《嫌疑人X的獻身》是一部推理小說。
靖子和女兒美裡租住在一個簡易較高價的電梯大廈裡，原本過着簡單而平靜的生活，卻沒想遇到嗜毒家暴的前夫富堅找上門來敲詐恐吓，母女兩人失手殺死了富堅。
住在靖子隔壁的石神是一個中學老師，一個數學"瘋子"。生活機械枯燥，沉默寡言，沒有朋友，了無生趣。
他在隔壁聽聞了整個事件過程，他過去跟靖子說，由他來處理，隻要按他所說的去做便會安然無事。
靖子不明就裡，一是事情果如石神所料，她卻不明白他是怎麼做到的。二是她不明白石神為什麼會這樣豁出命幫她?
不懂反偵查但精于邏輯的數學瘋子石神，給警察叔叔出了一道題，有點象"逗你玩"——
靖子的前夫富堅被殺了，嫌疑指向好象隻能是靖子。但是你根本拿她沒辦法，因為出事她不在現場，沒有僞造證據，沒有編瞎話，她真的不在現場……
于是警察一直就繞圈圈…..
警察草雉去找同學湯川幫忙。
湯川本來沒啥興趣，但一聽失聯多年的石神居然住隔壁就來精神了——湯川和石神原本也是帝都大學的同學，一個是數學瘋子，一個人稱怪咖伽利略，都是曲高和寡的獨孤天才，棋逢對手，又彼此惺惺相惜。沒想十七年後再見，卻因為一樁殺人案再一次成為對家。
十七年沒見，石神還是那個石神，不修邊幅，不近人情，不近女色，依舊聊為數學狂。本來相見甚歡，石神也還是那樣聲色淡然。
最後臨别，石神輕悠悠飄出一句："湯川，你看起來總那麼年輕啊……"
湯川心神一蕩——對于湯川來說，這種美譽大概司空見慣。
湯川身為帝都大學的實體教授不但人稱怪咖伽利略，還多才多藝，球類、射箭、拳擊，無一不精，帥得人神共憤。
但這句話此時從石神口裡說出來，顯然一不合時宜，二不合氣質-----
從不食人間煙火的石神這一聲莫名之歎，竟然不是因為課堂中數學淪為學生雞肋之學，不是因為無人識數學之知音難求，不是因為高處不勝寒的獨孤之氣，而是豔羨湯川年輕?
石神可有何時在意過容顔，追求過時尚，感歎過歲月?
這一句話，成為石神殺人案強大邏輯裡最大的BUG！
石神戀～愛～了！！！！！
是不是有這麼一句話？愛一個人的時候，突然就有了铠甲，同時也有了軟肋！
戀愛中的男人也會拉低智商的百分點啊——他要麼是忘形到忘我，要麼是忘了湯川是湯川。怎麼能在湯川面前這麼不經意就暴露了自己最不該暴露的感情黑洞?
細節決定成敗是至理名言！
靖子也應該知道石神是對自己有好感的。
但随着事态的發展，她将石神當成了如富堅一樣的勒索犯——
富堅利用她的軟弱勒索錢财，石神利用殺人事件勒索情感。她感覺自己被無形挾持，憤怒後悔卻無能為力……
但她沒想到，石神自首了！
整個殺人過程清晰，動機明确，證據鍊充足，指向無誤，一切蓋棺定論——警察要的就是這些，簡單粗暴！
湯川卻保持了緘默。
他可能有50%靠直覺——石神這個"瘋子"不會這麼輕易敗下陣來?除非是個迷魂陣！
他還有50%靠的是神邏輯——無疑石神愛上了靖子，基于這一點，湯川認為石神可能會成為幫兇，但他不會成為殺人兇手。
警察草雉雖不明白這個邏輯大神的歪論，但他一直服湯川。
湯川的邏輯很簡單——如果純粹隻是想幫靖子擺平這個敲詐犯，石神不會采取殺人這種低級的手段，這不是石神風範！但他卻有可能在靖子殺人後傾其謀算為其掩蓋，是以他隻能是幫兇，不應該是主犯。
那麼為什麼所有的證據鍊指向是石神而不是靖子母女呢?靖子母女的不在場證據怎麼會讓人感覺不對勁但是又實在天衣無縫呢?
湯川想起石神說到的一句話："數學的盲點就是看起來象是一個幾何問題，實際上是一個函數問題！"。
還有他們倆探讨的P≠NP這個數學課題裡的兩個問題：
第一：想出一道難題和解出難題哪個更容易。
第二：自己解答和驗證給出的答案是否正确哪個更容易？
請原諒我是一個理工白癡吧!
邏輯大神們的犯案和破案都有"摩斯密碼"，還自帶第六感雷達。他們不但腦髓量驚人，還洞察力非凡，敏感度爆表。湯川發現，石神經常路過的那個不被人注意的棚戶區裡少了一個流民。石神和他路過這裡時，曾說過一句話，這個世上沒有無用的齒輪。。。
湯川腦回路一下子全部通了，真相讓他震驚。
真相面前，讓他不願相信這是真相......
石神真的殺了人！
他為了幫靖子隐瞞殺人真相，制造不在場邏輯，他第二天殺掉了那個流民，然後将流民僞裝成了富堅。
這樣他就将整個作案的時間和空間來了個乾坤大挪移，靖子母女的不在場才可以言證鑿鑿。這是石神為自己設計的一道步步為營的題，這道題的結果将不可逆轉的指向他自己。如此以來，他将自己置于整個殺人事件的中心，卻将靖子母女完全從這個遊渦裡推了出去！
石神可能會遭天遣，但善良可憐的靖子母女卻得到救贖！
即使湯川知道了真相，石神也還是那樣聲色淡定——湯川的邏輯是對的，但無證據！要想證明此富堅非彼富堅，這個過程将更加艱難而遙遙無期……
湯川震驚，石神竟然可以為靖子到如此奮不顧身的地步，可以為此下這麼大的一盤棋!
石神給他們出了一道題，最終無解！
就如黎曼猜想，沒有人可以證明他是對的，也同樣沒有人能證明，他是錯的！
但是石神赢了！
考驗人性的時候到了！
草雉追問，湯川告訴他，但要讓他發誓以朋友的名義保守秘密，可草雉是一個警察！
湯川知道石神不想讓靖子知道真相，但他既痛苦于一個數學天才的淪落，又不甘于石的妄死和犧牲卻不被人知曉，還被靖子誤解。于是他告訴了靖子！
石神自首，靖子本來可以和美裡從此安甯度日，這是石神在給她的信裡一再強調的，不要覺得内疚，不要有負罪感，要好好生活。但湯川告訴了她真正的真相，湯川隻是推理，并無實錘，她本也可以選擇無視......
湯川和靖子都不會知道，石神為何如此想周全靖子母女！
石神是個無趣的人，卻視數學為信仰。但是數學卻淪為課堂附庸社會雞肋，多數學生挂科不說，學校上司也為學生求情，讓石神過堂走形式。
他的生活是以變得毫無意義，在某一天他準備告别這個世界的時候，是靖子母女過來敲開了他的那扇門，向他問好，給他的生活帶來了一束光…
在富堅被殺的那一天，石神也想幫靖子母女打開一扇門……
可是在監獄裡，當石神神态安然地和湯川述說完後，轉身走出探視室，靖子卻站在了石神面前！
我想，所有看過原著和日本原版影片的人，都會因為這一幕感覺到肝膽俱裂——
靖子面對石神長跪于地，痛哭失聲！
石神看見靖子，面部抽搐，哀嚎不已！
因為石神說過，如果你過得不幸福，我所做的一切才是徒勞！