大家好，我是小馬老師。
本文分享一個比較有意思的lammps案例：分子的自由落體運動。
lammps提供了fix gravity指令可設定分子或者原子的加速度。
文法規則為：
fix ID group gravity magnitude style args
如設定x方向的加速度為100（機關為Force/mass，與units有關），可寫為：
本文案例和原子沉積類似，在盒子上方随機産生一定數量的分子，經過自由落體後到達盒子底部。
在盒子底部設定一個“牆”，防止原子跑出盒子外面。
分子采用剛體設定，與底部牆碰撞後停止運動。
模拟效果如下圖所示：
lammps in檔案代碼如下：
#模型基本設定
units si
boundary p p f
newton on
atom_style sphere
atom_modify map array sort 0 0
neighbor 0.42 bin
timestep 0.0001
#建立盒子
region reg block 0 120 0 60 0 85 units box
create_box 1 reg
#設定原子屬性
fix prop all property/atom mol ghost yes
#勢函數設定
pair_style gran/hooke/history 4e5 NULL 1e2 NULL 0.5 0
pair_coeff * *
#分組
group particles type 1
atom_modify first particles
group rigid type 1
neigh_modify every 1 delay 0 check yes exclude molecule/intra all
#熱力學資訊輸出
thermo 1000
thermo_style custom step atoms ke
thermo_modify flush yes lost warn
comm_modify vel yes cutoff 3
#建立分子模型
molecule mymol molecule.data
region pourreg block 5 115 5 55 60 80 side in units box
#設定重力加速度
fix gravfix all gravity 9.8 vector 0 0 -1 disable
#定義分子為剛體
fix rigidfix all rigid/small molecule mol mymol gravity gravfix
#在pourreg區域内随機生成400個分子
fix pourfix all pour 400 0 1234 region pourreg mol mymol rigid rigidfix
#設定底部牆
fix zwall all wall/gran hooke/history 4000.0 NULL 100.0 NULL 0.5 0 zplane 0.1 NULL
#儲存坐标檔案
dump 1 all custom 1000 molecule_pour.xyz id type mass radius x y z fx fy fz
#啟動運作
run 50000
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