該研究所的受害者是挑戰天主教信條的學者、軍事上司人和傳教士。
1542年7月21日，教皇保羅三世在他的著作《Licet ab inicio》（從一開始）中建立了一個中央法官法院，擁有無限的權利。幾個世紀以來，這場大火一直在整個基督教歐洲燃燒，但現在與異端的鬥争已經達到了前所未有的程度。女巫審判，龐大的間諜活動，他們揭露異教徒，進而獲得慷慨的獎勵，秘密監獄 - 羅馬的宗教法庭制度與西班牙的宗教裁判官制度非常相似。審訊人員使用的酷刑工具殘忍得驚人。
揚-胡特 （1369-1415）
作為捷克宗教改革的思想家，他發表演講批評封建領主和天主教會（特别是赦免制度）。在當時，這是一種聞所未聞的粗魯行為。Jan-Huth還改變了捷克語的拼寫規則，寫了幾首歌，受到好評。Huth的影響力正在增長。1409年，教皇出版了一本關于捷克牧師的書。他的布道被禁止，但揚-胡特并不急于放棄，而是繼續他的工作。1414年，他被召到康斯坦茨會議，以確定他的完全安全。然而，在他到達後不久，這位思想家就被逮捕并被指控犯有異端邪說。
他沒有放棄自己的信仰。1415年7月6日，揚-胡特在火柱上被燒死。他死後，胡塞武裝戰争在今天的波希米亞爆發，殺害了傳教士和天主教徒的追随者。
聖女貞德 （1412-1431）
這位法國婦女在戰鬥中激勵了數千名士兵，但未能逃脫宗教司法法院的迫害。她因異端罪受審，并作為戰俘被關押在英國監獄。法官們設定了一個狡猾的陷阱，讓聖母盡快被判刑。例如，她被要求在審判期間背誦祈禱文。閱讀中最輕微的猶豫或錯誤都可以被解釋為對異端的忏悔。女孩堅持在忏悔時背誦祈禱文。
在一次會面中，讓娜說出了她所聽到的聖人的名字，描述了她的幻想，并預言了英國的軍事失敗。從她的證詞來看，這些指控很快就被捏造了。由于擔心被引渡到英國人，瓊撤回了她的證詞，并承諾傳回教堂。在這種情況下，在火柱上燒死被無期徒刑所取代。然而，在監禁期間，珍妮特再次穿上男裝。珍妮特被逐出教會。法官決定将達克移交給世俗司法，1431年5月30日，她被燒死在火柱上。
喬丹諾·布魯諾（1548-1600）
這位意大利哲學家是由威尼斯貴族喬瓦尼·莫切尼戈（Giovanni Mochenigo）報道的，他由布魯諾（Bruno）教導。這些譴責表明，布魯諾稱耶稣為巫師，并否認基本的基督教信仰。這位哲學家最初被囚禁在威尼斯，但當地的宗教法庭害怕完成自己的審判：他太有名了。他被送到羅馬，在那裡他被監禁了六年。沒有什麼能迫使他放棄信仰。
1600年2月9日，教會騎士團法院宣布該學者為異教徒。2月17日，他在羅馬的一個中央廣場被燒死。成千上萬的人觀看了處決。值得注意的是，布魯諾的死刑判決沒有提到他所捍衛的太陽世界的系統。這位科學家被處決主要是因為他的異端邪說，這與基督教教義相沖突。
伽利略·伽利略（1564-1642）
伽利略-加利利對科學的貢獻怎麼估計都不過分。他創立了實驗實體學，并為經典力學奠定了基礎。唉，這位科學家對世界秩序的看法把他交到了宗教司法法院的手中。這位"好人"向教皇托勒米和哥白尼推薦了伽利略的書《關于世界兩大體系的對話》。教皇烏爾班八世從其中一個角色中認出了自己，并感到憤怒。這位學者被傳喚到羅馬接受審判：盡管他年事已高，健康狀況不佳，但他推遲審判的請求被拒絕了。
伽利略在監獄裡失明了。曆史學家仍在争論他是否受到酷刑。經過三個月的試煉後，他放棄了他的信仰，這救了他的命。他被軟禁在家，并受到宗教司法研究所的監視，直到他去世。
亞曆山德羅·卡利奧斯特羅（1743-1795）
這位著名的神秘主義者花了他一生的大部分時間都在尋找治愈他生命的良方。他向朋友們介紹自己是一個"偉人"，并散布關于他的令人難以置信的謠言。據說卡格利斯特羅能夠将鉛變成黃金，并與死者的靈魂交談。此外，亞曆山德羅據說能夠治愈重病患者。他還以治療師的身份通路了聖彼得堡，但神秘主義在當時的貴族中并沒有很高的需求。
卡廖斯特羅在歐洲四處遊蕩，直到1789年回到羅馬。幾乎在抵達時，他就因共濟會的指控而被捕。在審判期間，卡格利斯特羅的所有欺詐交易都被曝光。順便說一句，是他的妻子作證反對他。這位"偉大的煉金術士"被判處解雇，但在悔改後被減為終身監禁。在監獄服刑四年後，亞曆山德羅去世了。