生于1882年，永川人，字東琴，名賢書。生父以賣豆腐為生。自幼勤奮好學，永川公學（現永川中學）畢業後，考取川東書院。
1904年公派留學日本，就讀于東斌學堂警監憲科。
1906年與胡漢民、熊克武、但懋辛、吳玉章、夏之時等一起加入同盟會，并介紹甘肅陳開钊等志士加入同盟會，投入反清革命。
1907年回國，在吳玉章創辦的“中國公學”任監學和教官。随後與熊克武、黃樹中等被派回四川，積極開展四川反清革命。
回川先在永川創辦公學堂，任教育會會長，大力推行新式教育體制，同時擔任永川等地同盟會主要負責人。
1908年2月-1910年8月，在成都法政學堂任教，并從事反清活動。
1912年，鄭東琴任資州（資中縣）知事。
四川總督趙爾豐1911年8月拘禁川漢鐵路咨議局議長薄殿後等18人，不理群眾跪拜請願，激起川人民憤。9月鐵路大臣端方率1500人鄂軍入川查辦鎮壓，駐紮資州東大街行台。
鄭東琴、吳玉章聯絡鄂軍中統帶會廣達，陳知勇等革命黨人，策劃起事。10月7日資州鄂駐軍聞武昌重慶獨立，便在東嶽廟召集軍官會議決定起事，當晚宵禁，在東大街天上宮處決端方兄弟，并割下頭顱，8日早晨在東大街城門向市人懸挂頭顱，當日用匣子裝首級離資州赴渝向蜀軍政府請功并返鄂。
自駐紮資州的鄂軍離開後，全城惶恐，前期州紳李傳玖、何欽甫負責城防。這個時候會黨周某，曾被端方委任，周匪打着同志會旗号進駐水南街伺機窺視，傳玖拒之，不料内奸出賣，周匪殺害城防統帶李傳玖及志士李繼堯等，并毀壞學校設施，打砸搶。
這時州人李芳由黔返州，主張恢複秩序，召開資州代表大會宣布獨立，軍政署，李芳為署長，藍世钲為軍一司令，周某為軍校官。但周某兵痞野性難改，衆人勸說赴成都，支援革命，周匪從中騙取七千元籌款，不到一月周匪返資中準備占山為王。
時值援川黔軍來資駐紮，蜀政府委派鄭東琴接任資州縣知事。鄭東琴緊急聯絡黔軍日本留學同盟會會員，軍政共同商議趁周星武大部未入城時，将城内周部擊潰鎮壓。“周某遠遁，人心稍安”。
鎮壓叛亂後，鄭東琴及時恢複秩序，相繼建立了州議會，農會，法團，商會，改丁糧為正稅，津捐為副稅，成立征收課，查清全州财産并備案，設财政廳，制定征稅政策，确定正稅征收額每兩征一進制六角等。
1913-1917 年，鄭東琴先後任彰明、大邑縣征收局局長等。期間遵循孫中山指令，協助熊克武組建川軍，參與四川講武堂組建，解決軍需要問題，積極參加讨袁、護國等革命活動。
1917年4月-1918年3月，任合川任縣知事。合川駐軍為川第二師劉湘部，盡管一直清鄉剿匪，但因川軍與北洋軍閥混戰之久，時值凋翅之勢，盜匪仍橫行，庶民疾苦，而前任縣知事張恺濤因A錢挪用公款被鄉人告于重慶府，後被賈崑陽警佐驅逐并代之。那時合川時局動蕩，熊克武欽命，四川省府委任鄭東琴火線赴命。
鄭東琴上任雷厲風行，下車三日捕誅匪數人，又二日親率團丁數十人出牛鼻峽捕匪十數人，并押回遊街示衆斬之，從此匪氣大懾。
1917年8月鄭東琴倡議重修縣志，立即授命縣視覺官員黃葆初書告張森楷，議遵縣部令重修《合川縣志》，遂鄭東琴張羅籌款并聘任張森楷為重修《合川縣志》總纂總校。旋即張森楷付諸實施，拟定《拟志凡例九條》、《采訪須知三十條》、《測繪須知十條》并由縣府油印公布，後曆經五年終完成223萬字的《民國新修合川縣志》。
