殷商甲骨文就有蔔問商王是否傳染上“疫”和能否醫治的蔔辭。這說明在3000多年前的商代對疫病傳染已有了樸素認識。
先秦時期的醫學經典《黃帝内經》已明确指出“疫”和“疠”是極易傳染，病狀也多相似的疾病。《黃帝内經·素問·刺法論》道：“五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似。”《素問·六元正氣大論》又說：“其病溫疠大行，遠近鹹苦。”“疠大至，民善暴死。”這又對疫病的傳染特性和緻命危害加以描述。
張仲景發憤創作的《傷寒論》實際上是一部治療傳染病、流行病的專著。《傷寒論》對傳染病患者的症狀和脈象等加以詳細論述，對人體感發于“寒”與“風”等緻病因子作用下所反映的各種證候加以分析綜合，取得了對各種傳染病演變規律的認識。該書極大地提高了疫病醫學的救護水準，是發熱性傳染病的醫學經典。
晉代醫學家葛洪在《肘後備急方》中首次将“疠氣”作為傳染病的病因和互相傳染的特點，開後代溫病學之先河。他對傳染病的記載涉及傷寒、瘧疾、瘟疫、疫疠（急性傳染病）、猘犬齧人（狂犬病）、食物中毒等種類，并對天花流行狀況和症狀描述得尤為詳盡。在疫病治療上，葛洪創造性地提出用青蒿治療瘧疾，為後人戰勝瘧疾指明了方向。
隋代醫學家巢元方的《諸病源候論》是我國第一部病因證候學專著，其中提出的“乖戾之氣”是關于傳染病因的新探索。該書還對疫病傳染的緻病因子進行探索，使傳染病的病因接近了細菌的發現。
明末醫學家吳又可（名有性），親自參與了崇祯年間的疫病救治，他于1642年著成《溫疫論》一書，成為我國傳染病學的扛鼎之作。他認為傳染病因是“天地間别有一種異氣所感”，“異氣”就是“戾氣”。17世紀中葉，當時還沒有顯微鏡，能對傳染病因有如此精湛的見解，是對傳染病病因學的重大突破。在戾氣緻病的感染途徑和方式上，已認識到傳染病有空氣傳播和接觸傳播兩條途徑。吳又可的溫病學說在病原體、傳染途徑、特異性等方面都有卓越的見解。
中國古代對疫病的預防和治療
疫病具有傳播迅速、傳染性強、傳變較快、緻死率高、易造成社會恐慌等特點，古代醫家和先民為抵禦疫情、保護生命、減少損傷，積極應對，留下了豐富的經驗和教訓，值得我們認真總結和研究。
未病先防，培固正氣。對于急性傳染病，古人十分強調早預防，治未病。《黃帝内經·素問·四氣調神大論》就明确指出“聖人不治已病治未病，不治已亂治未亂。”但如何能有效避免和抵禦疫病對人的侵襲傳染呢？《黃帝内經·素問·遺篇·刺法論》就有此問：“餘聞五疫之至，皆相染易，無問大小，病狀相似，不施救療，如何可得不相移易者？”答曰：“不相染者，正氣存内，邪不可幹，避其毒氣”。主張培固自身“正氣”，以抵抗“邪氣”侵入。明代《景嶽全書·瘟疫·避疫法》也指出：“瘟疫乃天地之邪氣，若人身正氣内固，則邪不可幹，自不相染。”中醫認為正氣是指人體的機能活動及抗邪的能力，也包括自身的抗病、康複能力。正氣旺盛、身體強壯的人，對疾病的抵抗力就強，生存的幾率就大。由此可見，平時堅持體育鍛煉，培補正氣，保持健康強壯的體魄，增強抗病能力，才是預防疫病侵入的根本。
盡早發現，嚴格隔離。疫病往往萌發悄然，一旦蔓延，氣勢難擋。是以，及早發現十分重要。《黃帝内經·素問·八正神明論》提出“上工救其萌芽”的思想，就是要求早發現疫情苗頭，及時防治，以免疫情擴大，難以遏制。《黃帝内經·靈樞·官能》：“邪氣之中人也，灑淅動形。正邪之中人也微，先見于色，不知于其身，若有若無，若亡若存，有形無形，莫知其情。是故上工之取氣，乃求其萌芽。”唐代楊上善釋道：“邪氣初客，未病之病，名曰萌芽，上工知之。”由此可知，“未病之病”指的是疾病尚未顯露症狀的階段。高明的醫者能預先發現疫病的苗頭，給予警示并采取有效防治措施。
