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1977年，黨中央上司找到張愛萍将軍，希望他出任軍委秘書長，負責主持軍委的日常工作。
張愛萍将軍聽後想了想，還是拒絕了，并推薦這個職務由羅瑞卿将軍擔任比較合适。至于他自己，則更喜歡在國防科研領域工作！
黨中央上司聽到張愛萍将軍的這番話後，也是非常認可，就這樣張愛萍重新回到國防科研領域工作。
9月18，張愛萍将軍提出了在兩彈一星事業上的三項标志性突破：
第一，1980年實作洲際飛彈全程飛行，具備覆寫全球的核反擊能力；第二，1982年實作潛地飛彈的核潛艇水下發射；第三，1984年，發射地球同步軌道的通信衛星，成為征服太空的成員國。
不過張愛萍将軍在考慮到自己的身體情況後，便決定将第一個目标實作，剩下的由後來的同志去完成。
從1977年開始到1980年這三年期間，張愛萍将軍始終堅持在工作的第一線，可謂是付出了極大的精力。不過張愛萍将軍的這種付出，并沒有白費，在衆多科學家的通力合作下，洲際飛彈也是被順利研發出來。
1980年5月18日上午10時，我方所研發的洲際飛彈進行了實驗，實驗結果無疑是成功的。當張愛萍将軍在聽到這個消息後，他的内心是非常激動的，一方面是他和廣大科學人員以及一線工作者的努力沒有白費，另一方面則是，國防實力的增強！
1980年這一年，張愛萍将軍已經70歲了，他也在工作中感覺到自己的精力不夠用了，該退下來了。為此，張愛萍将軍在洲際飛彈成功發射後，他向黨中央上司和中央軍委送出了退休報告。
當時黨中央上司在收到張愛萍将軍的這份報告後，也是找他談話：“你這段時間太累了，去國外轉轉，休息一段時間吧。”
張愛萍将軍點頭答了下來，便跟随代表團來到了羅馬尼亞。這個東歐古國确實是個好療養的地方，當張愛萍将軍一行人抵達時，大使館的同志告訴道：“這次羅方是按照黨和國家上司人的規格來接待的！”
張愛萍詢問：“這是怎麼一回事？”
大使館人員解釋道：“國内打來電話，說您将出任國務院副總理！”
張愛萍聽到這個消息後，點了點頭，表示知道了。其實，他自己内心也是有點不解，自己不是已經送出了退休報告了嗎？
後來，張愛萍将軍才了解到，是王震将軍推薦他的。王震将軍年齡大張愛萍将軍兩歲，當他在得知張愛萍将軍要退休的消息，便主動退位讓賢，向黨中央建議由張愛萍同志來接替自己的職務。
因為張愛萍将軍在新中國成立後主要在國防領域工作，而王震将軍所擔任的副總理剛好是分管國防工業的，可謂是專業對口！
等到張愛萍将軍回國後，組織上也将這則消息通知了他。面對組織對自己的信任，張愛萍将軍也沒有推辭，開始擔任國務院副總理，主管國防科技和國防工業。
在張愛萍将軍擔任副總理期間，有一件事情則令人記憶深刻，那就是關于中國核電發展的問題。
1981年10月中南海，國務院常務會議，在這次會議上主要探讨大亞灣核電站的問題，大亞灣核電站主要是跟法國進行合作。
不過在會議開始後，張愛萍将軍直接說道：“我認為秦山核電站需要盡快上馬。”
主持會議的同志則言：“關于秦山核電站的問題，各部門的意見不是沒有統一嗎？”
張愛萍将軍之是以在這次會議上談到秦山核電站，因為這涉及到中國核電的發展方向：是依靠自己、立足國内還是引進技術、合作生産或成套進口。
秦山核電站屬于自己幹，大亞灣核電站屬于引進！
關于這個問題，可以說是讨論了很多次，但大家雙方的意見始終無法達成統一。
張愛萍将軍則認為：
大陸不能說是個産油大國，煤炭有過剩，隻是暫時的，核電是支力量，尤其在南方。但核電發展走什麼路子？還是老經驗，自力更生，将鼻子栓在外國人身上，肯定是不行的……秦山雖小，但從大陸國情來看，用得多的還是30萬~40萬千瓦小型的。大型領域我們搞不過别人，但在中小型上突破，占據一席之地，是有可能的……
有的同志則反駁道：
30萬千瓦太小，技術落後，國外早已淘汰，沒有價值。既然決定引進90萬千瓦系列的，在搞一個技術上把握不大，又沒有發展前途的大項目是不合理的。
為此在這次會議上，這個問題再次被談論起，大家争吵的不可開交，依舊是誰也說服不了誰。這就到導緻這場會議無法繼續開下去，隻好中斷！
不過這件事情也引起了更多的黨内高層人物的關注與表态。
當時陳雲在得知這件事後，态度非常鮮明，他是支援張愛萍将軍的，并批示道：“我們必須搞自己的核電站。”
最終秦山核電站順利動工了，并于1991年并網發電，1994年投入商業運作，這也使得中國成為世界上第七個有能力設計建造核電站的國家。
張愛萍将軍在退居二線之後，他退得很是徹底，基本上不參加任何政治性活動，在面對别人的邀請時，他總是一句話回答：“我已經退下來了，就是個普通老百姓，這些活動我就不去了！”
另外，張愛萍将軍在黨的十三大上被選為中央顧問委員會常委，但是他也不會參加，隻要有會議他就請假。當然一些關于紀念革命英烈的活動，張愛萍将軍還是願意去參加的。
2003年7月5日，張愛萍将軍因病在北京逝世，享年93歲。
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