1644年3月中旬，李自成大順軍已經兵臨北京城下，北京居民都擁堵在了北京城的各大城門前，都想逃出生天，此時崇祯下令，緊閉城門，不得任何人出入。3月17日，崇祯召集在京的文武大員開會讨論決策，自己知道大限即将到來，當衆掉了眼淚，文官們也假惺惺地跟着落淚。用人之際卻沒有人能站出來，氣得崇祯帝用手指寫下了文官人人可殺的字眼兒！可惜此時崇祯皇帝連殺人的權利都沒有了。
崇祯帝驅散了無能的文臣武将，召集了一幫太監，給他們分了20多萬銀兩，讓他們上城牆上去守城去。當天夜裡，崇祯就接到了明軍三大營不戰而潰的消息，大順軍殺入宮中已經可以倒計時了。18日早晨，崇祯帝最後一次召集大臣開會，提議大家一塊在奉先殿自殺，但沒有一個文臣響應。最後崇祯下了人生當中的最後一道罪己诏，裝模作樣要赦免除李自成之外的所有人，還減免了遼饷。之後，崇祯叫來了妻妾子女準備吃最後的晚餐。吃飯途中，哀嚎一片。崇祯教導自己的三位皇子說，明天起你們就不再是皇子而成為普通百姓，見到年老的要喊老王，見到年輕的要喊叔叔伯伯，一定要保住性命替我報仇。随後，崇祯拿起了寶劍，逼着周皇後自殺，周皇後死後，崇祯大叫一聲，死得好。接着，崇祯帝一劍刺死了年僅6歲的小女人昭仁公主，又砍掉了長平公主的一條胳膊。他真的瘋了，一路砍殺嫔妃宮娥。
3月19日一早，崇祯寫好了遺書，說自己丢失了江山沒臉到九泉之下見祖宗，也不敢壽終正寝，隻能自殺殉國。寫完遺書他便從皇宮北門玄武門登上了京城的最高點煤山，在一棵歪脖子樹上上吊自殺，時年33歲。李自成攻破攻城的時候，隻有十幾位官員殉國，大多數明朝官員都躲在家裡聽候處置。李自成的大順軍隊始終在宮中找不到崇祯帝的人影，李自成下了公告，一面派大軍繼續搜尋，一面呼籲百姓舉報，如有消息者，賞金黃金千兩，如果私自隐匿的話，全家斬首。崇祯皇帝的遺體直到三天以後才在煤山上被大順軍隊給發現。
大順軍用兩扇門闆将崇祯皇帝的遺體拖到了東華門，跟周皇後的遺體放在一起。李自成允許明朝官民進行吊唁哀悼，崇祯皇帝的遺體旁邊隻有兩個人，一個是他的兒子朱慈俍，一個是他那被砍了一隻手臂的長平公主。明朝兵部主事劉養貞，實在看不過去，出錢用兩幅柳木棺材将崇祯皇帝和周皇後的遺體裝了進去。李自成為了安撫民心，又花錢搞了兩副材質比較好的棺材重新裝殓，命順天府擇日将其下葬于昌平銀泉山。崇祯皇帝自繼位以來，一直沒有選下自己的墓葬地，也沒有建設自己的陵寝。李自成給崇祯定的下葬日期是4月3日，當天，因崇祯帝沒棺沒椁，李自成命人刨開了田貴妃的墓子，将田貴妃的屍體拉了出來，直接将崇祯的棺材給裝了進去。大明末帝就這麼被李自成早早安葬了。