科技日報記者 張夢然
為什麼一項關于花花草草的研究，會被評價為“令人難以置信的成就”？
英國皇家植物園上司的由279名科學家組成的國際團隊，4月24日在《自然》雜志上發表了一篇新論文，公布了科學界對開花植物種系進化樹的最新認識。
這項研究利用了來自9500多個物種的18億個遺傳密碼，覆寫了近8000個已知的開花植物屬（約60%），為人類展開了一部植物進化史，并告訴人們，這些植物是如何在地球生态的主導地位上崛起的。
建構被子植物進化樹的資料比同類研究多15倍，涉及對9500多種不同開花植物的測序。
圖檔來源：英國皇家植物園
研究人員認為，這些寶貴資料有助于未來識别新物種、完善植物分類、發現新藥用化合物以及在氣候變化和生物多樣性喪失的情況下保護植物。
“解鎖”曆史植物标本
開花植物的種系進化樹，就像人類家譜一樣，能使人們了解不同物種之間的關系。通過比較不同物種之間的DNA序列來發現進化樹，以識别随着時間推移而積累的變化（突變），就像考證“分子化石”記錄。
随着DNA測序技術進步，人們對進化樹的了解也在迅速提高。在這項研究中，團隊開發了新的基因組技術，可從每個樣本中獲得數百個基因和數十萬個遺傳密碼字母，比早期方法多了幾個數量級。
該研究中測序的最古老的植物是1829年收集的幹燥植物标本。
圖檔來源：英國皇家植物園
新方法的一個關鍵優勢是，即使DNA嚴重受損，也能對各種新舊植物材料進行測序。世界各國的植物标本館都是巨大的幹燥植物材料寶庫，其中包括近4億份植物科學标本，蘊藏着海量進化資訊。
研究中首次被測序的Alstonia spectabilis标本，這是一種對原住民德頓人具有重要藥用價值的物種。
圖檔來源： 英國皇家植物園
譬如，團隊可對近200年前在尼泊爾采集的沙草樣本進行測序，盡管其DNA品質較差，但仍能将其放置在種系進化樹中。
又譬如，他們還分析了已經滅絕的植物，例如瓜達盧佩島橄榄。事實上，根據世界自然保護聯盟瀕危物種紅色名錄（IUCN），此次已測序的物種中有511個已面臨滅絕風險。
在所有已測序的9506個物種中，超過3400個物種來自48個國家163個植物标本館，其他來自世界各地植物收藏品，例如DNA庫、種子、活體收藏品等材料。這些對于填補關鍵知識空白、了解開花植物進化史至關重要。
解開令達爾文困惑的謎團
開花植物起源于1.4億多年前，此後它們迅速取代其他維管植物，占了陸地上所有已知植的90%左右。
然而，包括查爾斯·達爾文在内的幾代科學家都對這種情況感到困惑：這些植物為何會在起源後不久就占據了主導地位？
科學家對寄生植物 Pilostyles aethiopica 進行了測序，這種植物生活在其他植物體内，隻有在開花時才可見。 DNA 測序已對這種植物所屬的類群進行了重新分類。
圖檔來源：Sidonie Bellot/英國皇家植物園
針對化石記錄中看似突然出現的多樣性，達爾文在1879年給他的密友、皇家植物園園長約瑟夫·胡克的信中寫道：“據我們判斷，近代地質時期所有高等植物的快速發展是一個令人讨厭的謎團。”
現在，研究團隊利用200塊化石，将他們的進化樹按時間進行了縮放，揭示了開花植物如何在不同的地質時期進化。他們發現，早期開花植物的多樣性确實呈爆炸性增長，在其起源後不久就産生了今天存在的80%以上的主要譜系。
新的進化樹對松花蛇發草科和屬進行了重新分類，這是一種結有奇異果實的熱帶小樹。
圖檔來源：達尼洛·坦當
然而，這種趨勢在接下來的1億年裡卻以穩定速度下降，直到大約4000萬年前，生物多樣性再次激增，同時全球氣溫下降。這些新見解有助于當今科學家了解物種是怎樣應對多樣化挑戰的。
開放共享進化樹“果實”
建構開花植物進化樹對生物多樣性研究具有重要意義。就像人們可根據元素在元素周期表中的位置來預測其屬性一樣，物種在進化樹中的位置也可讓人們預測其屬性。是以，進化樹包含的新資料有助促進許多科學領域的發展。
此次研究利用到的資料中，有1900多個物種是此前公開的，這正是開放科學方法對基因組研究的價值。
資料的進一步開放，還将幫助科學家在未來充分利用這些研究成果，例如将其與人工智能（AI）相結合，就可以預測哪些植物種類可能含有藥用分子。同樣，也能幫助科學家更好地了解病蟲害，預測其未來會對植物産生何種影響。
研究人員表示，AI已用來預測哪些植物中含有具備治療瘧疾潛力的化學物質。新建構的開花植物進化樹包含龐大的資料集，為作出更多更準确預測提供了機會，加速從植物中發現藥物治愈棘手疾病。