可以用snp晶片資料實作HLA分型,任意的SNP晶片,隻要位點數足夠即可(幾十萬)。
由于本人幾乎沒有前端和背景水準,是以應用相當簡陋,請諒解。請把資料命名為郵箱位址.txt,如[email protected]
請選擇并上傳你的晶片資料檔案(及擴充資料,可選)即可完成HLA分型。使用的建站gcloud進行的,配置隻有單核1.6G,HLA分型器會耗時30min左右,請耐心等待,結束後以結果以郵件形式發送到你的郵箱。
是采用大神開發的snp2hla進行分型的,具體過程可參考我的部落格:https://jiawen.zd200572.com/431.html
snp2hla是大名鼎鼎的Broad研究所開發的,通過snp分型資料來獲得HLA分型資訊的軟體。它的準确度主要依賴于一個盡可能大的,針對特定民族人群的參考資料集。這個網頁采用的是2014年發表的東亞人群的參考資料集,部分準确度約為80%。由于不同晶片的資料中HLA區域位點的數目不同,可能獲得的結果有n多候選,請悉知。
做這個純屬個人愛好,原始資料和結果将在得出結果後删除。也可以按軟體說明自己搞,也挺簡單的。
聯系郵箱
zd200572#163.com(#->@)
閱讀原文即可開始分型。
位址也放在這:https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html