基因組浏覽器是高通量測序分析的一個重要的可視化工具。相比于最終提供的表格，基因組浏覽器可以提供更多的資訊，如直覺展示突變位點、檢視有無新轉錄本或新的可變剪接形式、檢視peak的可信度、上下遊基因、區域保守性、重複元件、蛋白結合motif等。
我們前面有測序資料可視化列舉了4個常用的高通量資料可視化工具，詳細介紹了IGV基因組浏覽器可視化高通量測序資料和UCSC 基因組浏覽器的安裝使用。
最近幾次将以華盛頓大學(DC)開發的EPGG基因組浏覽器為主要工具 (目前主流浏覽器之一，不同的功能更新分别發表于NBT, Nature method等雜志)，介紹下基因組浏覽器的基本展示内容、各部分含義、使用方式等。
基因組浏覽器都可以按照位置或基因名字搜尋，可進行局部放大和縮小。雖然每個軟體略有不同，但基本操作是通用的。點一點，拽一拽，就都能用了。初次接觸一個軟體，多一點耐心，多一點操作，其實沒那麼難。
基因資訊展示包含基因的轉錄方向資訊 (箭頭)，基因結構資訊 (CDS, UTR, intron)，基因功能描述資訊等。方向資訊對我們識别轉錄起始位點及啟動子區域和啟動子上的ChIP peak至關重要。
另外還有個功能，基因隻在基因組占1%，浏覽起來不友善，Juxtapose模式可以隻顯示基因區，其它區域隐藏，這樣截圖或浏覽起來都更友善。
重複元件是我們做分析時需要關注的一個點，最近Cell文章發現 LINE元件 (A LINE-1-Nucleolin Patnership Regulates Early Development and ESC Identity)是胚胎發育的關鍵。如果我們的資料能在某個重複元件上有特殊分布，也可能催生重要發現呢。
“峰圖”是最常見的展示形式，reads的分布有高有低，在基因組上形成層戀疊嶂的山峰狀。峰頂表示對應區域的表達、修飾或結合比較高。
除了峰形圖，也可以展示熱圖、線圖等。
數值Track支援的資料一般是bigWig格式，在不同浏覽器之間通用。不同Track之間比較時需要先對資料做标準化，也需要設定同等大小的Y軸。資料可以進行一定程度的拟合，使得結果更清晰 (圖中的Smooth window)。
這個線圖常用于比較富集樣品和對照樣品，或比較不同樣品之間的表達量高低等。把2個Track放到一起展示，高低立見。UCSC genome browser也有類似功能，而且展示效果更好，我們前面也已提過。
EPGG特有的甲基化資料展示，給定每個位點測序深度，CG甲基化比例，CHH，CHG甲基化比例等。還可以線上過濾，篩選不同支援reads數的甲基化位點，更有動态性。是甲基化分析的必備神器。
染色體的三維結構研究越來越多，用途也越來越大。關聯SNP位點的功能，尋找enhancer的靶基因，基因組區域互作，都可以通過Hi-C資料提供更多支援資訊。EPGG可以用互作熱圖或loop連線兩種方式展示區域之間的互作。
互作熱圖的識别方式是：如果要看位點A和位點B之間是否有互作，隻需在正負45度方向畫一條線，檢視線是否有交點和交點處顔色強弱即可判斷。
還有圈圖形式，從宏觀展示某個位點與基因組其它區域的互作。
SNP位點展示及連鎖不平衡展示，這也是EPGG的特有功能。可視化與Hi-C染色體互作類似。
下一步将講一下EPGG的自帶資料和分析功能，以更友善使用。
通路連結：http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/