藩王的權勢很重，擁有自己的軍隊，少則三千，多則數萬。特别是北方邊防線的幾名"塞王"，擁有指揮軍隊的權力，如甯王朱權"帶甲八萬，革車六千"，連朵顔三衛都要聽他調遣。太祖朱元璋本意是要以藩王來確定朱家江山，卻沒有想到雖然為繼任者去掉了驕兵悍将這根尖刺，卻留下了擁兵自重、尾大不掉的宗藩這另一根尖刺。當時的有識之士，已經清醒地認識到宗藩為"三憂"之一（另兩憂為邊防和河患），多次上疏太祖。朱元璋不允許有人要改變這項政策，甚至加以殺戮。然而他沒有想到，在他剛剛辭世不久，他親立的皇太孫就是以而丢掉了皇位，真是莫大的諷刺。 藩王擁兵自重、分踞一方的形勢成為建文帝心腹大患，使他常常難以入眠。建文帝知道，雖然自己貴為天子，但是以朱棣為首的藩王多是自己的叔叔，正挾重兵虎視眈眈，未必會把自己放在眼中。他還清晰地記得，一次隻有燕王和他在的場合，燕王以手拍他的後背，以開玩笑的口吻對他說："不意兒乃有今日！"這情景恰巧被太祖朱元璋看見了，責問朱棣怎敢如此無禮。建文帝急忙為朱棣開脫，但心裡卻久久不能平靜，從那時就開始考慮如何處理宗藩問題了。 即皇帝位後，建文帝依賴齊泰、黃子澄等人，将削藩付諸實際行動。建文帝削藩的第一個目标就是周王朱。建文帝密令李景隆以北上備邊的名義兵臨開封，趁周王毫無準備之際突然将其抓捕，送至京師。建文帝将周王谪遣到"煙瘴之地"的雲南蒙化，後又把他召回京師禁锢起來。為什麼首先選擇周王呢？周王朱，朱元璋的第五子，洪武十一年（1378）封周王，十四年（1381）就藩開封。這次削周王名義上是因為周王次子告發他"異謀"，其實還有另外一層原因。藩王中以燕王朱棣實力最強、野心最大，建文帝一直以燕王朱棣為最大的對手，這次削藩的周王是燕王的同母弟，二人皆為妃所生（在此問題上有異議，見下節），關系最為密切，是以建文帝先廢周王，有去燕王手足的用意。随後，建文帝又先後廢湘王、齊王、代王、岷王等四王，目标直指燕王朱棣。 在削藩問題上，朝臣本來有着不同的意見。以前軍都督府左斷事高巍和戶部侍郎卓敬為代表的一些大臣主張采用漢代"推恩"的辦法曲線削藩。他們建議建文帝把藩王的權力分封給藩王所有子孫而不僅僅是嫡長子一人，而且要異地分封，這樣藩王的權力就會逐漸削弱，不會再威脅到朝廷。卓敬更是建議建文帝立即将燕王遷封到南昌，既維護了親情，又削弱了他的力量。建文帝認為很好，卻沒有去實行。以齊泰、黃子澄為首的大臣堅決主張削藩，但在具體削藩政策上有所不同。黃子澄認為燕王實力強大，應該先削弱小的周、齊、代諸王，去燕王的羽翼，待時機成熟再削燕王。齊泰則主張擒賊先擒王，隻要先鏟除燕王，其他諸王自然無力反抗了。可惜的是，建文帝聽取了書生黃子澄的意見。建文帝并未意識到他的行動實際上已經打草驚蛇，燕王朱棣正發展勢力，蓄勢待發，一場大戰迫在眉睫。 叔侄大戰 建文元年七月，燕王朱棣在姚廣孝等人遊說下以"清君側"為名舉兵起事，進而拉開了長達四年的叔侄戰争，史稱"靖難之役"。"靖難"，就是削平禍亂的意思。這是燕王方面的用詞。對于建文帝來說，這個詞是很可笑的。燕王打着為朝廷"靖難"的幌子，卻是來跟自明刻本《國朝典故》（内收《奉天靖難記》）己作戰，這不是造反又是什麼？（須知，這時的朝廷不是他燕王的，而是建文帝的。）有一部佚名史書，叫《奉天靖難記》，寫的就是這四年戰争的曆史。這部書是燕王方面的人寫的，後來的《太宗實錄》卷一至卷九燕王即位前的内容就是以此書為藍本增改而成的。《太宗實錄》上接《太祖實錄》，中間沒了建文帝的實錄，建文朝在明代官方曆史中成了一個不存在的朝代--燕王即位以後，宣布革除建文年号，建文元年稱作洪武三十二年，建文朝隻稱作"革除年間"。這顯然是成者王侯敗者寇的演繹邏輯了。于是，"靖難"就成了正經的官方曆史名詞。但這裡既然以建文帝為主角，自然不宜以他所反對的名詞來概括他的曆史，是以這節就叫"叔侄大戰"，實際上确實是做叔叔的奪了侄子的皇位。 建文帝原本以為自己已經準備好了天羅地網，擒拿朱棣隻是早晚的事，但他明顯低估了燕王的能力。戰争開始之前，建文帝以防邊為名，調走了燕王的護衛士兵，又派張■（bǐn)、謝貴到北平監視燕王的一舉一動，宋忠統兵3萬駐軍開平，另在山海關、臨清皆有軍隊協防，将燕王緊緊包圍起來。隻是建文帝沒有想到，朱棣有統兵作戰的經驗，臨危不亂，先後蕩平了周圍的軍隊。 明故宮石螭首八月，建文帝命耿炳文将兵13萬伐燕，兵敗退守真定。九月，命李景隆将兵50萬出征。李景隆隻會紙上談兵，沒有實際作戰經驗，失敗在所難免。建文帝知道李景隆的平庸後，啟用保衛濟南的功臣盛庸為将，取得了東昌之役的勝利，但這也無法改變燕王勢力逐漸增強的事實。建文三年十二月，燕王朱棣反守為攻，率軍直趨南京。六月十三日，李景隆和谷王打開金川門迎降，朱棣取得了"靖難之役"的最終勝利。 應該說，建文帝在位的4年，所積極推行的政策基本上是正确的，也是深得民心的，那又為何以失敗而告終呢？這與他削藩政策失誤有直接關系。他一直視燕王朱棣為最大的威脅，然而他并沒有果斷地直指燕王而是先削了其他五藩，給了朱棣充分的準備時間。當初戶部侍郎郭任認為先削五王在戰略上犯了錯誤，主張盡快用兵燕王："天下事，先本後末則易成。今南京朝天宮日儲糧粟、備軍實，果為何者？而北讨周，南讨湘，削燕之舉則經年無期，實為舍本而圖其末。用兵貴乎神速，銳氣既竭，姑息随之，正所謂強弩之末不能穿魯缟，臣恐朝廷将坐而自困耳。"郭任這段話在今天看來無疑是正确的，但建文帝當時并沒有意識到。
自重