該志涵蓋了疆域、沿革、曆史、風俗、官制、宗譜、藝文、碑志等豐富内容，而且首次将抗匪庶民英烈編入縣志。該志一經問世，震驚當時民國史學界，被梁啟超譽為中國近三百年縣志史之傑作。
同時，大力推進現代教育，在任縣知事期間鄭東琴頒令建立了數所女子中學。
鄭東琴縣知事在合川縣一年任期，治理有方，深得民心，庶民稱頌五裡，立有碑文紀念。合川鄉紳耿布誠（後早期民生公司董事長）将鄭東琴有關民生、民法、民力、民智的政績、思想記錄備案，作《去思錄》并镌刻于縣府大堂楹梁上，并且張森楷倡議選工摩岩以垂功勳不朽。
1918年6月-1920年2月，鄭東琴任重慶警察廳長，全力支援熊克武與段祺瑞北洋政權的護法鬥争。1919年9月，川滇黔三省軍及鄂軍在重慶成立護法聯盟，對抗北洋政權。
1919年“五四”期間，鄭東琴對11月抑制日貨并圍攻重慶警察廳的川東師院等2000餘愛國學生采取寬容了解态度，妥善處理，避免了流血事件發生。
1920-1923年，鄭東琴任涪陵、嶽池、廣安等縣知事。期間，與但懋辛一道開展禁鴉片和清鄉的運動，建立公學校，推行新式教育，并協同支援熊克武驅滇的靖川之戰。
同時，鄭東琴在廣安首倡義學，紳耆為他設宴祝壽，他避而不受，深受百姓喜愛。
1923-1925年，鄭東琴任南充縣縣知事，南充駐軍系熊克武川軍第五師。期間，鄭東琴參與支援熊克武與北洋代表楊森等軍閥的靖川之戰，并大力推進新式教育。
1924年熊克武失勢赴湘粵，準備北伐。1925年孫中山逝世後，蔣介石在粵設鴻門宴扣押熊克武及身邊親信，其中所扣押一年之久的秘書系鄭東琴二兒子。
1926年2月-6月年，鄭東琴任巴縣（重慶）縣知事。
1925年下半年重慶發生了200元銅元事件。駐渝黔軍為籌軍饷，在重慶市面發行新200元銅币，引起物價上漲，百姓恐慌。袁祖銘督辦不得不驅逐鮮英，才平息風波，随即鄭東琴就任巴縣縣知事。
期間國内局勢動蕩，鄭東琴曾掩護劉佰承住進巴縣縣衙府裡，兩人經常秘談，結為知交。在縣衙居住時，劉佰承經楊闇公、吳玉章介紹加入了中國共産黨，而鄭東琴早已籌劃經商，決定棄政從商。
民生公司合川籌備時，合川鄉紳觀望，鄭東琴遊說，打開籌資局面，并傾囊相助，當即借出3000元，又以辦公宜事業為由說動合川縣府，方才借出縣教育局經費8000元，支援籌建民生公司，去上海訂購第一艘船，進而開辟合渝航線。
1926年6月10日，民生公司在重慶召開成立大會，通過組織章程，并選舉第一屆董事會。鄭東琴、耿布誠、李雲根、李佐承等九人為第一屆董事，周純欽等三人為監察，鄭東琴被推選為董事長。依照章程規定，董事和監察不得兼任公司總經理和協理，是以股東推薦，并經董事會決定，盧作孚擔任總經理，陳伯遵，黃雲龍擔任協理。
第一屆董事會決定股資增為50000元後，除已籌資的款項外，其餘幾萬元均由鄭東琴對外拉借湊足。鄭東琴湊足股資，頗費周章，不僅将其父親一生賣豆腐所置田産抵押，又把大兒媳婦（永川富紳女兒）的結婚陪嫁典當，而且還向銀行洋行外借了款項。
“民生”輪最初運作可謂喜憂參半。行駛半年，時序進入嘉陵江冬季枯水季節，“民生”輪面臨停航。遂盧作孚找鄭東琴商量，決定增辟渝涪線。鄭東琴利用自己早年任過涪陵縣知事的人脈資源，積極出面協調，得到涪陵人士和軍方的大力扶持，終渡過難關，使“民生”輪在枯水和漲水兩季都可運作。
1927-1929年，鄭東琴任民生公司董事兼監察等。期間建立長江輪船公司，并任董事長。
