良渚古城發現之後，因為它規模超出很多人的想象，那麼任何一個新的科學認知或者新的事物出現都會有引起很多不同的聲音，這個也是可以了解的。提出質疑的主要是浙江省社會科學院曆史研究是以及浙江大學的學者，其中不乏德高望重的前輩。
2008 年 1 月初，也就是古城發現新聞釋出會一個月後，浙江省社會科學院曆史研究所所長林華東在浙江電視台《新聞超市》欄目中對良渚古城提出了質疑。2008 年 1 月底，林華東又以《良渚發現的并非古城》為題，在《觀察與思考》上發文，指出對于良渚古城的八大疑點， 如判斷城牆年代的證據并不充分，城牆為何如此寬大，為何沒有發現城門等。
和林華東同在一個辦公室的曆史研究所研究員羅以民，又在下一期的《觀察與思考》雜志上發表了長達 1.5 萬字的《證僞“良渚古城”》一文，直接否定了良渚古城的存在。當時，正值陝西“周老虎”事件發生不久，他認為良渚古城是個“周老虎”，提出了“城牆隻是宋代以後的水壩”的論斷。
羅以民沒有考古學背景，他文中很多關于地層學、年代學的觀點都是錯的。他質疑的發端是對城牆墊石開采方式的疑問。他判定城牆墊石都是有棱角的人工開采的石頭，而良渚時代沒有金屬工具開鑿，也沒有發現火燒水激法破石的痕迹，是以不可能是良渚時代的工程。他文章發表後的第三天，對于羅以民認為的“石器時代根本無法大量開采出如此堅硬的石頭”的論斷，北京大學嚴文明先生稱“作者太缺乏常識了”，“新石器時代開采石頭的事例很多，作者會有這種想法，隻能證明他的考古知識很欠缺”。
關于墊石開采方式這點，我們後來做過一個墊石來源的專項課題， 雖然研究的動機是開展資源和工程研究，并非為了回答這一質疑，但其結論還是可以很好地回答這個問題。因為最關鍵的是，這些石頭絕大部分都是撿拾的散石，而不是人工開采的。然後還有浙江大學搞沉積學的一些學者，說是一看那個土就是Q3、Q4 的，然後是幾萬年的，這不可能是 5000 年。他們不知道這實際是人工搬過來堆築的土，土自然形成的年代和用土築牆的年代，是兩個概念。這些人說了之後，我們也沒有去過多理會，也就是這樣。
後來 2008 年三四月，有報社記者為此去采訪浙江大學著名的教授陳橋驿先生，陳橋驿先生說 ：去年 11 月底，“良渚古城”剛被報道的時候，就有人請我去看，但我沒去。不是沒空去看，而是我根本不想去。幾個月過去了，我還是很生氣，怎麼可以在這樣重大的課題上做出如此輕率的結論。不用看城牆造的如何，僅憑我的常識判斷，這個“良渚古城”就不能成立。它是個“僞城”。……洪水和鹹潮在（良渚）初期仍是嚴重的威脅，是以，在飲水的來源、薪炭的取得、冬季避風禦寒以及制敵自衛等方面，孤丘都發揮着重要作用。是以，重大的良渚考古發現都是在小山丘上，比如反山遺址、瑤山遺址、莫角山遺址，等等。但是今天這個“良渚古城”就值得懷疑了。越族先民的确會将一些小的田地圍築起來，但那都是小群體的行為，主要目的是保養淡水、防止土地鹽堿化。
當時不可能存在以防洪、軍事為目的的大型城牆。因為陳橋驿先生是著名的曆史地理學家，是以他說的話上司就比較在意。那麼報道省裡邊看到了，省政府就要求文物局做出回答，并給省政府寫報告。那天鮑賢倫局長把劉斌叫到省文物局辦公室，結果發現浙江衛視的從業人員也在那等着，問說有這麼多質疑，包括陳橋驿先生也質疑，你們為什麼不正面出來回答。
