萬曆皇帝去世後，朝政已經變化到一個風雲詭異的地步，登基不到一個月的朱常洛被藥死，繼承人的問題上沖突重重，鄭貴妃首先被排擠出去，朱常洛有兩個妃子，西李野心勃勃，想要垂簾聽政，隻能重用宦官李進忠（魏忠賢），而東林黨無法接受這種局面，因為利益沖突嚴重，最終在楊鍊，左光鬥等人努力下，移宮案以朱由校登上皇位結束，其他暫時告一段落。而朱由校雖然年幼，也懂制衡之術，東林黨尾大不掉，于是他提拔乳母客氏還有太監魏忠賢的地位，讓他們在宮中掌握一定的權利，甚至把朱常洛留給自己的大太監王安給逼迫出宮，而這，才是這場黨争的開始。
自萬曆末年，葉向高，方從哲等人先後擔任首輔，又有顧憲成在南方創立東林書院宣求講學，一時間，明末最大的政黨東林黨崛起于明朝朝堂，他們在政治鬥争中無往不利，先後擊敗浙，楚，齊等黨派，甚至到了一家獨大的地步，沒有一個帝王會允許這種事發生，何況地位天然，有廠衛保護的明朝皇帝，天啟帝不經意間，從内監中選出了能力出衆的魏忠賢代管東廠，是為東廠提督，而東廠天然和文臣集團對立，朱由校也隻是想着讓魏忠賢制衡一下東林黨，友善自己治理國内，畢竟遼東大敗，關外局勢才是關鍵，這時候的努爾哈赤迅速擴張，不斷攻克明朝城池，而有能力治理遼東的大臣無一不在遼東折戟沉沙，鎮江毛文龍，遼東熊廷弼，袁應泰都守不住遼東，當然，遼東是一個地域統稱，真正失去的，是以遼陽為首的城池，遼東局勢進一步潰爛，不得已，甚至天啟把自己的老師都派出去受遼東，後金由于自己政治原因，加上毛文龍偶爾騷擾，需要穩定後方而被迫停止擴張，明朝内部最後的洗牌卻已經停止不住，天啟四年，東林黨無法忍受魏忠賢繼續掌握廠衛大權，或者說，錦衣衛一旦被魏忠賢徹底掌握，後果不堪設想，于是楊鍊帶頭上書，以“二十四大罪”告魏忠賢，而這二十四條甚至都沒有A錢，核心就是一個專權問題，可見魏忠賢此人為了權利還是可以控制自己的，這時候的魏忠賢已經不是一開始剛執掌東廠的他，被東林趕盡殺絕的各黨派都依附在他名下，比起被趕出去朝堂，名聲算什麼？于是閹黨應時而生，和東林對峙。天啟本來的想法是扼制一下東林黨，打擊一下他們就好，結果魏忠賢的黨羽把這件事兒擴大到了一個無法控制的地步，先是大批朝臣被下獄，之後遠在遼東的熊廷弼，王化貞都被處死，甚至魏忠賢為了防止麻煩，把帝師孫承宗都給搞到罷官回家，不過這也和孫承宗自己指揮戰鬥失敗，偷襲成了強攻，最終損兵折将，給了閹黨借口。但是孫承宗下台後，高第和他政策不同，最終丢了錦州附近的防禦工事，最終最前線的是袁崇煥的甯遠。
最終，黨争以魏公公徹底勝利告終，東林黨基本被掃出朝堂，魏公公為了證明自己的價值，對九邊還是比較優待的，沒有和東林黨一樣不斷彈劾，而關外的甯遠之戰就爆發了，努爾哈赤率兵圍攻甯遠，袁崇煥全力防守，最終憑借紅衣大炮和有利地形，擊退了6努爾哈赤的進攻，很快努爾哈赤就去世了，後金陷入了短暫的權利争奪中，袁崇煥乘機修建防禦工事，增加自己的防禦力。三個月後，天啟帝人在宮中坐，鍋從天上來，王恭廠大爆炸到現在也是未解之謎，最終隻能是皇帝的過錯，天啟下罪己诏，大赦天下。而魏公公，政治鬥争是一把好手，治理天下就沒這個本事了。加上每年天災人禍，隻能是民不聊生，魏公公隻能是隐瞞，讨好天啟帝，以求蒙混過關。但是一黨獨大不是帝王之道，天啟帝也是有心無力，總不能再啟用東林黨吧。之後的事情就有些戲劇性了，或者說，是曆史的重蹈覆轍，我們的天啟帝也想劃船，同樣是貼身宦官陪同，同樣是落水，同樣是不治身亡，和朱厚照一樣的經曆，難道明朝的水就呢樣好玩，皇帝們都喜歡落水？反正天啟帝召集重臣，把皇位傳給了自己的弟弟，信王朱由檢。這場黨争還沒有落下帷幕，魏忠賢認為自己押寶應該是天啟的子嗣，認為天啟身體良好，是以沒有考慮這些問題，而東林黨對信王，或者說崇祯影響很大，他們不斷在信王府講學，傳授自己的理念，讓信王很相信他們。
1627年，兄終弟及，崇祯皇帝繼位，他把被貶谪的東林黨都召回朝廷，并且号稱權傾朝野的九千歲在皇帝的身份面前一無是處，迅速被清算，他的哥哥已經為他謀劃好了如何處置魏忠賢，隻是沒想到他這麼迫不及待，很快東林重返朝堂，一幫誇誇其談的人，再次獲得了國家大權，一同被召回的，還有袁崇煥。怎麼說，袁崇煥五年平遼被崇祯信以為真，結果？後金成功完成了權利過度，捎帶平定了北韓，穩固了後方，然後袁崇煥又替他們平定了鎮江，殺死了毛文龍，他的部将耿精忠，尚可喜開始對朝廷失望。随後便是内亂外敵，崇祯有心無力，加上親自廢除廠衛，耳目全失，最終等待他的隻能是失敗。
縱觀這場大的黨争，幾十年時間，貫穿兩個皇帝，影響勝負的因素太多了，魏忠賢能依靠的隻有皇帝的信任，天啟需要他制衡朝堂，他就有東廠和錦衣衛，有權利，而崇祯皇帝不需要他，他所有的權勢一瞬間灰飛煙滅，而東林黨作為朝臣，對朝廷負責，相比之下，就算皇帝不喜歡他們，也不能公開，随便處決他們，是以對他們來說，一時勝負無關緊要，培養下一任皇帝就是了。以至于後來崇祯皇帝發現滿朝無一人可用（這和他殺死孫傳庭，袁崇煥不無關聯），甚至首輔，内閣不停的換，到最後拉下臉面借錢籌措軍費都籌措不到，隻能說東林把他培養成了一個合格的憤青。