朱翊鈞執政的頭十多年，因其幼小，其母李太為聽政者。太後将所有的軍事和政治事務都交托給張居正，并通過一系列的變法，如制定鞭策法令，促進了社會經濟的繁榮，史稱“萬曆中興”。
但張居正死後，從萬曆十四年（一五八六年）的11月起，朱翊鈞就開始酗酒、酗酒，甚至有傳言說他染上了鴉片煙。
因為皇位之争，他和内閣吵了十多年，到了後來，他幹脆三十年不出宮，不過問國事，不參加祭祀，不參加朝會，不會見大臣，不批閱公文，不聽講學。至1589年，朱翊鈞不再露面，而“人滞于官”和“曹署多空”則成為内閣政治中的一個重要問題。萬曆廿五年，右侍中使謝傑痛斥神宗怠政，即位後，政事不如以前，說：“皇帝孝親，尊祖，好學，勤政，敬天，愛民，節用，聽言，親賢，親忠，無一不比以前。
結果，到了朱翊鈞晚年，那些入朝為官的高官，連皇上的容貌都沒見過。臨江縣令錢若赓，被朱翊鈞打入诏獄三十七年，始終不得出獄，其子錢敬忠上書道：“其父于三十七年内，身子虛弱，全身潰爛，手腳浮腫，遍體鱗傷，更有足部腫塊，不能走路。雙耳失聰，雙目失明，手腳不能動，雙腿不能走路，呼吸也很困難，算是半個死人了。”
首輔李廷機也曾生病，連續上了一百二十次請辭，卻沒有得到任何回應，最後他辭職離開了。萬曆四十年，吏部尚書孫丕揚“
朱翊鈞在位後期，由于他不理朝政、沉迷于私欲，導緻政府的行政機構陷入混亂和無效率的狀态。官員們紛紛利用這個機會謀取私利，腐敗問題嚴重。朝廷的決策失去了及時性和科學性，國家的治理陷入停滞。
此外，朱翊鈞的荒廢政務也使得對外事務處理不當。對于來自外國的使臣，朱翊鈞缺乏重視和應對，導緻了與外國的交流受阻。此時西班牙、日本等國家的侵略行為逐漸增多，而明朝的抵禦能力卻大幅下降，給國家的安全帶來了極大的威脅。
總體來說，朱翊鈞在位後期的政治荒廢，造成了明朝政府的混亂、腐敗加劇以及對外事務的處理不善，給國家帶來了嚴重的負面影響。這也是明朝晚期衰退的一個重要原因之一。
朱翊鈞在位後期的政治荒廢還導緻了國家财政困難的加劇。由于他不理會朝政，對國家财政的管理和調控也被忽視。各級官員用盡各種手段斂财，A錢腐敗愈演愈烈，導緻國庫枯竭，财政赤字嚴重，甚至出現了無法支付軍隊工資的情況。
為了解決财政困難，朱翊鈞頻繁征收稅款和增加賦役，使百姓負擔沉重。然而，這種做法隻是治标不治本，反而進一步加劇了社會的動蕩和民怨。人民的生活水準下降，社會的不滿情緒上升，造成了社會秩序的破壞和群眾的不滿足情緒的積累。
此外，由于朱翊鈞長期不參與朝政，對國家内外形勢的判斷和應對能力也大幅降低。明朝面臨的外患和内憂得不到及時有效的應對，導緻了政權的逐漸衰落和國家的日益衰弱。
總的來說，朱翊鈞在位後期的政治荒廢導緻了明朝政府的财政困難加劇、社會秩序失衡以及對國内外形勢應對能力的喪失。這些問題的積累最終也是導緻明朝走向衰亡的重要因素之一。