順治七年十二月初九，多爾衮在外出行圍途中，薨于古北口外喀喇城，對于少年天子順治而言，這或許是一個令人欣喜的消息，他終于可以奪回丢失的公權力了。就在順治沉浸于重操大權的欣喜中時，以索尼、鳌拜為首的兩黃旗趁勢崛起，處處掣肘皇權，而二人背後的主謀正是孝莊太後。作為順治的生母，孝莊理應襄助皇帝實作中央集權才是，為何偏要反其道而行？
順治帝
順治與孝莊滿蒙集團的對抗
在皇太極死後的奪位之争中，諸王兄弟窺探大寶，以緻八旗内部紛争四起，如果不是在兩黃旗的據理力争下，恐怕順治難以登基。是以，為了感激兩黃旗的擁戴之功，順治在繼位之初就對遏庇隆、鳌拜大肆封賞，二人同時被任命為領侍衛大臣，并進入議政會參與決策。
但在議政會中，以濟爾哈朗為代表的宗室力量才是真正主宰者，是以順治得以憑借這位叔父來與兩黃旗互相制衡，使得一家獨大的局面不會出現。但随着濟爾哈朗離世，宗室貴族的力量被極度削弱，兩黃旗勢力進一步膨脹，他們實際上執行孝莊太後的意志，妄圖分化皇權。
兩黃旗領袖鳌拜
面對兩黃旗的步步緊逼，順治隻好反其道而行，前腳剛對多爾衮大肆撻伐，後面就采用了他攝政時期的“滿漢一體”路線，企圖通過籠絡漢人士大夫，形成對八旗的牽制，進而達到鞏固皇權的目的。
于是，順治力排衆議，不惜更改祖制，廢除了諸王貝勒管理各部事務的舊例，效仿明朝設定内閣，正式讓漢官擠進核心決策圈。由此一來，不論是六部事務的治理，還是平時奏折的參奏，漢官都擁有了同滿官同等的議政權力。
向來各衙門印務，俱系滿官掌管，今即著掌印，不必分别滿漢，以後凡是進奏章，滿漢侍郎一起參酌來奏。《清史稿》
順治提拔漢官的種種舉措，使孝莊與兩黃旗大臣痛心疾首，其背後的滿蒙勢力不可能任由他胡作非為下去，一場政治拉鋸戰就此掀開帷幕。
孝莊太後青年畫像
每當讨論重大國事時，隻要順治與漢臣拟定某項政策，那麼以孝莊與兩黃旗代表的保守勢力，就勢必會給出截然相反的意見，這種分歧伴随着漢官地位的提升而不斷擴大，已經到了水火不容的境地。
索尼、鳌拜為了保持兩黃旗的超然地位，不僅向孝莊禀報朝廷中發生的大小事件，還将皇帝的一舉一動悉數告知。與兩黃旗有所不同，孝莊之是以對滿漢一體保持反對，皆出于穩固蒙古勢力的考量，是以她一面借助兩黃旗對帝權進行制衡，另一方面又動用蒙古力量來左右皇帝的一切。
孝莊利用滿蒙聯姻牽制順治
順治十三年六月，孝莊太後将自己的侄孫女從蒙古召至京師，當着鳌拜、索尼等人的面前，當衆宣布大清皇後人選。按照慣例來說，冊封皇後理應得到皇帝首肯才是，但孝莊竟然瞞着順治，越權決定這等國家大事，正如《清世宗實錄》所記載：
冊封皇後已頒冊寶，爾等奉命啟奏皇帝，鳌拜等遂以皇太後旨奏聞。《清世祖實錄》
況且，鳌拜身兼領侍衛内大臣之職，怎能插手宮闱之事，這隻能說明兩點。其一：孝莊早已知曉順治不會同意這門親事，是以才先斬後奏，令鳌拜等人代為傳達。其二：鳌拜雖名為陛下臣子，但實際早已淪為孝莊耳目，孝莊任命鳌拜傳達立後事宜，就是要趁機敲打順治，告知他滿蒙聯盟牢不可破，國之根基無法動搖。
順治第一任皇後
正如孝莊所料，順治在得知立後一事，瞬時龍顔大怒，為了集中力量對付滿蒙聯盟，不惜讨好曾羞辱過自己的正白旗，執意立正白旗董鄂氏為皇貴妃。如此一來，正白旗與蒙古勢力并駕齊驅，共同左右着大清的未來走向。
然而，随着順治勢力的日益穩固，皇後博爾濟特氏在宮中的地位也就岌岌可危了。
順治十五年初，順治抓住孝莊太後大病的空檔，下令禮部商讨廢後事宜，進而打亂了滿蒙聯盟的精密部署。
皇太後聖體違和，皇後有失定省之儀，欽遵上谕，止存皇後之号，停其箋奏，著諸王大臣議廢後事宜。《清世祖實錄》
實際上，博爾濟特氏自入宮以後，就深陷孝莊與順治的鬥争漩渦中，出身于蒙古貴族的她，因遭受順治百般冷遇，就隻好依附孝莊為靠山。而順治為使廢後計劃不受幹擾，竟将皇後的通信方式（箋奏）徹底切斷，進而對孝莊實行長達80日的消息封鎖。
