了。“勘合百道”属于贸易的证据，是朱元璋所创，是其目的，为了区分对方有没有资格跟明朝贸易往来、进宫朝贡。
这期间，所有的来访使臣都得带着“勘合百道”以表明身份，否则，将进不去京都。
明成祖愿意同日本重新建立贸易关系，也是为了能够让日本协助明朝捕捉沿海的倭寇。那时候，足利义满就做得很不错，从永乐三年到五年，每次足利义满遣使进京朝贡，均带来了大批抓获的倭寇，交于明朝处理，明成祖大赞足利义满的仁义，每次都会给予大量的赏赐。然而，明成祖的这一做法，也是需要付出一定的代价的。
明朝“巴结”日本，肯定要给日本更多的好处。使臣大量赏赐不说，使臣过往的路费、交通工具均需要明朝提供，这是明朝一笔很大的开销。为此，明朝开始限定日本的朝贡次数，要求日本只能十年朝贡一次，使臣总人数不得超过两百，否则，将视同为倭寇。可是，明朝的规定，日本很少能够做到，每次朝贡最少都有几千人来访。
那么，明朝明文规定，为何日本却没有执行？原因还是：日本和明朝对于朝贡的理解不一样。
有足利义满这个例子，日本人肯定是前拥后继的涌向中国领土。刚开始的朝贡船只，是政府主持的，朝贡队伍中商人很少。后来，日本的船只都承包给了唯利是图的商人，他们在朝贡人员中占的比例也就越来越大，朝贡的次数也就越来越多。
商人在朝贡的队伍中，明朝以最高的规格接待，由此，产生的费用十分巨大。明朝不断的限制来朝朝贡的人数，甚至，还规定了：商人的数量不得超过六十人。由于，明朝的限制，日本本土到明朝朝贡的机会瞬间就变得很是稀缺。
以至于，日本本土的大名、寺社为争夺这个机会，甚至，大打出手，最终，酿出让明朝愤怒的事件——“争貢之役”。到了嘉靖二年，瑞佐和宗设在明朝国土宁波闹事，相互攻击，扰乱地方安宁。为此，愤怒的明朝再次中止了与日本的贸易活动。
明朝与日本中断合作关系的十七年后，即：嘉靖十八年，日本国王再次遣使来华。这次，明朝虽然同意接待，但是，已经没有以前那么隆重了。而且，明朝向来使重申了朝贡人数限制的一些要求：船只不得超过三只，人数不得超过百人，年限不得低于十年。
到了嘉靖二十六年，日本再次遣使来华，这次由于距上次朝贡时间不到10年，所以，船只被拒，直至时间满足10年的要求，他们才能进入中国内海，然后，再进入中国大陆。后来，日本内乱，导致明朝的信物“勘合百道”丢失，日本终失去了与明朝做生意的资格。
中国与日本中止贸易后，沿海的倭寇之乱却没有停止，而且，还达到了顶峰——“嘉靖倭患”，明朝也开始了长达数年的剿灭倭寇行动。直到嘉靖末年，倭寇之乱才基本消除。至此，明朝不得不开放海域，允许沿海百姓做海上贸易，但是，朝廷不允许百姓与日本商人做生意。
但是，此时的中日贸易，已经由原来的日本主动跟明朝百姓做生意，到明朝百姓主动跟日本做生意了，所以，一般明朝商人假装前往东南亚做生意，出海后，又掉头前往了日本。这其中，主要原因还是因为，跟日本人做生意，收益较多有关。
虽然，明朝政府中断了与日本的贸易，明朝民间还是继续着两国的贸易，这是很难禁止的。
参考资料：
【《16世纪中日关系史述论》、《明中叶“争贡之役”透视》、《日本史——足利义满》】