1927年1月，“民生”輪開始航行渝涪線，整個枯水季節營業甚佳。這年夏，民生公司召開第二次股東大會，鄭東琴被選為監察，同盧作孚等決定把上年8-12月的紅息2分5厘發給股東，股東們喜笑顔開。
赓即鄭東琴趁機向股東大會倡議增資，獲得一緻通過。這次實際增資73000元，超過原定增股額46％。這筆增資金到賬後，民生公司随即在上海訂制新輪，取名“民用”。“民用”輪比“民生”輪吃水淺，船身稍大，能全年通航渝合線。從此，民生公司利潤收支開始盈利。
1928年，順慶（南充）商人譚謙祿（又名譚謙六）剛在上海建造了名為“順慶”的輪船，不料開回重慶途中被川軍範紹增部扣押。鄭東琴曾經在順慶擔任近三年的縣知事時，與譚謙祿相識，加上範紹增又系川軍舊部，軍中有不少鄭東琴老友，譚便委托鄭東琴從中斡旋。
範紹增磨不過鄭東琴面子，遂歸還所扣之船，同時譚意識到搞長江航運阻礙重重，非一己之力所為，便授權納入鄭東琴為董事長的長江輪船公司旗下經營，将“順慶”輪改為“長江”輪，行駛渝叙線。
但譚謙祿不谙經營，隻好将股權、經營權轉讓，鄭東琴随即進行投資，随後将經營權轉入民生公司，從此民生公司當年夏天在重慶與叙府及嘉定之間開始有自己輪船航行。
1929年10月18日，民生公司正式接收“長江”輪，并将其改名為“民望”輪。随着“民望”輪加入，民生公司航運經營正式從嘉陵江進入長江航運發展的新階段，當年産值翻番。是以，“民望”輪又叫發家船。
1930-1952年，鄭東琴一直任民生實業股份公司董事長，同時相繼還兼任天府煤礦董事長，渝鑫鋼鐵公司董事長，太平洋輪船公司董事長，西部科學院副董事長等職務，抗戰期間曾任重慶政府臨時參議院議員。
1930年2月，民生公司召開第五屆股東大會。此次股東大會決定将公司資本增加為30萬元（當年實收25萬元），公推鄭東琴為董事長。自此，鄭東琴一直擔任該職直至解放後。任董事長期間，在民生公司發展中給予盧作孚極大支援。
抗日戰争後期，通貨膨脹，民生公司瀕臨破産。宋子文以解決民生公司經濟困難為誘餌，要求出任民生公司董事長。鄭東琴對此堅決抵制，并親自出面奔走、解決資金問題，使民生公司轉危為安。
後來，又成立太平洋輪船公司，在台灣、香港均設有民生分公司，發展沿海航運事業。
1949年9月，楊森蓄意毀掉山城，阻擋全國解放，鄭東琴董事長當機立斷，派出數艘火輪将200多噸炸藥、數千桶汽油以及大量軍用物資全部運離重慶，避免了一場大災難。
解放戰争後期，國民黨政權瀕臨瓦解，大肆發行金洋券、銀洋券，為了保護民生公司資産，鄭東琴購買兌換儲存大量黃金，同時加強賬務資金安全監督管理，避免了黃金流失國外。
1949年11月，鄭東琴率領重慶工商界人士在南溫泉迎接劉鄧大軍解放重慶。
1950年初，鄭東琴委派董事會何北衡等代表前往香港，協助盧作孚處理因加拿大貸款10餘艘船被扣香港事宜。
1950年10月，鄭東琴董事長在南岸上新街英國使館向全球宣布，民生公司董事長鄭東琴是民生公司法人，民生公司總部在重慶，是唯一合法的總部，台灣等其他地區的民生公司都不能代表民生公司重慶總部。
西南軍政委員會成立後，毛主席委任鄭東琴為西南軍政委員會财經委員。
1952-1965年，公司合營後民生公司改為長航，鄭東琴一直任副董事長，重慶工商聯常委，四川省政協委員，四川省人大代表，民建、民革委員。
解放時工資500元，公司合營後，自知比毛主席工資還高，遂自降工資為350元。
1965年鄭東琴逝世，享年83歲。