待到孝莊大病初愈，得知了順治的所作所為，這才出手阻止這場廢後事件，保留住博爾濟特氏的皇後名号。然而，此次廢後事件并未就此結束，它的餘波将掀起更大的驚濤駭浪。
滿蒙聯姻
就在廢後事件發生後的幾個月，順治突然召見孝莊的弟弟吳克善進京，其用意明顯與皇後的廢立有關。不料，吳克善卻抗旨拒往，明眼人都能看出這是孝莊在背後出謀劃策，就是想觀察順治對此作何反應。
就當衆人笃定順治不敢對吳克善興師問罪時，順治卻一反常态地對其嚴懲，先是以“不遵诏旨，藐視朕躬”為由，廢除吳克善兒子繼承親王的權力，随後又議奪吳克善親王爵，罰馬千匹。在這次廢後事件中，順治雖沒有得償所願地廢除皇後，但卻打擊了孝莊背後的母族勢力，已經是大獲全勝，而以孝莊為代表的滿蒙勢力，堅決不可能任由皇帝得寸進尺，一場有關滿洲繼承人的對決即将上演。
正白旗與兩黃旗的争奪
順治繼位後，孝莊遵循皇太極時期的既定方針，為他挑選六名蒙古女子結為姻親，就是希望通過滿蒙聯姻來穩固國家統治。可順治對于這些蒙古後妃極為疏遠，以至于在所生的八位皇子中，竟無一子出自蒙古。
順治十四年十月初七，皇貴妃董鄂氏誕下一子，本為順治第四子，但順治卻稱之為“朕之第一子”，并以此昭告天下，連日舉行盛大慶典。一時間，有關立儲的消息不胫而走，王公大臣一緻認為，董鄂妃所生之子必定是大清未來儲君。
董鄂妃影視形象
倘若按照順治構想的那樣，将來自正白旗的董鄂妃之子立為皇嗣，那麼正白旗的勢力将瞬時超越兩黃旗，成為八旗之首。另一方面，按照母憑子歸的皇室傳統，董鄂妃喜得貴子，那麼博爾濟特氏遲早會被取而代之，滿蒙聯盟的穩固勢必受到威脅。
在進退兩難的情形下，孝莊選擇退而求其次，與兩黃旗要臣達成一緻，勢必要在兩黃旗中擇子而立。天無絕人之路，在當時僅存的4位皇子中，恰好有1位來自鑲黃旗，這位皇子便是日後大名鼎鼎的康熙帝。按照康熙本人的回憶，在他尚處幼年之際，孝莊太後便親自教導各項宮廷禮儀，這是其他皇子不曾享有的待遇。
朕自幼齡學步能言時，即奉聖母皇太後慈訓，凡飲食、言語皆有矩度，少不然既加督過，賴是以克有成。《聖祖禦制文二集》
不僅如此，孝莊還特别派遣蘇麻喇姑負責對康熙的啟蒙教育，使之從小就接受滿蒙雙軌的政治文化，避免重蹈順治覆轍。現如今，許多人都将感染天花作為康熙的繼位依據，其實早在順治朝的儲位之争中，康熙就被拟定為潛在的皇位繼承人。
孝莊太後
然而，正當統治階層為了立儲暗自較勁時，董鄂妃之子卻突然患病夭折，董鄂妃本人也因喪子之痛落下病根，于三年後不幸逝世。在接連痛失兩位至親後，順治因為過度悲傷而感染天花，于順治十八年正月初七崩逝于養心殿内，曆經了十年的帝後之争就此終結。
順治駕崩後，一切本應恢複平靜，可索尼突然公布了一份先帝遺诏，在這份遺诏中，順治除了交代讓玄烨繼位以外，還列舉自身十四項大罪，與罪己诏沒什麼差別，其中最嚴重的一項，便是扶持漢官上位。
朕不以為戒，反委任漢官，即部院印信，間亦令漢官掌管，以緻滿臣無心任事，精力懈弛，是朕之罪也。《順治遺诏》
關于順治帝的這份罪己诏，史學界至今無法辨識真僞，但可以肯定的是，以孝莊為代表的滿蒙聯盟，或多或少在其中夾帶私貨。順治直到彌留之際仍在倡導滿漢一體，又怎會突然轉變方向，将畢生執行的政策當做罪狀來展示，曆史的書寫，終究是由勝利者決定。
結論：
作為一位苦命天子，順治帝的一生隻經曆了24年的短暫時光，在前半生中，他在多爾衮的攝政下委曲求全，不敢對權力有半點奢望，好不容易熬到親政之日，以孝莊為代表的滿蒙集團又處處掣肘，使皇權始終被封鎖在牢籠當中。我們應當承認的是，在大清由地方性政權向全國性政權轉化的過程中，順治能夠倡導滿漢一體、推進皇權集中，就已經做到了時代賦予的責任，即便最後立儲失敗，他也是當之無愧的勝利者。