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MS軟體子產品翻譯-GULP運作示例

作者:邱新龍分子模拟小破屋

無論是執行單點能量計算、最小化體系還是執行分子動力學模拟,運作遠端GULP作業所執行的步驟序列始終相同。單擊“GULP計算”對話框上的“運作”按鈕時,将執行示例遠端作業運作中描述的步驟,但有以下差異:Materials Studio在從伺服器接收更新資訊時的确切行為取決于正在執行的計算類型。

對于能量計算,如果

l 已選中更新結構:沒有效果,因為沒有任何結構更改與此任務關聯。

l 已檢查更新圖形:沒有效果。

l 選中更新文本結果:Materials Studio下載下傳一個名為Status.txt的文本檔案,其中包含所執行的計算、總能量和總能量收斂的摘要(例如,上一次疊代的更改)。

MS軟體子產品翻譯-GULP運作示例

對于“幾何體優化”計算和“表面計算”,如果選中了

l “更新結構”:Materials Studio将下載下傳結構的快照,并相應地修改原始結構的副本。

l 檢查了更新圖:Materials Studio建立了一個名為[seedname]Energies.xcd的圖表文檔,顯示了總能量與優化步驟的關系,另一個稱為[seedname]Convergence.xcd的圖文檔,以對數尺度顯示了總能源變化和梯度與優化步驟的關系。

l 選中更新文本結果:Materials Studio下載下傳一個名為Status.txt的文本檔案,其中包含所執行的計算、總能量、總能量收斂(例如上一次疊代的變化)和梯度的摘要。

對于動力學計算,如果選中了

l “更新結構”:Materials Studio将下載下傳結構的快照,并相應地修改原始結構的副本。

l 檢查了更新圖:Materials Studio建立了一個名為[seedname]Constant.xcd的圖表文檔,顯示運動常數與模拟時間的關系,一個稱為[seedname]Energy.xcd的圖表文檔顯示勢能和動能與模拟時間之間的關系,另一個名為主[seedname]Temperature.xcd的表格文檔顯示溫度與模拟時間。此外,如果為三維周期性結構運作計算,則會建立圖表文檔[seedname]Pressure.xcd。當GULP完成平衡階段時,圖表将被清除,并僅顯示從那時起的生産階段結果。

l 檢查更新文本結果:Materials Studio下載下傳一個名為Status.txt的文本檔案,其中包含執行的計算摘要、完成的動力學步驟數、溫度以及最後完成的優化步驟的運動常數。它還說明了GULP目前是否處于計算的平衡或生産階段。

作業完成後,Materials Studio将把輸出檔案傳輸回你的電腦,你可以在那裡檢視和編輯它們,分析結果,或使用它們進行進一步的計算。根據你執行的計算類型,可能會生成或修改其他輸出檔案。

l 對于Energy運作,Materials Studio會下載下傳所有GULP輸出檔案。

l 對于幾何體優化運作,Materials Studio下載下傳所有GULP輸出檔案,更新已複制到結果檔案夾中的結構以顯示最終幾何體,并建立軌迹檔案[seedname].xtd,其中包含優化過程的曆史記錄。可以使用“動畫”工具欄上的工具為軌迹檔案設定動畫。

l 對于動力學運作,Materials Studio下載下傳所有GULP輸出檔案,更新已複制到結果檔案夾中的結構,以在動力學運作開始時顯示配置,并建立一個軌迹檔案[seedname].xtd,用于描述分子動力學計算的生産階段。可以使用“動畫”工具欄上的工具為軌迹檔案設定動畫。

2.2.1如果遠端GULP作業失敗

Materials Studio會在啟動前檢查執行GULP作業所需的大部分資料和設定。如果無法啟動作業,則會生成詳細說明原因的錯誤消息。

但是,有時作業可能會因為無法在啟動前檢查的原因而失敗。在這種情況下,有關錯誤的更詳細資訊可能隻能在作業生成的[seedname].gout檔案或位于伺服器端項目目錄[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm檔案中獲得。存儲在伺服器目錄中的其他檔案,例如Gulp.log,也可能包含進一步的線索。要檢視伺服器端檔案,可以使用作業資料總管的“遠端檢視”功能。

以下是GULP作業失敗的最常見原因清單。它可以幫助你識别并解決遠端GULP作業中的任何問題。有關遠端作業失敗的一般原因,請參閱“如果遠端作業失敗”幫助主題。

提示:從菜單欄中選擇“檢視|項目日志”,檢視是否報告了任何錯誤或警告消息。

2.2.2GULP作業無法啟動的常見原因

伺服器端問題GULP輸出包含一條消息“錯誤:記憶體配置設定失敗”。此消息通常意味着運作GULP的計算機上沒有足夠的可用記憶體。例如,當要求具有1000多個原子的大型體系具有振動性質時,這很可能發生。通過從GULP設定對話框的性質頁籤中删除振動性質計算,通常可以成功完成運作。

提示:在采取任何行動之前,确定GULP作業失敗的原因很重要。在大多數情況下,錯誤消息會在GULP報告檔案[seedname].gout或位于伺服器端項目目錄[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm檔案中報告。

2.2.3在獨立模式下運作GULP

運作GULP最友善的方法是通過Materials Studio界面,該界面執行運作GULP作業所需的所有準備任務。然而,在某些情況下,可能需要在獨立模式下運作GULP,并在其他地方準備一組輸入檔案。例如,你可能希望在未配置為網關的伺服器上運作計算,例如不與Materials Studio用戶端通信的計算機(可能是因為防火牆阻止自動檔案傳輸和作業啟動)。