同治帝去世后，慈禧二度垂帘，这时她已经具备了丰富的政治经验，为了政局稳定，她对军机大臣们还采取了忍让的态度。不过这时的慈禧权力欲望越来越大，便在大臣间制造矛盾来巩固她的统治地位。当然，最主要的目标就是以恭亲王奕为首的政治集团。
早在同治年间，军机大臣、内阁大学士以及六部重要官员之间，就已经出现了政见不同的现象。奕、文祥等人主张效仿西洋，属于洋务派，但朝廷中更多的则是反对西法的守旧派，以帝师李鸿藻、倭仁、翁心存等人为代表。这两派之间的斗争此起彼伏，十分激烈，因而成见日深。
自从沈桂芬入值军机处后，使得两派关系变得更坏。因为沈桂芬是奕的死党，是个十足的洋务派，他虽晚进军机处，但却成了草拟谕旨、批答奏章的主笔，这令资历很深的李鸿藻极为不满。大家凡事“均不肯符合”。
李鸿藻与慈禧的关系较近，但在军机处势单力薄，可能是在慈禧的默许下，他多方举荐有品德的“端士”，因而有一批新进的御史、翰林与他结成一帮，尤其对他的直隶同乡张之洞、张佩纶给予提携，壮大了自己的力量。由于被提拔的人多是北方人，时人称为“北党”。
沈桂芬也不甘示弱，他也设法让他的学生湖南巡抚王文韶当上了军机大臣，以增强自己的实力。沈、王二人籍贯在南方，因此被人目为“南党”。从此南、北两派势力就在军机处互斗起来，而实际上他们各有靠山，那就是奕与慈禧在幕后操纵。
光绪六年（1880年）沈桂芬病逝，李鸿藻在军机处的地位上升。“北党”人士借当时云南军费报销不实案，对任职户部尚书的王文韶作了无情的打击，说他“赋性贪邪”，“才不足以济奸，而贪可以污国”，结果把王文韶拉下台，逐回了老家。不久，李鸿藻又指使张之洞对奕的另一大助手董恂进行批判，董恂等人也被革职，奕元气大伤。
与此同时，晚清政坛上又出现了一批敢于讲话，敢于抨击时政的文人学士型官员，他们的品级不高，权力不大，但是他们以提倡气节、清高自负闻名。对于国家政务，“上自朝政之阙，下至官方之邪，微及闾阎之困，无不朝闻事目，夕达封章。”这些人很快出了名，形成一股政治力量，时人称为“清流党”。
清流党的形成是有一定的政治土壤的，辛酉政变以后，两宫太后垂帘是清朝从未有过的政体，对传统儒家社会而言，也是不易为大家所接受的。奕为了争取更多的支持，有心联络中外，以塑造良好形象，叔嫂们都同意让关心国事的人有讨论时政的机会。
如此一来，官员言论的尺度放宽了，言路变得畅通，执政者的利用工具又更有效了。慈禧利用蔡寿祺参劾奕，免其议政王之衔，就是早期最明显的一个例子。
慈禧尝到甜头之后，当然把握机会，对清流人士假以颜色，有意笼络，以树立自己的权威。有时候对清流弹劾的人与事，尚未获得真相，慈禧即下诏处置。所以一时言路大开，无所顾忌地论人论事，当然这批清流人士大多能了解的一件事是，论事应有立场，最好从改革利弊、整饬纲纪上着眼，否则也会伤害自己。
不过，慈禧却怂恿他们不在乎正义公利与否，她关心的是政权的问题。因此她不但利用清流打击奕，还利用清流打击地方实力派。如曾国藩、李鸿章都曾尝到了清流人士的“无根浮言”的“挑剔细故”，不得不把湘军与淮军的力量减弱，使之不形成对朝廷的威胁。
清流势力越大，虽然朝廷愈感安全，但此风一开，慈禧也难免惹火烧身。同治帝亲政后不久，下令重修圆明园，清流党出面谏阻，逼得皇帝与慈禧都得临时下令停止工程。其后皇后阿鲁特氏的死亡以及光绪帝的继统等大事件，清流人士都表示了关心，甚至还有吴可读激烈的“尸谏”行动。
南、北党争和清流是在慈禧掌权但尚未稳固的历史条件下兴起的，他们的政治寿命也不长。慈禧和奕同时都在利用这些人，但最终还是慈禧更胜一筹，在打击了奕和地方实力派的同时，一步步巩固自己的统治。这些人中有些人的气节风骨确实令人钦佩，但是被有野心的政客利用，就该受到历史批判了。