LAMMPS安裝

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• 更新
• 基本需求
• 安裝編譯環境
• 安裝fftw
• • 準備
  • 配置安裝位置及安裝
  • 配置路徑
• 安裝mpich
• • 準備
  • 配置安裝位置及安裝
  • 配置路徑
• 安裝lammps
• • 準備
  • 安裝配置
  • 切換使用者
  • 編譯
  • 版本管理
  • 可能出現的問題及解決
  • • `mpicxx:cammond not found`

記錄LAMMPS的編譯過程，友善自己使用。

歡迎大家通路我的個人網站www.joezhouman.com檢視原文

更新

• 2021年10月1日10:50:22更新

  mpicxx:cammond not found

  錯誤的解決方案。

基本需求

• gcc, g++, gfortran, make
• fftw
• mpich
• lammps

建議使用最新版本，新版本會修複很多bug，沒有什麼某個特定版本最好用一說。

安裝編譯環境

我一般用的Ubuntu，是以直接

安裝fftw

準備

下載下傳

*.tar.gz

檔案至伺服器上，解壓并進入解壓後的檔案夾

tar -zvxf fftw*.tar.gz
cd fftw*
           

配置安裝位置及安裝

一般使用者的庫最好放在

/usr/local

目錄裡，我喜歡按庫名及版本号分别命名下級檔案夾，友善版本管理，即放在

/usr/local/庫名/版本号

下，

比如這次放在

/usr/local/fftw/3.3.8

sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw/3.3.8 --enable-shared=yes
sudo make -j4 #(這是并行編譯，4為編譯的線程數，可以加快編譯速度)
sudo make install
           

等待安裝完成。

配置路徑

修改

~/.bashrc

檔案，将類庫安裝檔案夾下的

bin

和

lib

檔案夾加入路徑中。

#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib
           

在

PATH

和

LD_LIBRARY_PATH

添加相應路徑，如果沒有，則把以上内容都加上去。

修改完後，使用

source ~/.bashrc
           

使路徑生效

安裝mpich

準備

下載下傳

*.tar.gz

檔案至伺服器上，解壓并進入解壓後的檔案夾

tar -zvxf mpich*.tar.gz
cd mpich*
           

配置安裝位置及安裝

基本思想與上面一樣，這裡隻列出指令

sudo ./configure --prefix=/usr/local/mpich/3.3.2 --enable-shared=yes
sudo make -j4 #(這是并行編譯，4為編譯的線程數，可以加快編譯速度)
sudo make install
           

配置路徑

#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib:/usr/local/mpich/3.3.2/lib
           

修改完後，使用

source ~/.bashrc
           

使路徑生效

用

which mpirun
           

檢查一下，如果給出的是剛才路徑下的

bin

檔案夾，則修改成功。

安裝lammps

準備

下載下傳

*.tar.gz

檔案至伺服器上，解壓并進入解壓後的檔案夾

tar -zvxf lammps*.tar.gz
cd lammps/src/MAKE*
           

安裝配置

在上面進入的路徑下尋找

Makefile.mpi

檔案，對其進行修改。如果該路徑下沒有這一檔案，就去下一級的

MACHIES

裡複制一個過來。

在對于位置填上

fftw

和

mpich

的相關路徑，最終效果如下

# MPICH
MPI_INC =   -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/mpich/3.3.2/include
MPI_PATH = -L/usr/local/mpich/3.3.2/lib
MPI_LIB =	-lmpi -lmpl -lpthread

# FFTW
FFT_INC =    -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/fftw/3.3.8/include
FFT_PATH =  -L/usr/local/fftw/3.3.8/lib
FFT_LIB =	-lfftw3

# JPEG一般用不到，直接注釋掉
#JPG_INC =       
#JPG_PATH = 	
#JPG_LIB =
           

切換使用者

lammps 需要使用root使用者進行安裝

切換至root使用者。

将上面的

fftw

及·

mpich

的路徑同樣添加在

/root/.bashrc

中，方法同上。

安裝時出現

mpicxx:cammond not found

錯誤的可能是沒做這一步。

編譯

修改完後，傳回

src

檔案夾，進行編譯

cd ..
make yes-all #安裝所有包
make no-lib #取消安裝需要外鍊的包
sudo make mpi -j40
           

成功的話

src

路徑下會有一個

lmp_mpi

可執行檔案

版本管理

執行到上一步其實

lammps

已經可以用了，但為了我們使用的友善，有時需要多個編譯版本同時存在，這就需要我們對可執行檔案進行版本管理。

我的方法是将

lammps

可執行檔案放到同一個檔案夾下，我習慣放在

/opt/lammps

裡。

然後按

lmp_LAMMPS版本号_編譯版本說明

重命名

如此次

然後把對應的路徑加入環境變量中

export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin:/opt/lammps
           

大功告成

可能出現的問題及解決

mpicxx:cammond not found

1. 見上方

   切換使用者

   部分
2. 在安裝

   fftw

   及

   mpich

   時加上配置

   --enable-shared=yes

   （見相應部分）
3. 将

   fftw

   及

   mpich

   安裝至

   lammps

   的預設目錄，即

   /usr/local/