朱翊钧执政的头十多年，因其幼小，其母李太为听政者。太后将所有的军事和政治事务都交托给张居正，并通过一系列的变法，如制定鞭策法令，促进了社会经济的繁荣，史称“万历中兴”。
但张居正死后，从万历十四年（一五八六年）的11月起，朱翊钧就开始酗酒、酗酒，甚至有传言说他染上了鸦片烟。
因为皇位之争，他和内阁吵了十多年，到了后来，他干脆三十年不出宫，不过问国事，不参加祭祀，不参加朝会，不会见大臣，不批阅公文，不听讲学。至1589年，朱翊钧不再露面，而“人滞于官”和“曹署多空”则成为内阁政治中的一个重要问题。万历廿五年，右侍中使谢杰痛斥神宗怠政，即位后，政事不如以前，说：“皇帝孝亲，尊祖，好学，勤政，敬天，爱民，节用，听言，亲贤，亲忠，无一不比以前。
结果，到了朱翊钧晚年，那些入朝为官的高官，连皇上的容貌都没见过。临江县令钱若赓，被朱翊钧打入诏狱三十七年，始终不得出狱，其子钱敬忠上书道：“其父于三十七年内，身子虚弱，全身溃烂，手脚浮肿，遍体鳞伤，更有足部肿块，不能走路。双耳失聪，双目失明，手脚不能动，双腿不能走路，呼吸也很困难，算是半个死人了。”
首辅李廷机也曾生病，连续上了一百二十次请辞，却没有得到任何回应，最后他辞职离开了。万历四十年，吏部尚书孙丕扬“
朱翊钧在位后期，由于他不理朝政、沉迷于私欲，导致政府的行政机构陷入混乱和无效率的状态。官员们纷纷利用这个机会谋取私利，腐败问题严重。朝廷的决策失去了及时性和科学性，国家的治理陷入停滞。
此外，朱翊钧的荒废政务也使得对外事务处理不当。对于来自外国的使臣，朱翊钧缺乏重视和应对，导致了与外国的交流受阻。此时西班牙、日本等国家的侵略行为逐渐增多，而明朝的抵御能力却大幅下降，给国家的安全带来了极大的威胁。
总体来说，朱翊钧在位后期的政治荒废，造成了明朝政府的混乱、腐败加剧以及对外事务的处理不善，给国家带来了严重的负面影响。这也是明朝晚期衰退的一个重要原因之一。
朱翊钧在位后期的政治荒废还导致了国家财政困难的加剧。由于他不理会朝政，对国家财政的管理和调控也被忽视。各级官员用尽各种手段敛财，贪污腐败愈演愈烈，导致国库枯竭，财政赤字严重，甚至出现了无法支付军队工资的情况。
为了解决财政困难，朱翊钧频繁征收税款和增加赋役，使百姓负担沉重。然而，这种做法只是治标不治本，反而进一步加剧了社会的动荡和民怨。人民的生活水平下降，社会的不满情绪上升，造成了社会秩序的破坏和民众的不满足情绪的积累。
此外，由于朱翊钧长期不参与朝政，对国家内外形势的判断和应对能力也大幅降低。明朝面临的外患和内忧得不到及时有效的应对，导致了政权的逐渐衰落和国家的日益衰弱。
总的来说，朱翊钧在位后期的政治荒废导致了明朝政府的财政困难加剧、社会秩序失衡以及对国内外形势应对能力的丧失。这些问题的积累最终也是导致明朝走向衰亡的重要因素之一。