印度尼西亞國土存在一個獨特現象，就是與其他國家在一個島嶼上共分國土。
第一個是加裡曼丹島，印度尼西亞與文萊、馬來西亞共分。之是以會出現“一島分三國”現象，是因為曆史上這個島是英、荷屬地的分割線所在。
第二個是帝汶島，帝汶島為印度尼西亞與東帝汶共分，曆史上這個島分别為荷蘭與葡萄牙所占。1975年東帝汶被印尼吞了，後來2002年又重獲獨立。
第三個是新幾内亞島，新幾内亞島被分為兩部分，西部歸印度尼西亞，東部歸巴巴新幾內亞。曆史上這個島曾被荷蘭、德國、英聯邦澳洲自治領三國瓜分。二戰後，印尼繼承了荷蘭的那部分，剩下的歸巴巴新幾內亞繼承。
