大家好，我是鄧飛。
在GWAS分析中，我們挖掘到了一些顯著性的位點，如何确定這些位點是不是假陽性呢？我們可以通過LDblock分析并進行可視化進行判斷。
我們知道GWAS分析中是依據SNP與性狀控制的基因存在LD，是以如果位點顯著，則周圍應該有一些位點都顯著，或者說位點所在的區域LD值比較高，能形成Block，才比較靠譜。否則，顯著性為點形單影隻，并且沒有形成Block，極大可能是假陽性！
下面介紹如何通過基因型資料和GWAS分析結果，繪制LDblock。
要實作的下面的圖：
- 最下方的熱圖是兩兩SNP之間的LD值，越高越紅，比較紅的區域構成一個Block（用黑線連起來）
- 如果提供gff檔案，可以顯示基因的上遊、下遊、外顯子、内含子區域
- 上面是位點的曼哈頓圖，是區域性的曼哈頓圖
- 位點之間，也可以根據LD值進行可視化，以最顯著的位點為四方形，其它位點與其LD值的大小呈現不同的顔色
軟體介紹：（這兩款神奇是一人開發，大神呀！）
github連結：https://github.com/BGI-shenzhen/
- A:整體上宏觀上用：PopLDdecay 軟體 ，軟體己經生物資訊Bioinformatics雜志發表online
- B: 從局部上檢視用：LDBlockShow軟體， 軟體已經正式被 briefings in bioinformatics （影響分子8.99）的雜志接收
1. 資料準備
- vcf格式的資料，
InVCF
- plink二進制檔案，
InPlink
- plink文本檔案，
InPlink
2. 軟體安裝
網址：https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow
中文說明書：https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf
安裝代碼：
git clone https://github.com/hewm2008/LDBlockShow.git
cd LDBlockShow ; chmod 755 configure ; ./configure;
make;
mv LDBlockShow bin/; # [rm *.o] 3. 軟體測試
資料：
file.vcf
代碼：
這裡，繪制染色體1，位置區間是：49670000:49780000
LDBlockShow -InVCF file.vcf -OutPut re5 -Region 1:49670000:50680000 -OutPng -SeleVar 1 結果：
4. 進階：Heatmap + block
vcf檔案：Test.vcf.gz
指令：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re1 -Region chr11:24100000:24200000 -OutPng -SeleVar 1 結果檔案：
re1.blocks.gz re1.png re1.site.gz re1.svg re1.TriangleV.gz 5. 進階：Heatmap + block + GWAS
考慮GWAS的結果，加入參數：
-InGWAS gwas.pvalue
vcf檔案：Test.vcf.gz
GWAS結果檔案：三列，Chr, Position, Pvalue，沒有行頭
$ head gwas.pvalue
chr11 24142640 0.00009
chr11 24142660 1.02e-9
chr11 24142669 1e-9
chr11 24142692 0.5
chr11 24142724 0.6
chr11 24142756 0.001
chr11 24142760 0.006 指令：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re2 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 結果：
re2.blocks.gz re2.png re2.site.gz re2.svg re2.TriangleV.gz 結果中包括熱圖，block圖和GWAS圖合并起來了。
上面的圖，可以通過
ShowLDSVG
軟體，進一步優化：
- -Cutline，門檻值定義為7
- -ShowNum，顯示LD值
- -PointSize，顯示點大小
ShowLDSVG -InPreFix re2 -OutPut temp -InGWAS gwas.pvalue -Cutline 7 -ShowNum -PointSize 3 結果：
6. Heatmap + block + GWAS + Annotation
相比較上圖，增加了注釋的資訊。
檔案需要：
- vcf，vcf格式的檔案
- gwas_pvalue，三列的gwas結果（Chr，Position，Pvalue），無行頭
- gff檔案，注釋檔案
$ cat In.gff
chr11 maker mRNA 24142646 24142738 . + . ID=GeneName
chr11 maker five_prime_UTR 24142646 24142652 . - . Parent=GeneName
chr11 maker CDS 24142653 24142673 . + 2 Parent=GeneName
chr11 maker CDS 24142718 24142729 . + 2 Parent=GeneName
chr11 maker five_prime_UTR 24142730 24142738 . + . Parent=GeneName 指令：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re3 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 -InGFF In.gff 也可以增加SNP的名稱：
$ cat Spe.snp
chr11 24142660
chr11 24142669 SpeA
chr11 24142760 SpeB 指令：
LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re3 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 -InGFF In.gff -SpeSNPName Spe.snp 7. 進階：LDblock+GWAS+Annotation+Locuszoom
可以通過
-TopSite
在GWAS圖中顯示最顯著位點與其它位點的LD關系。
LDBlockShow -InVcf Test.vcf.gz -OutPut re4 -InGWAS gwas.pvalue -InGFF In.gff -Region chr11:24100000:24200000 -OutPng -SeleVar 3 -TopSite 下圖中，最顯著的位點為四邊形，其它顔色，紅色表示LD高，其它顔色表示LD低。在上圖的基礎上，增加了最顯著位點與其它位點的LD情況。