劉斌說 ：“考古是一個可驗證的東西，我們做過那麼多的解剖，已經挖了兩年，是最終有 100% 的把握才公布的。我們開了全國的論證會。但電視台卻想要我們來打擂台，目的是看熱鬧博眼球。‘華南虎事件’ 最終是有人承擔責任的，那麼如果林華東也罷，陳橋驿也罷，他們一定要說是假的，你電視台讓我們這樣來接受采訪，我不接受！如果要我們接受采訪，需要你找來公證處，設一個公正的平台，我們可以開任何形式的論證會，如果最後證明他們是故意造謠，那麼是他的學術道德問題，就要追究責任。你要肯搭這個平台，我就接受你的采訪 ；你不搭這個平台，我就不接受你的采訪。”後來電視台不敢弄。
劉斌跟省文物局解釋說 ：“我們開過論證會，考古也不能兒戲的，是吧？四面城牆都做過解剖，整個地鑽探過，是 100%，對吧？那麼像陳橋驿先生這樣沒有來過就下結論，首先我覺得這是一個科學态度問題， 對不對？你說這個平原地勢低，要受鹹潮影響，但是良渚平原地區遺址現在發現都有 200 多處，這些居址墓地它不能在海裡面的，是吧？對于自己的學術太自信，沒有來過就下結論，這種态度科學嗎？而另外一些人，我覺得是故意蹭熱點找茬的，這種人是有學術道德問題。”
是以這個事情最後省文物局給省政府也做了彙報，良渚管委會出面在媒體上做了一個正面的回答。一是強調年代可信 ：在城牆四邊共六個地點，經過發掘，無一例外，都發現了疊壓城牆的傾斜狀良渚晚期地層堆積，證明城牆堆築的年代早于良渚晚期。二是針對林華東、羅以民兩位學者提出古城牆上的泥土很可能是明朝時期後人“挖土來堆”或“洪水沖積”所形成的“次生堆積”，指明地層分布的廣泛性及其堆積相，充分表明了其“原生性”。與政府部門相比，考古所的發掘者顯然比較淡定。以機關的名義在媒體上做了個簡單的聲明後，便不再理會，而是一頭鑽進庫房進行遺物整理，并以最快速度編寫了考古簡報，以《杭州餘杭區良渚古城遺址2006—2007 年的發掘》為題，刊登在 2008 年第7期的《考古》雜志上。
簡報詳細介紹了各解剖點的地層關系和典型出土物。從我們的角度，這個簡報足以回答之前社會上對古城的各種質疑了。報告發表後不久，遺址幾個地點的碳 14 測年資料也出來了。毫無意外，都落在良渚文化晚期階段，印證了我們此前的判斷。意外的是，在報告發表後，質疑的聲音依然不減。浙江省社會科學院曆史研究所還在 2008 年 12 月以國際良渚研究中心的名義開了一個會， 組織了好多人寫批判文章。會後内部材料印了一大學，劉斌還看到過。
林華東又撰文質疑疊壓在坡腳的地層是二次堆積。所謂的二次堆積，就是早期的遺址堆積在晚期因自然沖刷或人為搬運等原因而形成新的堆積，裡邊包含早期的陶片等遺物，本質上卻是晚期的堆積。實際上，二次堆積必然出現早晚期遺物疊壓關系的颠倒、混亂。解決這個疑問的最簡單的辦法，就是走出書齋，來良渚管理所的庫房看一眼攤在地上整理的各解剖點的幾萬塊陶片，看看它們中有無夾雜任何晚期的遺物，看看其從早到晚的各層陶片的年代順序有無颠倒。我們相信，隻要具備考古的基本知識，來現場看過，自然可以得出結論。
林華東先生畢業于廈門大學考古專業，原來在我們考古所工作過多年，是我們的前輩，顯然是具備豐富的田野考古理論和實踐經驗的專業人士。據他文中自述，他曾三次去過古城發掘現場，但是從沒聯系我們，這是讓我們疑惑的事情。後來了解到，他是找了良渚管理所的費國平所長開車帶他去工地的。一般我們參觀考古工地，總要和發掘領隊聯系一下，看看發掘陶片，聽發掘人講講地層吧，林華東先生和劉斌是很熟悉的。聽說他來過幾次工地都沒有找劉斌聯系。真是令人疑惑。是以他的結論和推斷肯定帶有很多個人的先入為主的偏見。
來源：《我們這樣發現良渚：良渚考古口述史》，主編王甯遠，浙江大學出版社