公元1616年，遼東建州女真部首領愛新覺羅.努爾哈赤經過多年的戰争最終統一了東北的女真各部，建立自己的政權，史稱後金，并以“七大恨”的名義正式反叛大明帝國。彼時的努爾哈赤基本上控制了東北地區，為了提升自己軍隊的戰鬥力，努爾哈赤借鑒曾經金朝的“猛安謀克”制度和元朝的“達魯花赤”制度，創造性的建立了八旗制度。
努爾哈赤将自己的部衆分别改編為正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正藍旗、鑲藍旗、正紅旗、鑲紅旗8旗，是為滿洲八旗，這些人就組成了努爾哈赤征戰天下的主力。當時有句話叫做“女真（八旗）不滿萬，滿萬不可敵”。八旗初創的時候确實是非常彪悍，1619年的薩爾浒之戰中，努爾哈赤更是隻帶着2萬八旗軍就全殲了11萬明軍精銳，一戰奪取了遼東戰場的主動權。
然而，畢竟女真（滿洲）是一個人口稀少的部族，努爾哈赤的滿洲八旗滿打滿算也不超過8萬人，而他的對手則是擁有百萬大軍的大明帝國，雙方的兵力懸殊如天壤之别。努爾哈赤迫切希望擴充自己的兵員基礎，于是他把目光盯上了蒙古各部，1621年，努爾哈赤将後金境内的蒙古部衆仿照滿洲八旗的模式另編為蒙古二旗。之後皇太極即位，皇太極在努爾哈赤的基礎上更加大規模擴充蒙古八旗軍力，至1635皇太極正式設立蒙古八旗，特别是皇太極征服漠南蒙古（察哈爾部）後，收編了大量的蒙古騎兵，皇太極将新歸附的蒙古騎兵全部編入蒙古八旗戰鬥序列，總兵力6萬餘人。
1644年，清軍入關，蒙古八旗也從龍入關，作為遊牧民族出身的蒙八旗戰鬥力非常彪悍，尤其擅長長途奔襲和騎兵作戰，他們在中原與南明、李自成、張獻忠等集團的作戰中，往往充當“突擊隊”的作用。他們從山海關一路打到中緬邊境，為大清帝國立下了赫赫戰功，也是以成為了大清帝國最重要的盟友，其地位僅次于大清帝國的嫡系滿洲八旗，高于漢軍八旗（以後有機會再講）和綠營兵。滿清皇室為了保持蒙古八旗對大清的忠誠，遂采取滿蒙一體的戰略，即雙方大量通婚，也是以終大清一世，蒙古八旗對大清也是忠心耿耿，曆次戰役中都少不了他們的影子。
乾隆以後，作為大清帝國武裝力量的支柱滿洲八旗日漸衰落，大清軍界的主流成了漢軍綠營兵的天下，為了抗衡綠營兵一家獨大的局面，清廷遂大量從蒙古八旗中抽調精銳補充滿洲八旗，并将蒙古八旗大量移防内地，因為蒙古草原上的自然條件遠不如關内，這些蒙古勇士依舊保留着勇武質樸的戰鬥作風，而蒙古八旗對清廷的忠誠度也是沒得說的，如此一來，清廷勉強維系着帝國軍界的微妙平衡。
1865年5月，蒙古八旗最後的領軍人物僧格林沁親王，在剿滅撚軍的戰争中中伏被殺，蒙古八旗遭受重創，加上此前在八裡橋之戰（1860年第二次鴉片戰争，英法聯軍與僧格林沁兵團在天津郊外八裡橋的一場決戰，此戰僧格林沁軍團傷亡過半）的損耗，蒙古八旗元氣大傷，此後逐漸退出了大清軍界的主流舞台。漢人實力派湘軍、淮軍以及後來的北洋軍逐漸壟斷了大清軍界。