西医研究人体是用还原论的方法。16世纪意大利开始出现解剖学，解剖学的结果就是把人体还原为各个器官，现在又把器官还原为很多细胞组成的集合，比如把小肠分为肠壁、肠腔……又将细胞分为细胞壁、细胞质……西医就是将人体器官还原成最基本的构成单元，研究它们的性质，最后综合成人体的性质。再进一步就是把细胞还原成为DNA的双螺旋结构。现在西方的研究都认为DNA双螺旋结构是储存信息的，但是这类的双螺旋结构太多了。2000年4月国际上的基因数据库DNA碱基对数目已经达到60亿个，现在这个数字已经达到140亿了，基本上每过一年就要翻一翻，要研究清楚这些碱基对工程十分浩大。所以还原论的方法遇到基因、碱基对就无法做了，当然不是不能做，是太复杂了。
而且还有一个更致命的问题，就是还原论方法不适合复杂事物的研究。还原论认为如果我们把自然界中各种事物的基本规律搞清楚，就可以以之来推出复杂体系的性质。比如还原论认为空气是由许多不规则运动的气体分子所组成的，如氧气、氮气、灰尘以及各种各样的稀有气体分子，我们准确地知道这些气体分子的运动规律，就可以得出任意时刻这些气体分子的位置、动量，这就是天气预报。天气预报就是给出某一时刻大气的初始条件，即某一时刻各种气体分子的动量、位置，根据其运动规律进行求解。但是事实上这种测定是不可能的。尽管原则上每一个空气气体分子的状态是确定的，但是要测量确实很困难。于是相关人员就假设每英尺有一个探测量，可以测定某一时刻气体的压力、压强以及空气分子的动能、位置测准，输入电脑进行测算。
但这样也不行，因为安置探测器的位置上气体分子的状态可以测定，但这两个探测器之间分子的状态是确定的。同时地球上有一些地方是无法安装探测器的，比如喜玛拉雅山的山顶或一些山谷，就只能估计。另外空气从底端到顶层有不同的层次，要安装许多探测器，实际上我们根本不可能装那么多。估计的事情会产生误差，这些误差尽管很小，但是经过微分方程解了多次之后就会呈现出非线性的放大。由于这种误差是偶然的，所以这种放大也是偶然的。这种偶然的结果使得事件变得完全不可预测。所以还原论的方法用来研究天气不可能，用来研究人体也不可能。因为数据太多了，要用细胞的状态去研究整个人体，误差太大了。
西方有一个民谣，是讲述人类生活中经常会遇到很细小的事情，但是最终产生了非常重大的后果。“少了一颗钉子，丢了一匹战马；少了一匹战马，丢了一个骑手；少了一个骑手，丢了一场战争；少了一场战争，丢了一个国家。”其实质就是说复杂的事物是不可以用还原论的方法，用实证加推理的方法进行研究的。那么复杂事物应该如何研究呢？现在人们对于复杂事物研究方法已经总结出了几个要点：一是着重研究系统集成的方法对整体性质的影响。一个复杂事物，其中的基本单元对整体是起作用的，因此对于整体来说由什么基本单元组成很重要，但是更重要的是这些单元是如何集成、如何组装起来的。过去人们认为法国的军队是世界上最会享受、最不会打仗的军队，但拿破仑通过科学的部署将法国的军队变成了一支世界上最强大的军队。这并不是法国人的素质提高了，而是“组装”得好，纪律严明。
所以对于一个复杂事物如何组装比基本单元本身更重要。二是着重研究各个部分之间的关系对整体性质的影响。中国古代诸葛亮的“八阵图”很好地说明了这一点。其实质就是将士兵按照不同的顺序排列起来。排列的顺序不同，战斗力就会不同。因此，在部分对整体的影响中，部分之间的关系很重要。第三是寻找复杂系的“鞍点”或“敏感点”，以便用“四两拨千金”的方式改变体系的状态。就是说在复杂事物中并不是所有的位置都一样的重要，总会有一些鞍点，这些鞍点在事物发展的过程中起着重要的作用。比如一块石头，放在平地上它的作用并不大，但是如果放在山顶上，那个山顶就可以看成是一个鞍点，只要轻轻一动，就会牵一发而动全身。战争中要占领制高点和前文中提到的马蹄铁都是这个意思。所以对复杂性科学来讲，着重研究的不仅是基本概念的性质，还有如何组装，如何排列，基本单元之间的关系怎么样等。要明确哪些地方是系统的敏感点。
中医、藏传佛教、道家的任、督二脉很相似，这说明几千年来人类文化从不同的方向去研究生命现象，研究的方法都不是还原论方法，而是实践、总结概念，升华为原理，再运用到实践中去进行证明。这种方法适宜研究复杂事物。现在我们以复杂性科学的观点来看中医的经络和气。经络和气的问题在上个世纪已经开始研究了，但是由于科学的局限性，复杂性科学发展也没有认识到上述的几个要点，所以大家都在努力找经络在什么位置，经络的实体是什么，气的实体是什么。实际上这个方向是错误的，大量的实践证明是不成功的，所以很可能并没有直接对应于经络和气的物质。西方解剖学与中医最大的差别就在于此，解剖学发现不了经络和气，气实际上是大量细胞和器官相互配合和集体组装形成的一种态势。这种态势正如战争中兵家的部署，士兵组织好了，战斗力就会大增，这种增量就是气。所以是一个复杂系统各个部分之间的关系、组装方式决定了它能产生巨大的作用。经络与穴位应该从人体这一复杂系统内的鞍点或敏感点上来研究。我说的这些都是假设。下面需要用实验的方式进一步研究。人体组装起来是很复杂的，其中某些地方就是鞍点和敏感点，只要轻轻一动，就能够调节全身。
另外一个方面就是中草药的科学性在哪里？过去有一段时间进行的中医药现代化就是把中草药的有效成分提炼出来，我认为这个方向是有问题的，值得探讨。因为中药的有效并不在于几个基本单元，而在于它们之间组装形成的整体。对于牙痛，西医认为是细菌感染，在实验室诊断中确实可以见到病原微生物，用消炎药治疗可以治好。中医讲就是“上火”，用对证的中草药来治也能治好。因为通过检查手段很容易看到病原体，所以西医的“科学性”很容易得到人们的认识。但是却没有一种检测手段可以证明牙痛是上火，所以中医的“科学性”就容易被怀疑。实际上中医的科学性是复杂体系的范畴，不能用简单的西医的方法去界定，条件还不够成熟，无法理解。