制定了對疑似傳染病患者的報告制度。《睡虎地秦墓竹簡》記載道：“爰書：某裡典甲詣裡人士五（伍）丙，告曰：‘疑疠。’來詣。……令醫丁診之。”意思是說某裡的裡長甲送來該裡的士兵丙，報告說：“懷疑丙得了麻風病，故将他送來，讓醫生檢查。”這說明秦朝已有嚴格的傳染病疑似患者的報告制度。如果一旦發現了疫病，就要及時采取隔離檢疫措施，以防止傳染病的擴散。這在秦代已有法律規定。《睡虎地秦墓竹簡·法律答問》記載道：“城旦、鬼薪疠，可（何）論？當遷疠遷所。”意思是說：城旦、鬼薪得了麻風病，該如何處置？應遷往麻風病隔離區“遷疠所”。這說明在秦代已實行了對傳染病人的隔離制度，并用法律的形式加以确定。《漢書·平帝紀》也載道：“民疾疫者，設空邸第為置醫。”明确規定設定隔離病房治療，以免疫病傳播。東漢名将皇甫規在隴右時“軍中大疫，死者十三四，規親入庵廬巡視。”說明東漢也在軍中設立“庵廬”作為疫病隔離區。東晉時還頒布官員家屬如患上疫病，本人應休假隔離的規定：“永和末，多疾疫，舊制，朝臣家有時疾，染易三人以上者，身雖無病，百日不得入宮。”這是十分明确的官員休假隔離以防傳染的制度，且時間長達一百天。唐代初年僧人釋智岩曾住石頭城下（今江蘇南京市西清涼山）的疠人坊（麻風病院），為患者“吮膿洗濯，無所不為……永徽五年（654）二月二十七日，終于疠所。”這是有明确記載的民間傳染病隔離治療場所，也是護理傳染病人的最早記載。對疫病患者及時隔離檢疫在今天仍是防止交叉傳染的有效保障。
對于因疫病死亡的患屍，曆代王朝也多作有及時掩埋的規定。如北魏宣武帝景明三年（502）诏曰：“申下州郡，有骸骨暴露者悉可埋瘗。”宣武帝又在正始三年（506）下诏：“掩骼埋胔，古之令典，順辰修令，朝之恒式。今時澤未降，春稼已旱。或有孤老餒疾，無人贍救，因以緻死，暴露溝塹者，洛陽部尉依法棺埋。”這說明掩埋無助者的屍骨已作為官府的責任。對無主患屍的及時妥善處理，可避免死屍暴露荒郊傳播疾病，也利于保持城鄉的環境衛生。
淨化環境，講究衛生。創造良好的公共衛生條件，講究個人衛生，保持内外清潔，才能有效地預防疫病滋生蔓延。我國古代城市供水和污水處理設施出現得很早。在河南淮陽平糧台新石器時代古城遺址中就發現陶制的排水管道，距今已有4300多年。在鄭州商城遺址也發現陶制的排水管道，并與石砌的蓄水池相連通，城内還有多眼水井，整個都城形成有完整的給排水系統。這既可保證城市的飲用水衛生，也解決了城市的污水處理問題。古代城市也很重視街道的清潔衛生。周代設有負責道路打掃和清潔的官職“條狼氏”。東漢時畢岚還在京城洛陽發明了用來在街道灑水的機械——“渴烏”，史載：“又作翻車渴烏，旋于橋西，用灑南北郊路，以省百姓灑道之費。”這些措施确實有利于空氣的清潔和市民的健康。古代也很注意在城市建造公廁。《周禮·天官》記載：“宮人，掌王之六寝之修，為其井匽，除其不蠲，去其惡臭。”鄭玄釋“匽”為路廁，可知周代設有“宮人”來負責管理街道的廁所打掃。《墨子》稱廁所為“溷”，他還提出了建造公廁的标準：“于道之外為屏，三十步而為之圜，高丈。為民溷，垣高十二尺以上。”這是要求建高大的公廁以保證城市衛生。
個人衛生對防止疫病傳染和保證身體健康也十分重要。甲骨文中已有“沫”“浴”二字，說明人們已有洗臉、洗手和洗澡的習慣。《禮記·曲禮》道：“讓食不唾。”是說吃飯時不可吐痰。漢武帝有專人“掌禦唾壺”，唾壺即痰盂，說明不随地吐痰的要求由來已久。古人早已知道“病從口入”的道理。孫思邈在《千金方·霍亂》中說：“原霍亂之為病也，皆因飲食。”這就明确指出了飲食不潔與傳染病的關系。孔子指出：“魚餒而肉敗，不食；色惡，不食；臭惡，不食。”“祭肉不出三日，出三日，不食之矣。”（《論語·鄉黨》）這都要求不吃過時變質的食物，以防疾病。元代來華的意大利人馬可·波羅曾講述：在元朝宮殿裡，“衆多伺候皇上用膳的下人，都必須用雅緻的面罩或絲巾遮住鼻子和嘴，以免他們的呼吸污染大汗的食物和酒水。”這種遮在口和鼻上的面罩和絲巾，可謂原始的口罩。而我國開始推行醫用口罩是清末醫學家伍連德于1910年在東北成功攻克“肺鼠疫”時創制的“伍氏口罩”。口罩的使用為人類防疫和健康作出了重要貢獻。
晚清名醫餘伯陶在《鼠疫抉微·避疫說》中指出，室内通風透光利于防疫：“避之之法，廳堂房室，灑掃光明，廚房溝渠，整理清潔，房内窗戶，通風透氣。”即使今天，通風透光也是防疫的基本要求。
醫療防治，勇于創新。在與疫病的抗争中，曆代醫家們勇于鑽研和創新，形成新的醫療理論和方法。東漢末年瘟疫盛行，張仲景發憤寫成《傷寒論》，奠定了“辨證施治”的基礎；金朝末年汴京大疫，李杲著就《内外傷辨惑論》，創立了“内傷”學說和“甘溫除熱”思想；明末崇祯年間疫病肆虐，吳又可創著《溫疫論》，開溫病學說之先河。曆代醫家們還創制了許多防治疫病的方藥。如葛洪用柏芝散預防疫病；孫思邈研制出雄黃丸以避疫疾；金代劉完素的黃連解毒散、李杲的補中益氣湯，明代吳又可的達原飲、三消飲、舉斑湯，清代吳鞠通的桑菊飲、銀翹散，都為疫病防治發揮了顯著的效用。