西醫研究人體是用還原論的方法。16世紀意大利開始出現解剖學，解剖學的結果就是把人體還原為各個器官，現在又把器官還原為很多細胞組成的集合，比如把小腸分為腸壁、腸腔……又将細胞分為細胞壁、細胞質……西醫就是将人體器官還原成最基本的構成單元，研究它們的性質，最後綜合成人體的性質。再進一步就是把細胞還原成為DNA的雙螺旋結構。現在西方的研究都認為DNA雙螺旋結構是儲存資訊的，但是這類的雙螺旋結構太多了。2000年4月國際上的基因資料庫DNA堿基對數目已經達到60億個，現在這個數字已經達到140億了，基本上每過一年就要翻一翻，要研究清楚這些堿基對工程十分浩大。是以還原論的方法遇到基因、堿基對就無法做了，當然不是不能做，是太複雜了。
而且還有一個更緻命的問題，就是還原論方法不适合複雜事物的研究。還原論認為如果我們把自然界中各種事物的基本規律搞清楚，就可以以之來推出複雜體系的性質。比如還原論認為空氣是由許多不規則運動的氣體分子所組成的，如氧氣、氮氣、灰塵以及各種各樣的稀有氣體分子，我們準确地知道這些氣體分子的運動規律，就可以得出任意時刻這些氣體分子的位置、動量，這就是天氣預報。天氣預報就是給出某一時刻大氣的初始條件，即某一時刻各種氣體分子的動量、位置，根據其運動規律進行求解。但是事實上這種測定是不可能的。盡管原則上每一個空氣氣體分子的狀态是确定的，但是要測量确實很困難。于是相關人員就假設每英尺有一個探測量，可以測定某一時刻氣體的壓力、壓強以及空氣分子的動能、位置測準，輸入電腦進行測算。
但這樣也不行，因為安置探測器的位置上氣體分子的狀态可以測定，但這兩個探測器之間分子的狀态是确定的。同時地球上有一些地方是無法安裝探測器的，比如喜瑪拉雅山的山頂或一些山谷，就隻能估計。另外空氣從底端到頂層有不同的層次，要安裝許多探測器，實際上我們根本不可能裝那麼多。估計的事情會産生誤差，這些誤差盡管很小，但是經過微分方程解了多次之後就會呈現出非線性的放大。由于這種誤差是偶然的，是以這種放大也是偶然的。這種偶然的結果使得事件變得完全不可預測。是以還原論的方法用來研究天氣不可能，用來研究人體也不可能。因為資料太多了，要用細胞的狀态去研究整個人體，誤差太大了。
西方有一個民謠，是講述人類生活中經常會遇到很細小的事情，但是最終産生了非常重大的後果。“少了一顆釘子，丢了一匹戰馬；少了一匹戰馬，丢了一個騎手；少了一個騎手，丢了一場戰争；少了一場戰争，丢了一個國家。”其實質就是說複雜的事物是不可以用還原論的方法，用實證加推理的方法進行研究的。那麼複雜事物應該如何研究呢？現在人們對于複雜事物研究方法已經總結出了幾個要點：一是着重研究系統內建的方法對整體性質的影響。一個複雜事物，其中的基本單元對整體是起作用的，是以對于整體來說由什麼基本單元組成很重要，但是更重要的是這些單元是如何內建、如何組裝起來的。過去人們認為法國的軍隊是世界上最會享受、最不會打仗的軍隊，但拿破侖通過科學的部署将法國的軍隊變成了一支世界上最強大的軍隊。這并不是法國人的素質提高了，而是“組裝”得好，紀律嚴明。
是以對于一個複雜事物如何組裝比基本單元本身更重要。二是着重研究各個部分之間的關系對整體性質的影響。中國古代諸葛亮的“八陣圖”很好地說明了這一點。其實質就是将士兵按照不同的順序排列起來。排列的順序不同，戰鬥力就會不同。是以，在部分對整體的影響中，部分之間的關系很重要。第三是尋找複雜系的“鞍點”或“敏感點”，以便用“四兩撥千金”的方式改變體系的狀态。就是說在複雜事物中并不是所有的位置都一樣的重要，總會有一些鞍點，這些鞍點在事物發展的過程中起着重要的作用。比如一塊石頭，放在平地上它的作用并不大，但是如果放在山頂上，那個山頂就可以看成是一個鞍點，隻要輕輕一動，就會牽一發而動全身。戰争中要占領制高點和前文中提到的馬蹄鐵都是這個意思。是以對複雜性科學來講，着重研究的不僅是基本概念的性質，還有如何組裝，如何排列，基本單元之間的關系怎麼樣等。要明确哪些地方是系統的敏感點。
中醫、藏傳佛教、道家的任、督二脈很相似，這說明幾千年來人類文化從不同的方向去研究所學生命現象，研究的方法都不是還原論方法，而是實踐、總結概念，升華為原理，再運用到實踐中去進行證明。這種方法适宜研究複雜事物。現在我們以複雜性科學的觀點來看中醫的經絡和氣。經絡和氣的問題在上個世紀已經開始研究了，但是由于科學的局限性，複雜性科學發展也沒有認識到上述的幾個要點，是以大家都在努力找經絡在什麼位置，經絡的實體是什麼，氣的實體是什麼。實際上這個方向是錯誤的，大量的實踐證明是不成功的，是以很可能并沒有直接對應于經絡和氣的物質。西方解剖學與中醫最大的差别就在于此，解剖學發現不了經絡和氣，氣實際上是大量細胞和器官互相配合和集體組裝形成的一種态勢。這種态勢正如戰争中兵家的部署，士兵組織好了，戰鬥力就會大增，這種增量就是氣。是以是一個複雜系統各個部分之間的關系、組裝方式決定了它能産生巨大的作用。經絡與穴位應該從人體這一複雜系統内的鞍點或敏感點上來研究。我說的這些都是假設。下面需要用實驗的方式進一步研究。人體組裝起來是很複雜的，其中某些地方就是鞍點和敏感點，隻要輕輕一動，就能夠調節全身。
另外一個方面就是中草藥的科學性在哪裡？過去有一段時間進行的中醫藥現代化就是把中草藥的有效成分提煉出來，我認為這個方向是有問題的，值得探讨。因為中藥的有效并不在于幾個基本單元，而在于它們之間組裝形成的整體。對于牙痛，西醫認為是細菌感染，在實驗室診斷中确實可以見到病原微生物，用消炎藥治療可以治好。中醫講就是“上火”，用對證的中草藥來治也能治好。因為通過檢查手段很容易看到病原體，是以西醫的“科學性”很容易得到人們的認識。但是卻沒有一種檢測手段可以證明牙痛是上火，是以中醫的“科學性”就容易被懷疑。實際上中醫的科學性是複雜體系的範疇，不能用簡單的西醫的方法去界定，條件還不夠成熟，無法了解。