跟着Nature學作圖：R語言pheatmap包做熱圖

論文是

Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population

資料和代碼的github首頁連結

​​https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP​​

這個也是資料代碼的下載下傳連結，可以看目錄結構

​​https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic​​

今天的推文重複一下論文中的 Extended Data Fig. 10

image.png

論文中做資料計算和做這個圖定義了一個很長很長的函數，這裡隻介紹作圖代碼，資料計算的過程我還看不懂

這裡主要有兩個資料，一個是熱圖顔色的資料，另外一個是加減号的文本資料，部分示例資料集如下

image.png

image.png

讀取資料

dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)

dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
                header=TRUE,
                row.names = 1)      

他這裡還設定了一些額外參數，我儲存到abc.Rdata這個資料集裡了，加載這個資料集

load("abc.Rdata")      

作圖代碼

pheatmap(dat01,
        annotation_row = NULL,
        annotation_names_row = T,
        labels_row = rownames(dat01),
        legend = T,
        show_rownames = T, 
        cluster_rows = clusterFeatures,
        cluster_cols = clusterPhenos,
        angle_col = 90,
        fontsize_number = textSize,
        border_color = "#EEEEEE",
        na_col = "white",
        fontsize = legendTextSize,
        treeheight_row = 0, 
        treeheight_col = 0,
        legend_labels = "sig*log(p-value)",
        color = myColor,
        fontsize_col = colTextSize,
        fontsize_row = rowTextSize,
        display_numbers = dat02,
        breaks = myBreaks,
        cellwidth = cellWidth,
        cellheight = cellHeight,
        filename = NA)      

image.png

這裡參數有點多，就不在推文裡介紹了，争取錄制視訊介紹吧

示例資料和代碼可以在公衆号背景回複 20220531 擷取

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