以雜交方法培育優良品種，或利用雜種優勢稱為雜交育種。雜交可以使生物的遺傳物質從一個群體轉移到另一群體，是增加生物變異性的一個重要方法。
不同類型的親本進行雜交可以獲得變異性狀的重新組合，雜交後代中可能出現雙親優良性狀的組合，甚至出現超親代的優良性狀(例如，方正銀鲫與九江紅鯉雜交)，當然也可能出現雙親的優勢不明顯性狀組合，或雙親所沒有的劣勢性狀(例鳙魚與白鲢的雜交)。
育種過程就是要在雜交後代反複類型中選出符合育種目标的個體進一步培育，甚至獲得優良性狀穩定的新品種。
雜交可以使雜交種後代增加變異性和異質性，綜合雙親的優良性狀，産生某些雙親所沒有的新性狀，使後代獲得較大的遺傳改良，出現可利用的雜種優勢，并在魚類的品種改良和生産中發揮出巨大作用，是魚類育種的基本途徑之一，也是為培育出優質魚種有效措施。
在雜交育種中應用最為普遍的品種間雜交(指兩個品種間的雜交)。其次是遠緣雜交(不同種、屬個體間似的雜交)。
實踐表明：品種間雜交，像鲢、鳙魚雜交在生産領域中不能推廣應用，關鍵是雜交後組合性狀不穩定所造成的。
性狀是不是優良性狀，從一齡魚種養殖生長速度、餌料系數與鲢、鳙魚比較沒什麼差異，但二齡生長期中就有明顯的差異，生長速度緩慢、個體較小，嚴重影。由此可見，并非所有的雜交都能創造出好品種。
雜交種質優勢是指兩個遺傳組成不同的親本雜交産生的雜種第一代，在生長勢、生活力、繁殖力、抗逆性、産量和品質上比其雙親優越的現象。
雜交種質優勢是許多性狀綜合表現突出，雜交種質優勢大小往往取決于雙親性狀間的相對差異和互相補充。一般而言，親緣關系、生态類型和生理特性上差異越大，雙親間相對性狀的優缺點能彼此互補；其雜種優勢越強，雙親的純合程度越高，越能獲得整齊一緻的雜種優勢。
雜交種質優勢往往表現于有經濟意義的性狀，因而通常将産生和利用雜種優勢的雜交稱為經濟雜交。目前，魚類雜交育種應用的最多的即是經濟雜交，以子二代開始逐漸衰退，如果再讓子二代自交或繼續，讓其各代自由交配，結果将是雜合性逐漸降低，雜種優勢趨向衰退甚至消亡。
目前，在淡水漁業生産上，雜交種質優勢的利用已成為提高産量和改進品質的重要措施之一。目前經過國家良種審定委員會審定的雜交種質的鯉科、荷元鯉[荷包紅鯉(雌)×元江鯉(雄)]、豐鯉［興國經鯉(雌)×散鱗鏡鯉(雄)]、芙蓉鯉［散鱗鏡鯉(雌)×興國紅鯉(雄)]等雜交種質的利用可以帶來巨大的經濟效益，如異育銀鲫，僅生長速度比親本快很多，而且抗逆性強、抗病能力強、成活率高、養殖産量高、品質優等經濟優勢。
選擇親本是關鍵，首先要盡可能選用綜合性狀好、優點多、缺點少或優良性狀能互補的親本，同時也要注意選用生态類型差異較大，親緣關系較遠的親本雜交，如異育銀鲫是中國科學院(生物研究所)最早是以黑龍江省的方正縣雙風水庫天然雌核發育的方正銀鲫為母本，江西省興國紅鯉為雜交獲得的異精三倍體雌核發育的子代，生長速度具有明顯優勢。
通常采用的雜交方式是親本确定以後，采用什麼雜交組合方式直接關系育種的成敗，通常采用的有單交、複合雜交、回交等雜交方式。
兩個品種間雜交(單交)用x×y表示，其雜交種質後代成為一代雜種，例如方正銀鲫(雌)×興國紅鯉(雄)雜交的種質。由于簡單易行，好操作，是以生産上應用最廣，一般主要是利用雜交種質第一代，如異育銀鲫、荷元鯉。
兩個以上的品種，經兩次以上雜交的育種方法。如果單交不能實作育種所期待的性狀要求時，往往就采用複合雜交，其目的在于創造一些具有豐富遺傳基礎的雜種原始群體，才可能從中選出更優秀的個體。
複合雜交可分為三交、雙交等。三交是一個單交種與另一品種的再雜交，可以表示為(x×y)×y。例如，(荷包紅鯉×元江鯉)×散鱗鏡鯉＝三交鯉；雙交是兩個不同的單交種的雜交，可表示為(a×b)×(c×d)或(a×c)×(b×c)。例如，(角羅非×尼羅非魚)×(莫三鼻克非魚×尼羅非魚)。
雜交後代繼續與其親本之一再雜交，以加強雜種世代某一親本性狀的育種方法。當育種目的是企圖某一群體b的一個或幾個經濟性狀引入另一群體a種群，則可采用回交育種。如鲮魚具有許多優良性狀，但不能耐受低溫，需要進行遺傳改良。可以用耐受低溫的湘華鲮進行多次回交，對回交子代選擇的注意力必須集中在抗寒性這個目标性狀上，進而最終育成一個具有抗寒性優良的鲮魚新品種。
首先要熟悉各種魚類的生殖習性。一方面要了解魚類自身與生殖有關的性成熟季節、生殖季節、卵子性質、性周期、産卵期對卵和後代的保護等習性；另一方面要了解魚類在生殖期對外界條件的要求，如水溫、光照、流速、水體溶氧量、産卵場的底質、魚巢、飼料等。其次要調控親本性成熟年齡，通過分期飼養，創造不同的外界條件等手段，務必使未雜交的親本在生殖季節相遇。
雜交前期在臨近性成熟和生殖季節到來之時，一定要将雌、雄兩種魚分池飼養，避免自群交配。受精方法則根據具體情況确定，品種間雜交一般采用自然産卵受精，不能自然繁殖雜交的采用人工授精。
用不同品種的魚類進行雜交，必須作記錄或登記，記錄内容包括親本性狀及有關情況，如雜交方式、雜交時間、受精率、成活率等，以便供查閱備用。魚苗下塘後，試驗池需挂牌并登記，寫明受精日期和父母本的名稱。養殖期間應加強管理，尤其應注意避免不同雜質之間發生混雜。如果不慎将雜交種流放至江河、湖泊等天然水域；将造成自然種群遺傳性混雜的嚴重後果，嚴重影響自然資源的有效利用。
從雜交到新品種育成與推廣，往往需要經過10個世代的時間，因而加速育種程序很有必要。可采用異地加代，也可以進行溫室和人工氣候至加代，所需育種基地規模不大時，采用此法即能加速育種程序。
采用個體選擇法時，選擇一般從子二代開始，因子二代變異範圍最大，可望從中選出合意的變異體，到子二代已基本可以判斷有無育成品種的希望。到子五代時，大多數性狀和家系已相當穩定，确定品種可在此階段進行。
采用群體選擇法時，一般子五代之前不進行個體選擇，隻進行群體選擇并混養。在子五代至于八代開始進行個體選配，建立家系和确定品種，真正選配優良性狀新品種為生産無公害魚類奠定良好基礎。