由安吉莉娜·茱莉助推的基因檢測仍在持續火熱，藍海逐漸成為紅海。而早就有人把目光投向了腸道微生物群的檢測，最近一段時間ncs的接力發表足以說明它的火熱，檢測公司國外有ubiome等，國内也有多家公司進行這個檢測。下面，我們來管中窺豹，看看幾個檢測方法的比較，隻說我用搜尋引擎找到的公司，無任何偏好性。
腸道微生物的檢測方法主要有16S擴增子測序、QPCR、晶片、宏基因組和宏轉錄組。
1.QPCR（熒光定量pcr）
QPCR技術自發明以來像一棵常青樹，醫院的核酸診斷産品仍以此為主。當然，也逐漸讓位于新一代測序技術。從張鋒等大牛的文章來看，未來能識别特定序列的基因編輯系統或許可以取代pcr技術，成為新的标準技術。
那麼單看腸道微生物的檢測方面，qpcr主要檢測内容是益生菌或者共生菌的檢測。比如，搜尋到一個公司卡尤迪，有一個産品是采用此技術檢測腸道共生菌（雙歧杆菌、柔嫩梭菌、乳酸杆菌、拟杆菌、瘤胃球菌、大腸杆菌屬和鼠李糖乳杆菌7類常見益生菌）。
qpcr的優勢在于相比16S擴增子測序，可以檢測到種，但是劣勢在于一般隻能檢測目标菌，檢測不全；而且如果不是晶片式的高通量的pcr的話，通量極低；另外，設計和測試引物周期長，耗時耗力。
2.16S擴增子測序
這個技術平衡了成本和檢測的效果，為絕大多數腸道微生物檢測公司采用，16s擴增子測序技術可以檢測到細菌屬的級别，可以評估腸道細菌的多樣性，全面地衡量腸道菌的相對含量，用軟體可以預測基因代謝網絡等，是一個成本效益較高的技術。
這類檢測的報價從幾百到2000多不等，有的是檢測V3和V4區，有的隻檢測V4區。如搜尋到一個谷禾科技的公司，提供￥388元的檢測服務，報告較全面，科研使用者￥150/樣。檢測方法是測16SV4區域，測序深度号稱10萬（應該是測10萬reads的意思），據說采用人工智能技術來預測疾病易感等情況。
3.宏基因組
宏基因組技術可以檢測出所有的微生物，包括細菌、真菌和病毒的基因組，是一個檢測最全面的方法，但是現階段仍然成本較高，是以采用公司較少。
找到一個碳雲智能，号稱可以檢測1850萬個基因，1000+種，騰訊、中源協和以及榮之聯投資，以2000左右的價格進行檢測，還可以提供22種益生菌的套餐，同樣使用人式智能進行預測分析。這個價格對普通消費者也可以接受了。
4.宏轉錄組
在微信搜尋找到一條投資資訊，一個公衆号宣傳一個名為VE的美國公司，采用宏轉錄組技術檢測腸道微生物，有宏基因組技術的優點，而且忽略90%的管家基因，節約測序成本，潛力巨大的感覺。
人體腸道微生物診斷服務（分析腸道微生物數量及功能表達，優化個人飲食結構） 合作概況
5.晶片
Affymetrix有一款Axiom Microbiome array的晶片，可以檢測細菌、真菌和病毒，但是其不能對檢測目标進行任何定量，于是，這個的應用性大打折扣，隻能用于科研的微生物鑒定之類的了。其原理是：
- 晶片探針是基于NCBI序列保守區域和靶标特異性區域設計的。把晶片分成數十萬個方格，将每種探針聚集在一個個小方格中，每個方格包含數百萬個單探針拷貝。幾十種探針（個方格）用來檢測一個物種。
- 總計約12，600種微生物（古細菌、細菌、原生動物、真菌和病毒）。其中包括近1000種引起人類疾病的微生物，還可以鑒定質粒中的毒力基因。我們能用來定性檢測所有的菌（我們現查到的60多種，大部分到屬且要求定量），比較有價值的是緻病細菌（10種感染性的），病毒和益生菌（13種）等。
- 隻能鑒定，不定量，是與16S測序互補的技術。能給出的頻率值是指一個物種在一批樣品集裡出現的頻率，而不是指在物種單個樣品裡的含量。種屬比較單一時還可以确定哪個種或屬在科中為主要貢獻者。
- 可以直接通路NCBI資料庫，擴充查詢已鑒定名額的詳細資訊。
- 檢測前會對樣品所有DNA(包括人的)全基因組等溫擴增，檢測限是1000基因組拷貝（2-7pg細菌DNA+10ng人DNA）。
最後，總結一下：
| 檢測方法 | 成本 | 細菌 | 真菌 | 病毒 | 缺點 |
|---|---|---|---|---|---|
| QPCR | 幾十元 | 一般隻檢測益生菌和共生菌，可以到種 | × | × | 隻能檢測目标菌；設計和測試引物周期長；如果不是Fluidigm或wafergen等晶片式pcr,通量低。 |
| 16S擴增子測序 | 一百到幾百元 | √一般檢測到屬 | √ | √ | 相比宏基因組和轉錄組，資訊不夠全面，隻能預測基因代謝情況 |
| 宏基因組 | 一兩千元 | √到種 | √ | √ | 成本偏高 |
| 宏轉錄組 | 幾百元 | √到種 | √ | √ | 建庫可能較複雜 |
| 晶片 | 一百左右 | √到種 | √ | √ | 不能定量，隻鑒定 |