万历皇帝去世后，朝政已经变化到一个风云诡异的地步，登基不到一个月的朱常洛被药死，继承人的问题上矛盾重重，郑贵妃首先被排挤出去，朱常洛有两个妃子，西李野心勃勃，想要垂帘听政，只能重用宦官李进忠（魏忠贤），而东林党无法接受这种局面，因为利益冲突严重，最终在杨链，左光斗等人努力下，移宫案以朱由校登上皇位结束，其他暂时告一段落。而朱由校虽然年幼，也懂制衡之术，东林党尾大不掉，于是他提拔乳母客氏还有太监魏忠贤的地位，让他们在宫中掌握一定的权利，甚至把朱常洛留给自己的大太监王安给逼迫出宫，而这，才是这场党争的开始。
自万历末年，叶向高，方从哲等人先后担任首辅，又有顾宪成在南方创立东林书院宣求讲学，一时间，明末最大的政党东林党崛起于明朝朝堂，他们在政治斗争中无往不利，先后击败浙，楚，齐等党派，甚至到了一家独大的地步，没有一个帝王会允许这种事发生，何况地位天然，有厂卫保护的明朝皇帝，天启帝不经意间，从内监中选出了能力出众的魏忠贤代管东厂，是为东厂提督，而东厂天然和文臣集团对立，朱由校也只是想着让魏忠贤制衡一下东林党，方便自己治理国内，毕竟辽东大败，关外局势才是关键，这时候的努尔哈赤迅速扩张，不断攻克明朝城池，而有能力治理辽东的大臣无一不在辽东折戟沉沙，镇江毛文龙，辽东熊廷弼，袁应泰都守不住辽东，当然，辽东是一个地域统称，真正失去的，是以辽阳为首的城池，辽东局势进一步溃烂，不得已，甚至天启把自己的老师都派出去受辽东，后金由于自己政治原因，加上毛文龙偶尔骚扰，需要稳定后方而被迫停止扩张，明朝内部最后的洗牌却已经停止不住，天启四年，东林党无法忍受魏忠贤继续掌握厂卫大权，或者说，锦衣卫一旦被魏忠贤彻底掌握，后果不堪设想，于是杨链带头上书，以“二十四大罪”告魏忠贤，而这二十四条甚至都没有贪污，核心就是一个专权问题，可见魏忠贤此人为了权利还是可以控制自己的，这时候的魏忠贤已经不是一开始刚执掌东厂的他，被东林赶尽杀绝的各党派都依附在他名下，比起被赶出去朝堂，名声算什么？于是阉党应时而生，和东林对峙。天启本来的想法是扼制一下东林党，打击一下他们就好，结果魏忠贤的党羽把这件事儿扩大到了一个无法控制的地步，先是大批朝臣被下狱，之后远在辽东的熊廷弼，王化贞都被处死，甚至魏忠贤为了防止麻烦，把帝师孙承宗都给搞到罢官回家，不过这也和孙承宗自己指挥战斗失败，偷袭成了强攻，最终损兵折将，给了阉党借口。但是孙承宗下台后，高第和他政策不同，最终丢了锦州附近的防御工事，最终最前线的是袁崇焕的宁远。
最终，党争以魏公公彻底胜利告终，东林党基本被扫出朝堂，魏公公为了证明自己的价值，对九边还是比较优待的，没有和东林党一样不断弹劾，而关外的宁远之战就爆发了，努尔哈赤率兵围攻宁远，袁崇焕全力防守，最终凭借红衣大炮和有利地形，击退了6努尔哈赤的进攻，很快努尔哈赤就去世了，后金陷入了短暂的权利争夺中，袁崇焕乘机修建防御工事，增加自己的防御力。三个月后，天启帝人在宫中坐，锅从天上来，王恭厂大爆炸到现在也是未解之谜，最终只能是皇帝的过错，天启下罪己诏，大赦天下。而魏公公，政治斗争是一把好手，治理天下就没这个本事了。加上每年天灾人祸，只能是民不聊生，魏公公只能是隐瞒，讨好天启帝，以求蒙混过关。但是一党独大不是帝王之道，天启帝也是有心无力，总不能再启用东林党吧。之后的事情就有些戏剧性了，或者说，是历史的重蹈覆辙，我们的天启帝也想划船，同样是贴身宦官陪同，同样是落水，同样是不治身亡，和朱厚照一样的经历，难道明朝的水就呢样好玩，皇帝们都喜欢落水？反正天启帝召集重臣，把皇位传给了自己的弟弟，信王朱由检。这场党争还没有落下帷幕，魏忠贤认为自己押宝应该是天启的子嗣，认为天启身体良好，所以没有考虑这些问题，而东林党对信王，或者说崇祯影响很大，他们不断在信王府讲学，传授自己的理念，让信王很相信他们。
1627年，兄终弟及，崇祯皇帝继位，他把被贬谪的东林党都召回朝廷，并且号称权倾朝野的九千岁在皇帝的身份面前一无是处，迅速被清算，他的哥哥已经为他谋划好了如何处置魏忠贤，只是没想到他这么迫不及待，很快东林重返朝堂，一帮夸夸其谈的人，再次获得了国家大权，一同被召回的，还有袁崇焕。怎么说，袁崇焕五年平辽被崇祯信以为真，结果？后金成功完成了权利过度，捎带平定了朝鲜，稳固了后方，然后袁崇焕又替他们平定了镇江，杀死了毛文龙，他的部将耿精忠，尚可喜开始对朝廷失望。随后便是内乱外敌，崇祯有心无力，加上亲自废除厂卫，耳目全失，最终等待他的只能是失败。
纵观这场大的党争，几十年时间，贯穿两个皇帝，影响胜负的因素太多了，魏忠贤能依靠的只有皇帝的信任，天启需要他制衡朝堂，他就有东厂和锦衣卫，有权利，而崇祯皇帝不需要他，他所有的权势一瞬间灰飞烟灭，而东林党作为朝臣，对朝廷负责，相比之下，就算皇帝不喜欢他们，也不能公开，随便处决他们，所以对他们来说，一时胜负无关紧要，培养下一任皇帝就是了。以至于后来崇祯皇帝发现满朝无一人可用（这和他杀死孙传庭，袁崇焕不无关联），甚至首辅，内阁不停的换，到最后拉下脸面借钱筹措军费都筹措不到，只能说东林把他培养成了一个合格的愤青。